Springen naar inhoud

Open reading frames bij prokaryoten


  • Log in om te kunnen reageren

#1

niburu

    niburu


  • >25 berichten
  • 31 berichten
  • Gebruiker

Geplaatst op 04 augustus 2010 - 16:37

Kvroeg mij af hoe ze telkens aan 6 open reading frames komen bij het genoom van de prokaryoten. Waarom kunnen het er niet meer zijn..

Dit forum kan gratis blijven vanwege banners als deze. Door te registeren zal de onderstaande banner overigens verdwijnen.

#2

Wouter_Masselink

    Wouter_Masselink


  • >5k berichten
  • 8246 berichten
  • VIP

Geplaatst op 06 augustus 2010 - 09:18

Het hele genoom zal nooit een ORF kunnen zijn. Een ORF bevat namelijk geen stop codons. Los hiervan waar je het eigenlijk over hebt (denk ik) is de mogelijkheid op 6 verschillende reading frames.

Bijvoorbeeld op de sequentie AATCGCGTCATCGACTTG zijn een aantal verschillende frames mogelijk. Of deze ook daadwerkelijk open zijn bepaal je door op zoek te gaan naar mogelijke stop codons, zijn deze er niet dan pas heb je te maken met een ORF. Elk mogelijk frame zal +1, +2, +3, -1, -2, of -3 zijn. Waarbij +1 en -2 (etc) hetzelfde frame aangeven, dit geeft dus concreet 3 verschillende frames. In het geval dat je te maken hebt met dsDNA zal je ook naar de andere DNA streng moeten kijken en zal je daar ook 3 verschillende frames waarnemen. Dit geeft een totaal van 6 verschillende reading frames.

Om dus antwoord te geven op je vraag, waarom er niet meer dan 6 reading frames zijn is vrij eenvoudig. Er bestaat niet zoiets als 'triple stranded DNA' (zou resulteren in 9 mogelijke reading frames) en aminozuren worden nog steeds gecodeerd door tripletten, niet door kwartetten of quintetten (zou resulteren in 8 of 10 mogelijke reading frames).
"Meep meep meep." Beaker

#3

allknowingplant

    allknowingplant


  • 0 - 25 berichten
  • 2 berichten
  • Gebruiker

Geplaatst op 07 december 2010 - 20:19

Je moet bedenken wat een triplet is. Een triplet is een stukje DNA dat uit drie basen bestaat en voor een aminozuur codeert.
Bij de translatie wordt het RNA dus per drie basen afgelezen. Het ligt er net aan waar je begint op de RNA-sequentie welk uiteindelijk eiwit je krijgt.

Je kunt je voorstellen dat wanneer je de sequentie ATCGTCTTAAGG hebt deze op drie manieren gelezen kan worden.
1. ATC-GTC-TTA-AGG
2. A-TCG-TCT-TAA-GG
3. AT-CGT-CTT-AAG-G

Dit is alleen in de 'forward' richting.
In de 'reverse' richting, dus achteruit zijn ook 3 reading frames mogelijk.

1. GGA-ATT-CTG-CTA
2. ....
3. ....

fluitje van een cent toch?? ;)





0 gebruiker(s) lezen dit onderwerp

0 leden, 0 bezoekers, 0 anonieme gebruikers

Ook adverteren op onze website? Lees hier meer!

Gesponsorde vacatures

Vacatures