Springen naar inhoud

Determinatie/identificatie bacteriŽn en schimmels (boek)


  • Log in om te kunnen reageren

#1

TIO

    TIO


  • 0 - 25 berichten
  • 23 berichten
  • Gebruiker

Geplaatst op 03 mei 2011 - 15:16

Ik heb met enkele van mijn leerlingen ivm voeding en hygiŽne voedingsbodems gemaakt waarop we verschillende 'oppervlakken' (vuile vingers, gewassen vingers, vaatdoek, vuile nagels enz.) gedrukt heben.
Ondertussen zijn daar enkele mooie kolonies uit ontstaan, maar nu zou ik graag - uit wetenschappelijke nieuwsgierigheid - te weten komen welke bacteriŽn en/of schimmels we nu eigenlijk gekweekt hebben.
Weet iemand waar ik die informatie zou kunnen vinden? Ik heb al proberen te googelen voor een boek hierover, maar dat heb ik voorlopig nog niet gevonden.
Liefst determinatie/identificatie adhv kleur, vorm, grootte enz. Microscopische determinatie kan ook, maar dat kost toch heel wat meer tijd en zo nauwkeurig moet het niet zijn.
Eventueel kan ik foto's nemen en die hier posten als er mensen zijn die denken dat ze de foto's misschien zelf kunnen determineren.
"History is a necessity in our world, for those who are ignorant to it are doomed to repeat it..."
- Jon Schaffer -

Dit forum kan gratis blijven vanwege banners als deze. Door te registeren zal de onderstaande banner overigens verdwijnen.

#2

anusthesist

    anusthesist


  • >5k berichten
  • 5820 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 03 mei 2011 - 17:47

Ik kan me niet voorstellen dat hierover niets te vinden is. Als ik google op 'identifying bacteria' krijg ik veel informatieve links waaronder deze: http://www.nslc.wust...nbacteria06.pdf
De meest simpele methode is een gramkleuring doen, erg leuk en leerzaam. Onder de microscoop kun je kijken of het om staven gaat of kokken. Zijn ze macroscopisch gerangschikt als trosjes druiven dan zijn het waarschijnlijk stafylokokken, groeien ze als een ketting dan streptokokken (betrouwbaarder is catalasebepaling). Je weet bovendien dat het om aerobe dan wel facultatieve bacterien gaat, anders groeien ze niet.

Zoek ook eens op 'colony morphology bacteria'.
That which can be asserted without evidence can be dismissed without evidence.

#3

TIO

    TIO


  • 0 - 25 berichten
  • 23 berichten
  • Gebruiker

Geplaatst op 05 mei 2011 - 10:43

Ik kan me niet voorstellen dat hierover niets te vinden is. Als ik google op 'identifying bacteria' krijg ik veel informatieve links waaronder deze: http://www.nslc.wust...nbacteria06.pdf

Er is wel wat informatie te vinden, maar dat is allemaal erg verspreide informatie en waarom zou ik al die websites doorzoeken naar de juiste info, al die info lezen, besluiten dat het niet was wat ik zocht, verder zoeken enz. als ik hier met een minimum aan inspanning van mijn kant die informatie kan krijgen van iemand die daar zelf ook zo goed als geen inspanning voor moet doen? ;)

De meest simpele methode is een gramkleuring doen, erg leuk en leerzaam. Onder de microscoop kun je kijken of het om staven gaat of kokken. Zijn ze macroscopisch gerangschikt als trosjes druiven dan zijn het waarschijnlijk stafylokokken, groeien ze als een ketting dan streptokokken (betrouwbaarder is catalasebepaling). Je weet bovendien dat het om aerobe dan wel facultatieve bacterien gaat, anders groeien ze niet.

Bedankt voor de info. Probleem is wel dat mijn cultuur al 2 weken oud is en volgens wikipedia is die best niet ouder dan 24u. Stel dat ik gramkleuring zou toepassen, dan heb ik nog steeds een determinatiemiddel nodig om uit te zoeken met welke specifieke bacteriŽn/schimmels ik te doen heb...

Zoek ook eens op 'colony morphology bacteria'.

Heb ik even gedaan en uit Sciencebuddies leid ik af dat ik vooral schimmels en gisten gekweekt heb ;)
"History is a necessity in our world, for those who are ignorant to it are doomed to repeat it..."
- Jon Schaffer -

#4

anusthesist

    anusthesist


  • >5k berichten
  • 5820 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 05 mei 2011 - 11:06

Stel dat ik gramkleuring zou toepassen, dan heb ik nog steeds een determinatiemiddel nodig om uit te zoeken met welke specifieke bacteriŽn/schimmels ik te doen heb...


Je kunt zo diep gaan als je zelf wilt, door middel van bijvoorbeeld catalase, coagulase, oxidase, urease etc. Dan kun je heel specifiek de bacterie identificeren. Desalniettemin denk ik dat het proces belangrijker is dan het doel om elke bacterie exact te kunnen identificeren. Gramkleuringen doen is leuk en als je het eenmaal gedaan hebt vergeet je nooit meer het verschil tussen grampositief en gramnegatief.

Heb ik even gedaan en uit Sciencebuddies leid ik af dat ik vooral schimmels en gisten gekweekt heb ;)


Zou je foto's kunnen posten, ik ben wel benieuwd. Het onderscheid is macroscopisch doorgaans moeilijk te maken.
That which can be asserted without evidence can be dismissed without evidence.

#5

TIO

    TIO


  • 0 - 25 berichten
  • 23 berichten
  • Gebruiker

Geplaatst op 07 mei 2011 - 13:04

Zou je foto's kunnen posten, ik ben wel benieuwd. Het onderscheid is macroscopisch doorgaans moeilijk te maken.

Ik heb enkele foto's gemaakt:
Petrischaaltje 1 a en b
Geplaatste afbeelding
Geplaatste afbeelding

Petrischaaltje 2 a en b
Geplaatste afbeelding
Geplaatste afbeelding

Petrischaaltje 3 a en b
Geplaatste afbeelding
Geplaatste afbeelding

Petrischaaltje 4 a en b
Geplaatste afbeelding
Geplaatste afbeelding

Petrischaaltje 5 a en b
Geplaatste afbeelding
Geplaatste afbeelding

Petrischaaltje 6 a en b
Geplaatste afbeelding
Geplaatste afbeelding

Petrischaaltje 7 a en b
Geplaatste afbeelding
Geplaatste afbeelding

En als laatste een test versie waar ik - dacht ik toch - niets op gedaan heb: a en b
Geplaatste afbeelding
Geplaatste afbeelding

Ik had de overschot van de voedingsbodem in een maatbeker gedaan die al jaren stof stond te vergaren in een kast in mijn lokaal en na 2 weken op 37į in de broedstoof, zag die halfvolle (!) beker er zo uit:
Geplaatste afbeelding
Geplaatste afbeelding
Geplaatste afbeelding

Benieuwd of iemand me kan helpen identificeren...
"History is a necessity in our world, for those who are ignorant to it are doomed to repeat it..."
- Jon Schaffer -

#6

anusthesist

    anusthesist


  • >5k berichten
  • 5820 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 07 mei 2011 - 14:38

De meesten zullen wel schimmels zijn. Mogelijk een aantal kleinere kolonies van gisten.

Op de foto 5a/b is die witte kolonie in het linker onderkwadrant misschien bacterieel waarbij er wat schimmel over de kolonieranden is gegroeid.

Ironisch is op die controlepetri hoogst waarschijnlijk wel een bacteriele kolonie te zien, de cremekleurige ronde kolonie in het rechter bovenkwadrant waarop ook een schimmel zit.
That which can be asserted without evidence can be dismissed without evidence.

#7

TIO

    TIO


  • 0 - 25 berichten
  • 23 berichten
  • Gebruiker

Geplaatst op 08 mei 2011 - 07:42

De meesten zullen wel schimmels zijn. Mogelijk een aantal kleinere kolonies van gisten.

Op de foto 5a/b is die witte kolonie in het linker onderkwadrant misschien bacterieel waarbij er wat schimmel over de kolonieranden is gegroeid.

Ironisch is op die controlepetri hoogst waarschijnlijk wel een bacteriele kolonie te zien, de cremekleurige ronde kolonie in het rechter bovenkwadrant waarop ook een schimmel zit.

Bedankt Anusthesist!

Blijkbaar moet ik nog wat werken aan het 'steriel werken'. Ik had bij petri-schaal 2 bijv. gewoon een vinger gedrukt in het midden van het schaaltje. Dat er dan over heel het schaaltje verschillende kolonies te zien zijn, wijst volgens mij op contaminatie door de lucht in het lokaal ofzo.

Iemand tips om dit te voorkomen?
Ik heb nu geen tijd, maar ik zal straks mijn werkwijze even posten zodat iemand me hopelijk kan helpen om het proces te verbeteren.
"History is a necessity in our world, for those who are ignorant to it are doomed to repeat it..."
- Jon Schaffer -

#8

Wouter_Masselink

    Wouter_Masselink


  • >5k berichten
  • 8247 berichten
  • VIP

Geplaatst op 15 mei 2011 - 09:29

De klassieke manier om dit te voorkomen is door alles in de omgeving van een vlam uit te voeren. Een blauw/doorzichtig brandende vlam op een bunsenbrander zou je steriele werkomgeving van 20-30 cm moeten geven.
"Meep meep meep." Beaker

#9

TIO

    TIO


  • 0 - 25 berichten
  • 23 berichten
  • Gebruiker

Geplaatst op 16 mei 2011 - 07:12

De klassieke manier om dit te voorkomen is door alles in de omgeving van een vlam uit te voeren. Een blauw/doorzichtig brandende vlam op een bunsenbrander zou je steriele werkomgeving van 20-30 cm moeten geven.

Gaat de ontsmettende werking van die vlam dan zo ver? Hoe wordt dat effect verkregen dan? Toch niet door de warmte? Want op 30cm van een bunsenbrander is het toch niet echt meer warm te noemen?

Werkwijze die ik gevolgd heb:
- Petrischaaltjes niet op voorhand afgewassen, maar zo 25min de oven in op 120į.
- ingrediŽnten voedingsbodems: 5g glucose, 1 liter leidingwater, 12 gram agar en 2,5 g oxo (gistextract).
- alles vermengd met het al opgewarmde water en dit een half uurtje laten koken.
- Pot gesloten laten afkoelen.
- Petrischaaltjes uit de oven gehaald, deksel erop en laten afkoelen.
- Petrischaaltjes terug open, voedingsbodem erin gegoten, petrischaaltjes terug dicht.
- Petrischaaltjes laten afkoelen.
- En dan telkens het petrischaaltje heel kort open om mijn duim of de vaatdoek ofzo te drukken.

Ik zit dus nu met 2 problemen: hoe vermijd ik al die schimmels en hoe zorg ik ervoor dat ik bacteriekolonies krijg ipv schimmels?
"History is a necessity in our world, for those who are ignorant to it are doomed to repeat it..."
- Jon Schaffer -

#10

Wouter_Masselink

    Wouter_Masselink


  • >5k berichten
  • 8247 berichten
  • VIP

Geplaatst op 16 mei 2011 - 18:34

Je maakt met een vlam een kollom boven je werkomgeving van ongeveer 30 cm waarin je steriel kan werken.

Petrischaaltjes zijn standaard als ze uit de verpakking komen steriel, gebruik deze gewoon.

Verder is 30 minuten koken van je medium niet voldoende. Ik neem aan dat jullie de beschikking hebben over een autoclaaf? Mocht dit niet zo zijn kook het medium dan over 4-5 dagen elke dag ongeveer 40 minuten, dat zou beter moeten werken. Ik verwacht echter dat er wel ergens een autoclaaf is, dit is per slot van rekening niet meer dan een snelkookpan.

Als je je medium hebt gemaakt. Laat het een aantal dagen staan en kijk of er iets aan je medium is veranderd. Mocht dit zo zijn, dan heb je een contaminatie. Verder als je je platen hebt gegoten, laat dan 1 plaat staan met alleen agar erop, geen duimafdruk oid. Zodoende kan je nagaan of tijdens deze stap een contaminatie op zou kunnen treden. Het is van belang dat je voldoende en vooral de juiste controles meeneemt.

Neem eens een boek over steriel werken door, je mist duidelijk een solide basis om dergelijke experimenten uit te kunnen voeren.
"Meep meep meep." Beaker

#11

TIO

    TIO


  • 0 - 25 berichten
  • 23 berichten
  • Gebruiker

Geplaatst op 10 juni 2011 - 10:43

Je maakt met een vlam een kollom boven je werkomgeving van ongeveer 30 cm waarin je steriel kan werken.

Bedankt voor deze tip! Ga ik volgende keer zeker proberen.

Petrischaaltjes zijn standaard als ze uit de verpakking komen steriel, gebruik deze gewoon

Ik heb petrischaaltjes gebruikt die standaard in het labo gebruikt worden. Nieuwe (en dus volledig steriele) petrischaaltjes aanschaffen is niet echt een optie (in het onderwijs moet je het vaak stellen met beperkte middelen).

Ik verwacht echter dat er wel ergens een autoclaaf is, dit is per slot van rekening niet meer dan een snelkookpan.

Dat hebben we inderdaad, maar ik had gelezen dat een oven ook zou moeten werken en dat leek me iets praktischer dan al dat water waar ik die schaaltjes uit moest gaan vissen enz.

Mocht dit zo zijn, dan heb je een contaminatie. Verder als je je platen hebt gegoten, laat dan 1 plaat staan met alleen agar erop, geen duimafdruk oid. Zodoende kan je nagaan of tijdens deze stap een contaminatie op zou kunnen treden. Het is van belang dat je voldoende en vooral de juiste controles meeneemt.

Dit is het hele probleem. Mijn vraag was dus hoe ik die contaminatie kan voorkomen.

Neem eens een boek over steriel werken door, je mist duidelijk een solide basis om dergelijke experimenten uit te kunnen voeren.

Ik ben dan ook maar leerkracht biologie eerste en tweede graad, waar vooral de orgaanstelsels en plant- en dierkunde aan bod komt. In mijn opleiding is microbiologie zeer weinig aan bod gekomen. Ik probeer me daar nu stilaan zelf wat meer in te bekwamen (vandaar ook deze posts).
Enige tips? Ik heb al wel wat gegoogeld, maar kreeg niet direct een interessante hit en dan is het nog maar de vraag of ik in dat boek ook effectief ga vinden wat ik moet weten.

Zou het trouwens kunnen dat de aanwezigheid van de schimmels het groeien van bacteriŽn onmogelijk maakt? m.a.w. als ik inderdaad steriel te werk kan gaan en contaminatie met schimmelsporen kan uitsluiten, zou ik dan met dezelfde voedingsbodems wťl bacterieculturen kunnen krijgen?
"History is a necessity in our world, for those who are ignorant to it are doomed to repeat it..."
- Jon Schaffer -

#12

Wouter_Masselink

    Wouter_Masselink


  • >5k berichten
  • 8247 berichten
  • VIP

Geplaatst op 10 juni 2011 - 14:51

Bij mijn opmerking over petrischalen doelde ik op de wegwerpbare (plastic) platen en niet de glazen schalen zoals jij gebruikt (old-school ;)). Het voordeel van glazen platen is dat je deze kan steriliseren. Als je dit gewoon doet, hoeft er niks aan de hand te zijn.

Bij controles is het ook van belang om een plaat mee te nemen waar je niks mee hebt gedaan (alleen agar). Als hier al dingen op beginnen te groeien weet je dat je sterilisatie van je media niet goed is verlopen (of dat je je platen niet goed hebt gegoten).

De belangrijkste tips (naast de eeuwige controles) die ik je kan geven zijn de volgende:
  • Werk naast een bunsenbrander met blauwe vlam.
  • Zorg dat je tijdens het werken schone handen hebt (of nog liever, draag handschoenen die je desinfecteert met ethanol)
  • Zorg dat je de periode van blootstelling aan de buitenlucht van je platen minimaliseert, laat je platen niet onnodig open liggen.
  • Beweeg geen onnodige dingen over je bloot liggende platen, ook dit kan de kans op contaminatie vergroten.

Schimmels groeien over het algemeen langzamer dan bacteriŽn. Ze kunnen de groei van elkaar wel negatief beÔnvloeden. Schimmels komen niet alleen in de lucht voor, maar ook op je huid en eigenlijk overal. Als je dus random dingen op je plaat gaat drukken kan je onmogelijk schimmels uitsluiten. Neem je een bacterie cultuur om op je plaat te mikken dan kan dat natuurlijk wel.

Steriliseren met een oven ben ik nooit zo'n fan van geweest, gebruik liever een fatsoenlijke autoclaaf (hoewel deze ook droge als natte cycli kennen). Bij het steriliseren in een autoclaaf heb je een bodem water in je snelkookpan staan. Hier leg je vervolgens een rooster op waar je al je spullen op kan stapelen. Bij de petrischalen die jij gebruikt wil ik je aanraden om deze in aluminiumfolie te verpakken (per 5 stuks ofzo) en zodoende kan je een hele stapel steriliseren en ook steriel bewaren.

Bij het maken van je agar media gaat hetzelfde verhaal op, zorg dat je alles fatsoenlijk steriliseert (in een autoclaaf), is er niet een TOA die je hierbij kan helpen? Ik bedoel, ze zullen je toch niet zomaar in het diepe gooien?
"Meep meep meep." Beaker

#13

TIO

    TIO


  • 0 - 25 berichten
  • 23 berichten
  • Gebruiker

Geplaatst op 10 juni 2011 - 16:14

Bij controles is het ook van belang om een plaat mee te nemen waar je niks mee hebt gedaan (alleen agar). Als hier al dingen op beginnen te groeien weet je dat je sterilisatie van je media niet goed is verlopen (of dat je je platen niet goed hebt gegoten).

Dat had ik gedaan (het concept van een controleproef is me gelukkig niet onbekend ;) ), maar die zat dus ook helemaal vol schimmels. Vandaar dat ik doorhad dat ik iets fout gedaan had. De vraag was dan nog: wat en hoe kan ik dat voorkomen?

Steriliseren met een oven ben ik nooit zo'n fan van geweest, gebruik liever een fatsoenlijke autoclaaf (hoewel deze ook droge als natte cycli kennen). Bij het steriliseren in een autoclaaf heb je een bodem water in je snelkookpan staan. Hier leg je vervolgens een rooster op waar je al je spullen op kan stapelen. Bij de petrischalen die jij gebruikt wil ik je aanraden om deze in aluminiumfolie te verpakken (per 5 stuks ofzo) en zodoende kan je een hele stapel steriliseren en ook steriel bewaren.

Goede tip, zal ik volgende keer zeker eens proberen.

Bij het maken van je agar media gaat hetzelfde verhaal op, zorg dat je alles fatsoenlijk steriliseert (in een autoclaaf), is er niet een TOA die je hierbij kan helpen? Ik bedoel, ze zullen je toch niet zomaar in het diepe gooien?

Ik heb net even moeten googelen naar de betekenis van 'TOA'. :P Dus daar kan ik kort in zijn: zoiets hebben we niet, ik denk zelfs niet dat er (secundaire) scholen in BelgiŽ zijn waar iemand met zo'n functie aangesteld is. Hoogstens een ervaren en wat oudere leerkracht ofzo die dat vrijwillig een beetje op zich neemt, maar niet bij ons. Dit 'experiment' is trouwens mijn eigen keuze hoor, niemand verplicht me om dit te doen (zelfs mijn leerplan niet), maar ik heb wel de keuze om zoiets te doen als ik dat wil. En toevallig wil ik dat wel, omdat het zulke dingen zijn die leerlingen onthouden en die hen misschien motiveren om iets met wetenschap te gaan doen.
"History is a necessity in our world, for those who are ignorant to it are doomed to repeat it..."
- Jon Schaffer -

#14

Wouter_Masselink

    Wouter_Masselink


  • >5k berichten
  • 8247 berichten
  • VIP

Geplaatst op 12 juni 2011 - 09:56

Dat kan ik ook alleen maar aanmoedigen. Mocht je vragen hebben, wees dan niet bang om ze te stellen.

Verder is 25 minuten op 125 graden een te lage temperatuur en ook te kort. Als je al een oven zou gaan gebruiken (waar ik geen fan van ben, maar wel degelijk mogelijk is) dan is 2 uur op 160 graden een betere optie. De eerste fout die je hebt gemaakt is dat al je spullen waarschijnlijk dus niet steriel waren, dan is het ook niet vreemd dat je overall besmettingen hebt.

Probeer eerst je methode om steriel te werken goed te krijgen voordat je allemaal leuke experimenten gaat doen. Succes!
"Meep meep meep." Beaker

#15

Kit

    Kit


  • 0 - 25 berichten
  • 1 berichten
  • Gebruiker

Geplaatst op 25 juni 2011 - 23:06

kijk eens op:

www.microbiologie.info

erg leerzaam voor 'beginnend microbiologen'.





0 gebruiker(s) lezen dit onderwerp

0 leden, 0 bezoekers, 0 anonieme gebruikers

Ook adverteren op onze website? Lees hier meer!

Gesponsorde vacatures

Vacatures