Springen naar inhoud

Fylogenie


  • Log in om te kunnen reageren

#1

Liekeu

    Liekeu


  • >250 berichten
  • 281 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 09 mei 2011 - 16:48

Beste forumleden.

Heeft er iemand een beetje kennis van Bootstrap-values en -bomen?
Ik enkele bomen, maar vind het moeilijk om ze te interpreteren ;).

Wat wil het bv zeggen als Bootstrap een polytomie vormt binnen de boom, met de node zwak ondersteunt (bv een waarde 62)?

Help.. ;)

Groetjes

Dit forum kan gratis blijven vanwege banners als deze. Door te registeren zal de onderstaande banner overigens verdwijnen.

#2

Fikeend

    Fikeend


  • 0 - 25 berichten
  • 3 berichten
  • Gebruiker

Geplaatst op 31 mei 2011 - 02:47

Bootstrapping wordt uitgevoerd om te achterhalen hoe betrouwbaar een relatie is in een boom.
Om een boom te maken worden sequenties vergeleken en op basis hiervan wordt de "afstand" tussen organismen bepaald (bv: Organisme A staat het dichtst bij organisme B). Met bootstrapping worden deze sequenties een klein beetje door elkaar gegooid en daarna wordt gekeken, door het programma zelf, of de relaties in de boom nog steeds hetzelfde zijn. Als organisme A in de boom (die gemaakt is met de door elkaar gegooide sequenties) nog steeds het dichtst bij organisme B staat, dan telt dat als het ware als 1 punt. Staat organisme A hierna het dichtst bij organisme C, dan telt het als 0 punten.
Dit wordt bijvoorbeeld 1000 keer herhaald, soms staat organisme A het dichtstbij B en soms bij C. De punten worden dan opgeteld: bootstrapvalue.
Een hoge waarde geeft aan dat de relatie in de boom betrouwbaar is en omgekeerd.





0 gebruiker(s) lezen dit onderwerp

0 leden, 0 bezoekers, 0 anonieme gebruikers

Ook adverteren op onze website? Lees hier meer!

Gesponsorde vacatures

Vacatures