Springen naar inhoud

[biologie] veeg in dna electroforesegel


  • Log in om te kunnen reageren

#1

jarapeco

    jarapeco


  • >25 berichten
  • 29 berichten
  • Gebruiker

Geplaatst op 11 juni 2009 - 21:12

Hoi
Ik heb een vraagje over een DNA-e;ectroforese die uitgevoerd is op school.
Bij het uitvoeren van een electroforese pipetteer je DNA in de laantjes met eenzelfde hoveelheid. Maar als de electroforese klaar is zijn niet alle laantjes even duidelijk te zien. Bij sommige laantjes zie je dan dat het DNA maar een veegje vormt dat over de gel gaat en niet te onderscheiden is.

Op school weten ze niet precies waardoor dit vaak gebeurt en hoe dit dan het beste voorkomen kan worden. :P Weet iemand waardoor dit "probleem" steeds kan ontstaan en vooral, hoe het geholpen kán worden? ;) ;) :P

Alvast bedankt voor je reactie!

Dit forum kan gratis blijven vanwege banners als deze. Door te registeren zal de onderstaande banner overigens verdwijnen.

#2

TD

    TD


  • >5k berichten
  • 24052 berichten
  • VIP

Geplaatst op 11 juni 2009 - 21:31

Welkom op het forum Huiswerk en Practica.

Jij wilt vlot hulp. Dat is alleen goed mogelijk als je daar zelf wat voor doet.

Naast de algemene regels van dit forum hebben we voor dit huiswerkforum een paar speciale regels en tips.
Die vind je in de huiswerkbijsluiter

In die huiswerkbijsluiter staat bijvoorbeeld:

Quote

VAKGEBIED-TAGS
Plaats het vakgebied waarop je vraag betrekking heeft tussen rechte haken in de titel.
bijv: [biologie] of [frans]. Zo blijft dit huiswerkforum overzichtelijk.

Hebben we even voor je gedaan. Denk je er de volgende keer zelf aan?


Ik heb er maar biologie van gemaakt, of zie je dit in het kader van chemie?
"Malgré moi, l'infini me tourmente." (Alfred de Musset)

#3

jarapeco

    jarapeco


  • >25 berichten
  • 29 berichten
  • Gebruiker

Geplaatst op 11 juni 2009 - 21:38

Welkom op het forum Huiswerk en Practica.

Jij wilt vlot hulp. Dat is alleen goed mogelijk als je daar zelf wat voor doet.

Naast de algemene regels van dit forum hebben we voor dit huiswerkforum een paar speciale regels en tips.
Die vind je in de huiswerkbijsluiter

In die huiswerkbijsluiter staat bijvoorbeeld:

Quote

VAKGEBIED-TAGS
Plaats het vakgebied waarop je vraag betrekking heeft tussen rechte haken in de titel.
bijv: [biologie] of [frans]. Zo blijft dit huiswerkforum overzichtelijk.

Hebben we even voor je gedaan. Denk je er de volgende keer zelf aan?

Ik heb er maar biologie van gemaakt, of zie je dit in het kader van chemie?


Ja sorry, dit zag ik ook pas later en wilde de topic veranderen maar kon nergens vinden hoe dit moest of om tr verwijderen! ;)
Maar in ieder geval bedankt dat je het veranderd hebt! En inderdaad, ik zie dit ook meer in de biologie passen dan de chemie!
Bedankt nogmaals! :P

#4

Mrtn

    Mrtn


  • >1k berichten
  • 4220 berichten
  • VIP

Geplaatst op 12 juni 2009 - 04:10

Een veeg kan meerdere oorzaken hebben.
Waar is het DNA dat je opbrengt van afkomstig, wat heb je er precies mee gedaan en hoe veel (in ug of ng) zet je op gel?
Wat is het voor een gel (agarose? %?), wat is de buffer waarin de boel loopt, hoe lang heeft de gel gelopen op welke spanning en kan je een foto van de gel in de UV bak posten?

Dat zijn even een hoop vragen maar probeer zo specifiek mogelijk te zijn alsjeblieft.
Of course, the theory of relativity only works if you're going west.
-Calvin-

#5

jarapeco

    jarapeco


  • >25 berichten
  • 29 berichten
  • Gebruiker

Geplaatst op 14 juni 2009 - 14:04

Een veeg kan meerdere oorzaken hebben.
Waar is het DNA dat je opbrengt van afkomstig, wat heb je er precies mee gedaan en hoe veel (in ug of ng) zet je op gel?
Wat is het voor een gel (agarose? %?), wat is de buffer waarin de boel loopt, hoe lang heeft de gel gelopen op welke spanning en kan je een foto van de gel in de UV bak posten?

Dat zijn even een hoop vragen maar probeer zo specifiek mogelijk te zijn alsjeblieft.


Er is een TAE buffer gebruikt(1x geconcentreerd) en agarose van 1%. In elk laantje is er 10 uL gepipetteerd. De ladder (1000 bp) werd er 5 uL gepipetteerd, wat wel goed duidelijk zichtbaar was. Alles heeft ong. 30 - 45 min. gelopen op 100 V. Hoeveel ampere weet ik niet....
Er is gebruik gemaakt van volbloed en een kit (Kappa), waar je geen resctrictie enzymen hoeft te gebruiken om te knippen en dus gewoon volbloed kan gebruiken. Eigen wangslijmvlies strijkje, histologische coupe (moest gedeparaffineerd worden) en
Dit alles was als doel voor een ALU-proef.

De laantjes zijn als volgt gepipetteerd (van rechts naar links):

1 wangslijmvlies
2 Nucleospin (bloed)
3 ladder
4 histologische coupe
5 volbloed (Kappa)
6 -
7 Kappa

Jairo_pcr.jpg
De foto is bijgesloten!

Veranderd door jarapeco, 14 juni 2009 - 14:11


#6

Mrtn

    Mrtn


  • >1k berichten
  • 4220 berichten
  • VIP

Geplaatst op 14 juni 2009 - 15:33

In elk laantje is er 10 uL gepipetteerd.

Hoe veel ng of ug is dat? Microliters zonder concentratie zeggen niet zo veel in dit geval. Het ziet er niet naar uit dat je enorm veel DNA hebt opgebracht in vergelijking met je ladder.

De ladder (1000 bp) werd er 5 uL gepipetteerd, wat wel goed duidelijk zichtbaar was. Alles heeft ong. 30 - 45 min. gelopen op 100 V. Hoeveel ampere weet ik niet....

De stroom is niet zo belangrijk, die varieert niet zo veel. De spanning is wél belangrijk en 100 Volt is vrij standaard dus daar zit het 'em niet in.
Je ladder is overigens niet zo zinvol voor deze proef. Je bandjes zitten over het algemeen onder het kleinste fragment van je ladder en dat wil zeggen dat ze kleiner zijn dan ..250 bp? en je verder geen idee hebt hoe groot dan precies.
Je gelfoto is een beetje slordig moet ik zeggen, sorry. Ik bedoel het niet vervelend maar probeer hem de volgende keer gewoon zwart/wit te maken en smelt je gel nog nét even wat langer in de magnetron: dat geeft minder vlekjes. Heb je gebruik gemaakt van EtBr?

Er is gebruik gemaakt van volbloed en een kit (Kappa), waar je geen resctrictie enzymen hoeft te gebruiken om te knippen en dus gewoon volbloed kan gebruiken. Eigen wangslijmvlies strijkje, histologische coupe (moest gedeparaffineerd worden) en
Dit alles was als doel voor een ALU-proef.

Wat is Kappa? Kappa DNA polymerase? Het merk van de kit?
ALU-proef? Verwijs je naar het endonuclease? Zie wiki.
NucleoSpin is een merknaam van Macherey-Nagel voor een kitje waarmee je plasmides uit een (bacterie) lysaat kan halen, een kitje van Clontec waarmee je genomisch DNA isoleert, RNA-isolatie kitjes, etc. Wees alsjeblieft wat specifieker.
Als je geen restrictie enzymen hebt gebruikt, wat verwacht je dan te zien op gel als het inderdaad genomisch DNA is waar je naar zit te kijken?
Dit is hoe genomisch DNA er op een gel uit kan zien.
Jij hebt kleine bandjes: 750bp en kleiner zo te zien (als ik je 1kb ladder goed inschat). Dat wil zeggen dat het geen ongeknipt genomisch DNA is.

Ok, dus wat is je proef precies geweest en wat verwachtte je te zien op gel?
Of course, the theory of relativity only works if you're going west.
-Calvin-

#7

Wouter_Masselink

    Wouter_Masselink


  • >5k berichten
  • 8252 berichten
  • VIP

Geplaatst op 15 juni 2009 - 09:28

Los van alle mogelijke suggesties die Mrtn doet wil ik je er nog even de suggestie doen dat op een school de materialen wel eens niet goed schoon kunnen zijn. Maak je geltray en alles wat je gebruikt voor gebruik goed schoon, dat komt je uiteindelijke resultaat ten goede. verder is het voldoende opkoken van je agarose ook altijd erg belangrijk, liever te lang gekookt dan net iets te kort.
"Meep meep meep." Beaker





0 gebruiker(s) lezen dit onderwerp

0 leden, 0 bezoekers, 0 anonieme gebruikers

Ook adverteren op onze website? Lees hier meer!

Gesponsorde vacatures

Vacatures