Springen naar inhoud

Rna amplificatie


  • Log in om te kunnen reageren

#1

Wouter_Masselink

    Wouter_Masselink


  • >5k berichten
  • 8252 berichten
  • VIP

Geplaatst op 19 juni 2011 - 13:04

Ik ben van plan om met een microarray, genoomwijde expressie profielen te bepalen. Het grootste probleem wat ik hierbij heb is dat ik slechts een 20-50 cellen uit OTC gefixeerd weefsel tot mijn beschikking heb (per conditie).

Nu zit ik door een hele reeks kits te neuzen om de perfecte kit te vinden die uit een absoluut minimum aan OTC gefixeerd weefsel voldoende RNA weet te amplificeren tot een totaal van 1-2 ug. De meeste kits lijken gebaseerd te zijn op van Gelder et al (1990), zijn er inmiddels al andere, nieuwere technieken ontwikkeld of is alles op hetzelfde principe gebaseerd en zit er dus uiteindelijk maar weinig verschil in alle kits?
"Meep meep meep." Beaker

Dit forum kan gratis blijven vanwege banners als deze. Door te registeren zal de onderstaande banner overigens verdwijnen.

#2

Mrtn

    Mrtn


  • >1k berichten
  • 4220 berichten
  • VIP

Geplaatst op 20 juni 2011 - 14:11

Als ik me niet vergis hebben we hier een afdeling die veel arrays doet. Stuur me de specs, dan ga ik wel even bij ze langs ;)
Of course, the theory of relativity only works if you're going west.
-Calvin-

#3

Wouter_Masselink

    Wouter_Masselink


  • >5k berichten
  • 8252 berichten
  • VIP

Geplaatst op 20 juni 2011 - 15:09

Dat zou fantastisch zijn, het probleem is dat ik met een 5 tal verschillende populaties te maken heb die ik ga proberen te isoleren die (alle populaties bij elkaar) ontstaan en weer verdwijnen en bestaan uit een totaal van ongeveer 50 cellen. Doordat ik alle populaties onafhankelijk van elkaar met elkaar wil kunnen vergelijken en om voldoende statistische kracht (drievoud)te krijgen zit ik dus in theorie met 30 arrays in m'n maag gespits (en 60 samples!!!). Dit zou niet alleen ontzettend in de kosten gaan lopen (heb vandaag een gedeeltelijke prijsopgave gekregen) maar zou mij ook veroordelen tot een maand of twee achter de microscoop (doordat ik een hoop samples moet verzamelen).

Zodoende ben ik dan ook met een mogelijk alternatief bezig om alles aan te pakken met deepsequencing. Financieel gezien is dit toevallig gunstiger aangezien we hier zelf een afdeling hebben die sequencing voor ons kan doen en het kost ons als groep niks. Tevens zou dit in de vergelijking vele malen eenvoudiger aangezien ik slechts een tweevoud van de 5 populaties nodig heb, dus 10 samples die ik met 2 runs bij de sequencing faciliteit klaar kan hebben.

Nog steeds blijft de vraag voor RNA amplificatie hierdoor staan. De voorwaarden zijn echter wel veranderd. De SMARTer ultra low kit (clontech) werd me aangeraden door een aantal mensen en volgens hun technische beschrijving is dit een fantastische kit die precies doet wat ik ervan verwacht. Het gaat hier echter om nogal een forse prijs per reactie en derhalve zou ik elke tip die ik kan krijgen ten aanzien van de te gebruiken kit op prijs stellen.

Om RNA te isoleren zal ik waarschijnlijk de RNeasy micro kit (qiagen) gebruiken. De amplificatie ben ik dus nog niet uit, de voorwaarden waaraan een kit moet voldoen zijn als volgt, het moet netjes samenwerken met de RNeasy micro kit (geen probleem neem ik aan), werkzaam zijn op een minimale hoeveelheid RNA (uit 20-50 cellen maximaal) en tot slot voldoende cDNA opleveren voor een Affymetrix microarray danwel een Illumina GAIIx sequencer.
"Meep meep meep." Beaker





0 gebruiker(s) lezen dit onderwerp

0 leden, 0 bezoekers, 0 anonieme gebruikers

Ook adverteren op onze website? Lees hier meer!

Gesponsorde vacatures

Vacatures