Springen naar inhoud

[bioinformatica] vragen over genen


  • Log in om te kunnen reageren

#1

Shirah2003

    Shirah2003


  • 0 - 25 berichten
  • 6 berichten
  • Gebruiker

Geplaatst op 29 oktober 2005 - 00:47

Hoi iedereen,

Vanwege assessments "bioinformatica en genen" voor mijn opeiding, aanstaande week, heb ik een paar vraagjes, ik hoop dat iemand mij kan helpen.

- cDNA is toch gelijk aan de oorspronkelijke DNA sequentie, maar dan zonder de introns? even niet vanuit gaande dat het gaat om een splicing variant.

- Begrijp ik het goed dat een EST hetzelfde is als een cDNA clone?

- Wordt bij positional cloning alleen gebruik gemaakt van familieleden, of wordt er ook gebruik gemaakt van anderen?

- Als ik een overzichtskaart opvraag van de genexpressie, dan is het bij insuline meteen duidelijk dat het de pancreas is:
http://genome-www.st...ds/carddisp?INS
Maar als ik dan bijv. naar hemochromatosis kijk:
http://genome-www.st...ds/carddisp?HFE
dan is dit me niet meteen duidelijk. zowel brain, liver, prostate en kidney geven een uitslag bij unigene: electronic northern. Bij CGAP:SAGE staat alleen brain. Waar moet ik nou vanuit gaan? Hoe moet ik deze resultaten interpreteren?

Jenny

Dit forum kan gratis blijven vanwege banners als deze. Door te registeren zal de onderstaande banner overigens verdwijnen.

#2

BioLog

    BioLog


  • >100 berichten
  • 116 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 30 oktober 2005 - 16:54

cDNA is een kopie van het mRNA van een bepaald gen. sDNA bestaat dus uit DNA. Het is dus juist dat de codering van het cDNA gelijk is aan het gen zonder de introns.
EST is een gen dat uit het genoom genomen is en gekloneerd is in een vector (plasmide). Dit zou ook een cDNA clone genoemd kunnen worden.
Wat met 'positional cloning' bedoeld wordt, kan ik geen antwoord op geven daar ik het verband van de vraag niet zie.
De voorbeelden van genexpressie is duidelijk te interpreteren. Voor Insuline is het idd een duidelijk geval. Hemochromatose is naar mijn weten een aandoening en geen biomolecuul waarvan een expressie te bepalen is. Echter is het zo dat bij hemochromatose ijzer niet afgevoerd wordt en vervolgens ophoopt in verschillende organen. Dat is hetgeen dat weergegeven wordt. Daarbij zijn 2 methoden gebruikt met 'verschillende' resultaten waarvan beiden serieus genomen moeten worden. De ene test is nl. gevoeliger dan de ander bij meting van verschillende uitgangsmaterialen. Naar mijn weten hoopt ijzer op in lever, pancreas, beenmerg, hart en huid. Hierbij treedt na verloop van tijd weefselschade op.
BioLog.nl Life Sciences and BioNews

#3

Sophia?

    Sophia?


  • >250 berichten
  • 323 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 30 oktober 2005 - 20:41

- cDNA is toch gelijk aan de oorspronkelijke DNA sequentie, maar dan zonder de introns? even niet vanuit gaande dat het gaat om een splicing variant.

cDNA wordt gemaakt met behulp van het mRNA en is inderdaad gelijk aan de genomische sequentie minus de introns, maar wel met alle exons. Als er dus splicing varianten zijn, zitten exonen van alle varianten in het cDNA. Op die manier kan het dus als een normaal gen functioneren.
"You're really full of yourself, aren't you?"
"Yeah. I like that about me."
- U Turn

#4

Sophia?

    Sophia?


  • >250 berichten
  • 323 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 30 oktober 2005 - 20:47

EST is een gen dat uit het genoom genomen is en gekloneerd is in een vector (plasmide). Dit zou ook een cDNA clone genoemd kunnen worden.

Dit klopt niet. Zie http://www.ncbi.nlm....primer/est.html voor een goede uitleg van wat EST's of expressed sequence tags zijn, hoe ze van cDNA gemaakt worden, en waar ze voor worden gebruikt.
(EST's worden hoofdzakelijk gebruikt voor sequencing, terwijl cDNA voor van alles en nog wat kan worden gebruikt (transgene proefdieren maken, of EST's produceren bijvoorbeeld)).
"You're really full of yourself, aren't you?"
"Yeah. I like that about me."
- U Turn

#5

Shirah2003

    Shirah2003


  • 0 - 25 berichten
  • 6 berichten
  • Gebruiker

Geplaatst op 07 november 2005 - 15:33

Bedankt voor jullie antwoorden.
Ik heb er niet veel aan gehad voor het assessment want er werd niets over gevraagd maar ik heb er wel weer van geleerd, en dat is ook belangrijk.

Jenny





0 gebruiker(s) lezen dit onderwerp

0 leden, 0 bezoekers, 0 anonieme gebruikers

Ook adverteren op onze website? Lees hier meer!

Gesponsorde vacatures

Vacatures