Code: Selecteer alles
def read_f(seq):
l=[]
r=[]
for line in seq:
if line[0]=='>':
l.append(line.rstrip())
else:
r.append(line.rstrip())
m=l.count('a')
return m
Code: Selecteer alles
>AF001437 AF001437.1 09-OCT-2006
ggcacgagatggcggcctcctggaggctgggctgtgatccgcggctgctgcgttatcttg
tgggcttccctggctgccgaagcgtagggctggtgaagggggctcttgggtggtccgtaa
gccgcggagctaattggagatggtttcacagcacgcagtggcttcggggtgatcccatta
agatactaatgccatcactgtctcctacaatggaagaaggaaacattgtgaaatggctga
>AF001437 AF001437.1 09-OCT-2006
ggcacgagatggcggcctcctggaggctgggctgtgatccgcggctgctgcgttatcttg
tgggcttccctggctgccgaagcgtagggctggtgaagggggctcttgggtggtccgtaa
gccgcggagctaattggagatggtttcacagcacgcagtggcttcggggtgatcccatta
agatactaatgccatcactgtctcctacaatggaagaaggaaacattgtgaaatggctgaCode: Selecteer alles
ggcacgagatggcggcctcctggaggctgggctgtgatccgcggctgctgcgttatcttgCode: Selecteer alles
from re import findall
f=open('dna.txt')
#dna bevat een kopie van het bestand
dna=""
for line in f.readlines():
dna+=line
f.close()
temp=findall(">[^>]*",dna) #lijst van alle strings die voldoen aan de regex
seq={}
for i in temp:
#elke gevonden sequentie toevoegen aan een
# dictionary met als key de naam en als value de sequentie
seq[findall(">.*\\n",i)[0]]=i.replace(findall(">.*\\n",i)[0],"")Code: Selecteer alles
for key in seq.keys():
print seq[key].count('a')Je hebt gelijk dit werkt veel beter (verloopt soepel). Heel erg bedankt voor je hulp nu kan ik weer verder met de rest van mijn opdracht:)jhnbk schreef:Het zou zo kunnen (noot: re is trager dan gewone string operaties). Nu kan je door de dictionary lopen en de A's tellen.Code: Selecteer alles
from re import findall f=open('dna.txt') #dna bevat een kopie van het bestand dna="" for line in f.readlines(): dna+=line f.close() temp=findall(">[^>]*",dna) #lijst van alle strings die voldoen aan de regex seq={} for i in temp: #elke gevonden sequentie toevoegen aan een # dictionary met als key de naam en als value de sequentie seq[findall(">.*\\n",i)[0]]=i.replace(findall(">.*\\n",i)[0],"")
Edit: er van uitgaande dat de lijn met > altijd verschillend is, anders worden er waarden overschreven.
Nu kan je als volgt doen:
Code: Selecteer alles
for key in seq.keys(): print seq[key].count('a')
Code: Selecteer alles
len(seq['>AF001437 AF001437.1 09-OCT-2006'])