Proteomics wat is dat?

prostuntgd

Hallo,

Weet iemand van jullie wat proteomics inhoud in het kort?

JeroenCV

dit is een lastige vraag. Er zijn meerdere definities:

een ervan is deze:

Proteomics is het ophelderen van alle eiwitten in een organisme. oftwel het identificeren van alle eiwitten die door het genome kunnen worden gemaakt.

Proteomics komt als gevolg op de genomics. het ophelderen van het genome van een organisme.

Tegenwoordig houden veel mensen zich bezig met proteomics, want het human genome project is afgerond.

Bij de proteomics die nu wordt uitgevoerd is het vaak lastig om naar alles te kijken dus wordt vaak een gedeelte van het volledige proteome bekeken.

Ik zelf gebruik alleen proteomics. Ik kijk naar bepaalde eiwitten en probeer aan de hand hiervan iets te identificeren. Ik bepaal de sequence (=amino zuur volgorde) van bepaalde eiwitten en zo de oorsprong.

is dit genoeg hulp?

groet

Jeroen

Jorim

Proteomics op Wikipedia (en), het is niet mijn richting, maar Wikipedia heeft 'meestal' wel goede informatie

suzyronsmans

Is het ook te bepalen m.b.v. een "solid phase liquid-pulse sequenator"?

groetjes Peggy

rwwh

Peggy schreef: Is het ook te bepalen m.b.v. een "solid phase liquid-pulse sequenator"?

Wat is "het", en wat is dat voor een apparaat?

Proteomics is een onderdeel van de wetenschap. Er zijn meerdere apparaten nodig om dat veld te beoefenen. Onderdelen zijn:

Beschrijven welke eiwitten waar in het lichaam en wanneer actief zijn
Beschrijven waar in de cel ze zich bevinden
Beschrijven wat die eiwitten doen
Beschrijven welke externe invloeden de functie veranderen
Beschrijven welke relaties er bestaan tussen eiwitten
...

Lang niet alles kan met eenvoudige apparaten. In tegenstelling tot genomics, waar de "sequencer" eigenlijk alles doet, en er daarna alleen nog wat computerwerk moet worden gedaan. Je zou kunnen zeggen dat genomics inmiddels grotendeels een technologie is, terwijl proteomics nog grotendeels wetenschap is: er moet bij elke stap zorgvuldig worden nagedacht.

suzyronsmans

Wat is "het", en wat is dat voor een apparaat?

Met "het" bedoelde ik proteomics, maar als ik het nu goed heb begrepen kan proteomics dus niet bepaald worden, maar wel de eiwitten die we bijvoorbeeld willen identificeren?

Solid-phase liquid-pulse sequenator : instrumentele techniek die veel voorkomend wordt gebruikt om peptiden te sequenceren via de EDMAN-techniek.

-polypeptide is covalent gebonden via het carboxyluiteinde aan een polymeerschijfje middenin het toestel

-reagentia worden bovenaan het toestel toegevoegd

-reacties treden dan op

-de gevormde producten worden dan automatisch verplaatst

-de fenylthiohydantoinderivaten worden onderaan het toestel verzameld en geanalyseerd.

We kunnen dan een cyclus maken i.f.v de tijd en zo 1 voor 1 de aminozuren uithydroliseren en analyseren.

Is er nog een andere techniek om eiwitten te identificeren?

groetjes Peggy

Napoleon1981

Proteomics is een vakgebied, en kan dus niet bepaald worden ofzo. Iets is niet 5 proteomics eenheden ofzo.

Een apparaat wat tegenwoordig veel gebruikt wordt is de massa spectrometer.

JeroenCV

Napoleon1981 schreef:

Een apparaat wat tegenwoordig veel gebruikt wordt is de massa spectrometer.

aanvulling: Een MS is een detector. Voor dat je eiwitsequencies etc wilt bepalen heb je toch een scheiding nodig. Je kan niet een schep eiwit in een MS gooien en dan de sequence hebben.

een globale opzet:

Eiwitmengesel--> scheiding ---> digestie (aan stukjes knippen)--> scheiding --> MS

Uitleg: een eiwit mengsel, een cel extract ofzo, wordt gescheiden via 2D-gel ofzoiets, elk eiwit die je wilt bepalen wordt gedigesteerd, door een enzyme erbij te gooien. De gevormde stukjes van het eiwit worden gescheiden (door bv LC) en met de MS bepaald.

Gideon

Edman's degradatie is een methode om aminozuren in een polypeptide (lees: eiwit) te bepalen. Helaas gaat dat echter niet geweldig, ik heb begrepen dat je maar circa 100 aminozuren kunt bepalen, correct me if i'm wrong.

Digestie is inderdaad een optie, maar wanneer je veel eiwitten tegelijk wilt sequencen kom je in de problemen. Zoals als geopperd werd is massaspectrometrie (vaak SELDI/MALDI) een goede methode om te bepalen welke eiwitten in een mengsel zitten, nadat het gescheiden is met bijvoorbeeld 2D electroforese of HPLC.

Sequencen van eiwitten kan bijvoorbeeld met een derivatisering van de aminogroepen, en de doorvoer daarvan in een tandem MS (MSxMS) analyse.

In de eerste MS stap worden de geknipte eiwitstukken gemeten, en geclassificeerd ahv databases met bekende peptidefragmenten.

In de tweede MS stap worden de eiwitten dan ontleedt en gesequenced, deze methode kost echt heel veel tijd, ik had begrepen dat het runnen van 1 experiment meerdere weken de MS in beslag kan nemen

rwwh

Gideon schreef: Zoals als geopperd werd is massaspectrometrie (vaak SELDI/MALDI) een goede methode om te bepalen welke eiwitten in een mengsel zitten, nadat het gescheiden is met bijvoorbeeld 2D electroforese of HPLC.

Een interessante methode om dit te doen is verschillende 2D gels te maken. Bijvoorbeeld van eiwitmengsels actief in verschillende organen, of van een embryo in verschillende stadia van de ontwikkeling. Men kiest er dan 1 gel uit, en selecteert daarop de spots die duidelijk uniek zijn voor dat orgaan of dat stadium in de ontwikkeling. En de betreffende eiwitten identificeer je dan.

Overigens hoef je daarvoor vaak niet het hele eiwit te sequencen. Je bepaalt gewoon de eerste ~12 aminozuren, en zoekt die dan op in het genoom van het organisme.

Gideon

De nieuwste technieken maken het zelfs mogelijk om meerdere pools (tot 4 geloof ik) in 1 experiment te te meten. Dit doen ze door gebruik te maken van zwaardere isotopen, ik meen tritium, waardoor de verschillende samples NET naast elkaar opkomen in het MS spectrum. Het fijne weet ik er helaas niet van, feit is wel dat deze MS technieken zich in hoog tempo ontwikkelen.

[OFFTOPIC]

Afgezien dat MS in proteomics een echte powertool is, of in ieder geval potentie heeft dat te worden, denk ik dat de grootste winsten behaald zullen worden met een integrale aanpak. Bijvoorbeeld in combinatie met DNA microarrays waar dan zowel het transcriptoom (mRNA populatie) als het proteoom in kaart worden gebracht.

JeroenCV

De nieuwste technieken maken het zelfs mogelijk om meerdere pools (tot 4 geloof ik) in 1 experiment te te meten. Dit doen ze door gebruik te maken van zwaardere isotopen, ik meen tritium, waardoor de verschillende samples NET naast elkaar opkomen in het MS spectrum. Het fijne weet ik er helaas niet van, feit is wel dat deze MS technieken zich in hoog tempo ontwikkelen.

Tot vier is wel een maximun voor de praktische kant. Door op iedere pool een andere isotoop te gebruiken kan je in de MS per peptide meerdere pieken krijgen.

Uitleg: Stel je hebt in een 4 monsters kans op een eiwit. In een is het niet aanwezig in de andere 3 wel, maar in mindere mate. Door hier 4 verschillende labels te gebruiken in de digestie, krijg je in je LC 1 piek (door het labelen me tisotopen verande rje de cheimsche eigenschappen van de stoofen niet zo dat retentiemechanismen gaan veranderen) maar in de MS zal je verschillende pieken zien. bv 735,54 voor de "normale vorm". Daarnaast zal je een piek bij 736,54 zien voor een zwaarwater atoom en een piek bij 737,54 voor de C14. (of welke isotopen je ook hebt gebruikt) Door de intensiteit verschillen zal je ook relatief kunnen quantificeren.

Dit kan je trouwens ook doen in 2D-gel. met verschillende fluoriserende labels te gebruiken.

[OFFTOPIC]

Afgezien dat MS in proteomics een echte powertool is, of in ieder geval potentie heeft dat te worden, denk ik dat de grootste winsten behaald zullen worden met een integrale aanpak.

Dat is mijn promotie onderzoek!

Hovinsj1

De originele (1994) definitie - door Marc Wilkins - van het PROTEOME: het equivalent van de set eiwitten (PROTEinen) gecodeerd door het genOME. Daar een proteoom van een organisme vele malen complexer is dan zijn genoom, zijn er vele technieken ontwikkeld om het proteoom op te helderen. Proteomics is in feite het toepassen van deze technieken om die globale set van eiwitten te identificeren. Tegenwoordig is de definitie wat vervaagt, doordat ook klassieke proteinchemie nu tot proteomics wordt gerekend. De technieken die het meest toegepast worden, vooral ook in de farmaceutische industrie, zijn 2D gelelektroforese om complexe eiwitmengsels te scheiden, gekoppeld aan massa spectrometrie om de eiwitten (na digestie met trypsine) te kunnen identificeren. Daarnaast worden er natuurlijk ook LC methoden toegepast. Er is geen eenduidige methode om alle eiwitten uit een cel te kunnen scheiden. Ook voor membraan eiwitten zijn er geen optimale methoden beschikbaar.

yoda50

Hi,

Wij gebruiken de volgende definitie als kernomschrijving voor proteomics:

Proteomics is de bestudering van eiwitten, op grote schaal, met name hun structuren en functies. Hoewel de naam is afgeleid naar analogie met genomics, en proteomics vaak gezien wordt als de volgende stap na genomics, is proteomics een veel ingewikkelder vakgebied, vooral omdat het genoom een redelijk constante entiteit is en het proteoom wisselt van cel tot cel en continu verandert door biochemische interacties met het genoom en de omgeving.

Een organisme heeft compleet andere eiwitexpressie in verschillende delen van het lichaam, in verschillende levensstadia en in verschillende omgevingscondities. Het totaal aan eiwitten in het bestaan van een organisme gedurende de levenscyclus, of op kleinere schaal het totaal aan eiwitten binnen een cel onder gedefinieerde omstandigheden, wordt aangeduid als het proteoom (van dat organisme of van die cel). Aangezien eiwitten een centrale rol spelen in het leven van een organisme, is proteomics een instrument in het ontdekken van biomarkers, bijvoorbeeld als een indicatie van een ziekte.

Wetenschapsforum

Laatste berichten

Nieuwsberichten

Proteomics wat is dat?

Proteomics wat is dat?

Re: Proteomics wat is dat?

Re: Proteomics wat is dat?

Re: Proteomics wat is dat?

Re: Proteomics wat is dat?

Re: Proteomics wat is dat?

Re: Proteomics wat is dat?

Re: Proteomics wat is dat?

Re: Proteomics wat is dat?

Re: Proteomics wat is dat?

Re: Proteomics wat is dat?

Re: Proteomics wat is dat?

Re: Proteomics wat is dat?

Re: Proteomics wat is dat?