Fylogenie

Moderator: ArcherBarry

Forumregels
(Middelbare) school-achtige vragen naar het forum "Huiswerk en Practica" a.u.b.
Zie eerst de Huiswerkbijsluiter
Reageer

Bericht 09-05-'11, 17:48

Liekeu

Berichten: 281

Fylogenie

Beste forumleden.

Heeft er iemand een beetje kennis van Bootstrap-values en -bomen?

Ik enkele bomen, maar vind het moeilijk om ze te interpreteren ;) .

Wat wil het bv zeggen als Bootstrap een polytomie vormt binnen de boom, met de node zwak ondersteunt (bv een waarde 62)?

Help.. ;)

Groetjes
Omhoog

Bericht 31-05-'11, 03:47

Fikeend

Berichten: 3

Re: Fylogenie

Bootstrapping wordt uitgevoerd om te achterhalen hoe betrouwbaar een relatie is in een boom.

Om een boom te maken worden sequenties vergeleken en op basis hiervan wordt de "afstand" tussen organismen bepaald (bv: Organisme A staat het dichtst bij organisme B). Met bootstrapping worden deze sequenties een klein beetje door elkaar gegooid en daarna wordt gekeken, door het programma zelf, of de relaties in de boom nog steeds hetzelfde zijn. Als organisme A in de boom (die gemaakt is met de door elkaar gegooide sequenties) nog steeds het dichtst bij organisme B staat, dan telt dat als het ware als 1 punt. Staat organisme A hierna het dichtst bij organisme C, dan telt het als 0 punten.

Dit wordt bijvoorbeeld 1000 keer herhaald, soms staat organisme A het dichtstbij B en soms bij C. De punten worden dan opgeteld: bootstrapvalue.

Een hoge waarde geeft aan dat de relatie in de boom betrouwbaar is en omgekeerd.
Omhoog
Reageer

Terug naar “Biologie en medisch laboratoriumonderzoek”