Allereerst vind ik de begrippen van 3' naar 5' gaan moeilijk te omvatten. Ik weet dat aan de 5'-kant een fosfaatgroep aan het 5e C-atoom is gebonden, en dat dit bij de 3'-kant een OH-groep is aan het 3e C-atoom. Ook weet ik dat het DNA wordt afgelezen van de 3'-kant naar de 5'-kant...maar ik snap niet zo goed waarom dit zo zit. Ja, omdat polymerase dat zo kan aflezen...maar als ik dan naar onderstaande afbeelding kijken raak ik wat betreft die 3'- en 5'-kant in de war:
Daarnaast kom ik tegen dat een RNA-startcodon zich (altijd?) op de 5'- kant bevindt, waarschijnlijk het beginpunt van DNA-polymerase? En plaatst deze zich dan enkel op de lagging- of de leading strand...of beide? Ik begrijp dat ook niet helemaal aangezien het DNA enkel van 3' naar 5' is af te lezen, dus waarom moet zo'n startcodon dan aan de 5' komen te zitten om de hele synthese in gang te zetten, als dit het achterste deel van het aflezen vormt?
Small opportunities are often the beginning of great enterprises.(Demosthenes, 384 BC - 322 BC)
ik heb dit ooit allemaal eens gestudeerd, maar dat is al weer even geleden.
Je moet ermee rekening houden dat de 3' en 5' slaan op de streng die wordt afgelezen/gekopieerd. De streng die hiervan dan de kopie wordt loopt dan andersom. Een dubbele streng wordt maar langs één kant uit elkaar gehaald, dit maakt dat één van de twee strengen rechtstreeks kan worden afgelezen/gekopieerd van 3' naar 5' (in dit geval het onderste stuk). Je maakt dan een streng die loopt van 5' en 3'. Initieel heb je ene primer nodig, die wordt aangelegd op de 3' van de oorspronkelijke streng, en vormt dan uiteindelijk de 5' kant van de nieuwe. Het kopiëren verloopt in één trek, samen met het uiteenrollen van de dubbele streng.
Voor de andere streng heb je het probleem dat alleen de 5' kant vrij is. Daarom wordt gewacht tot er een stukje is "afgerold" (ken de correct term niet). Hierna wordt aan de 3' kant van dit kleine stukje een primer aangelegd, en wordt dit klein stukje ook van 3' naar 5' gekopieerd. Zo'n klein fragmentje is het Okazaki-fragment.
