Springen naar inhoud

Primer


  • Log in om te kunnen reageren

#1

Duupje

    Duupje


  • 0 - 25 berichten
  • 11 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 05 juni 2005 - 12:52

Allo
Hier ben ik weer met nog een vraagje
Kan er mij iemand aub uileggen wat een primer is?
Alvast bedankt!
I don't need a hero. I don't need anyone.

Dit forum kan gratis blijven vanwege banners als deze. Door te registeren zal de onderstaande banner overigens verdwijnen.

#2

Dante_CF

    Dante_CF


  • >250 berichten
  • 592 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 05 juni 2005 - 13:29

een primer is een stukje DNA of RNA dat aan je enkelvoudige DNA streng kan gekleefd worden en waar vervolgens op verder kan gebouwd worden.

wordt bijvoorbeeld gebruikt bij PCR(polymerase chain reaction) en ook bij DNA replicatie

#3

biochemiefreak

    biochemiefreak


  • >1k berichten
  • 2330 berichten
  • VIP

Geplaatst op 06 juni 2005 - 09:12

Geplaatste afbeelding

In dit voorbeeld wordt de functie van een primer goed weer gegeven.
Je hebt foward en backward primers. Dat wil zeggen dat ze de zelfde ATGC hebben maar dan in de omgekeerde volgorde. De lengte verschilt nogal. Het uit eindelijke doel van deze primers is het juiste stukje DNA dat je wilt onderzoeken er tussen uit halen en vermeerderen. Daarna kan met behulp van gel-elektroforese de gen expressie worden bepaald.

Er is ook nog een andere toepassing voor primers. Bijvoorbeeld cDNA synthese. Hierbij wordt geisoleerd RNA omgezet in c(copy)DNA met behulp van random primer, primers die zich overal op het RNA hechten en oligo primers die zich maar op 1 punt op het RNA hechten. Dit cDNA is weer geschikt voor PCR.

een primer is een stukje DNA of RNA dat aan je enkelvoudige DNA streng kan gekleefd worden en waar vervolgens op verder kan gebouwd worden.

DNA is dubbel strengs dus kan nooit als primer fungeren!!

MvG Ron

Veranderd door biochemiefreak, 06 juni 2005 - 09:33


#4

JeroenCV

    JeroenCV


  • >1k berichten
  • 1153 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 06 juni 2005 - 09:22

vraagje over het plaatje...is het zwarte bolletje nou de taq?

#5

biochemiefreak

    biochemiefreak


  • >1k berichten
  • 2330 berichten
  • VIP

Geplaatst op 06 juni 2005 - 09:28

Ik neem aan dat het de taq is of terwijl het enzym dat de ATGC's gaat koppelen op de lege plekken. Of zie je dit anders Jeroen?

MvG Ron

#6

JeroenCV

    JeroenCV


  • >1k berichten
  • 1153 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 06 juni 2005 - 09:30

nee ik zag hetzelfde, maar wou het even zeker weten.

bedankt
Ron

#7

Dante_CF

    Dante_CF


  • >250 berichten
  • 592 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 06 juni 2005 - 09:57

een primer is een stukje DNA of RNA dat aan je enkelvoudige DNA streng kan gekleefd worden en waar vervolgens op verder kan gebouwd worden.

DNA is dubbel strengs dus kan nooit als primer fungeren!!

MvG Ron

als je de temperatuur verhoogt of met de pH speelt
gaan de DNA strengen toch uit elkaar en vormen zich toch 2 enkelstrengen
kan er dan geen klein stukje DNA(primer) hybridiseren met de een langere DNA streng?

#8

biochemiefreak

    biochemiefreak


  • >1k berichten
  • 2330 berichten
  • VIP

Geplaatst op 06 juni 2005 - 10:28

kan er dan geen klein stukje DNA(primer) hybridiseren met de een langere DNA streng?

Ik zou het niet echt weten of dit mogelijk is. Ik heb er nog nooit van gehoord.
Maar als ik een PCR uitvoer bepaal ik de primers van te voren een foward en een backward primer. Primers heb je natuurlijk niet zomaar. primer design nog meer design programma's
Dus je primers moeten aan bepaalde eigenschappen voldoen zeg maar een optimum. Als je het DNA uit elkaar trekt dan moeten de primers snel gaan hechten aan de vrije plaatsen waar ze over een komen. Misschien kan het daarom niet. Maar goed zoals ik al zeg weet ik het niet zeker.

MvG Ron

Veranderd door biochemiefreak, 07 juni 2005 - 07:57


#9

Dante_CF

    Dante_CF


  • >250 berichten
  • 592 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 06 juni 2005 - 11:07

ik denk dat bij PCR je DNA primers gebruikt en bij de replicatie van DNA wordt er een RNA primer gebruikt.

mama ji

#10

JeroenCV

    JeroenCV


  • >1k berichten
  • 1153 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 06 juni 2005 - 11:51

Ron,

Gewoon uit pure interesse:
J hebt het over optimaliseren van primers. Zijn er geen universele primers, die je bij alle PCR kan gebruiken? Of hangt dit echt van het organisme af? Dus per beestje een andere primer?

#11

Dante_CF

    Dante_CF


  • >250 berichten
  • 592 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 06 juni 2005 - 11:57

als je het niet erg vindt zal ik ook eens proberen antwoorden
Ron verbetert me wel als ik verkeerd ben.

PCR wordt gebruikt om stukjes DNA strengen in grote hoeveelheden op korte tijd aan te maken. Van het stukje DNA dat je op dat moment wil vermenigvuldigen moet je de voorliggende en achterliggende code kennen. Je moet die code kennen omdat je dan primers gaat maken van zo'n 20 nucleotiden die met de streng kunnen hybridiseren op de specifieke plaatsen die je nodig hebt om enkel het gewenste stukje te vermenigvuldigen.
Deze primer moet erg specifiek zijn zodat je geen verkeerde stukken DNA kopieert daarom neem je ook bijvoorbeeld 20nucleotiden, omdat de kans dat die specifieke volgorde nog ergens anders op de streng voorkomt wel erg klein is, je neemt geen 50 nucleotiden omdat je ook aan het prijskaartje moet denken.

#12

biochemiefreak

    biochemiefreak


  • >1k berichten
  • 2330 berichten
  • VIP

Geplaatst op 06 juni 2005 - 12:01

ik denk dat bij PCR je DNA primers gebruikt en bij de replicatie van DNA wordt er een RNA primer gebruikt.

Ik werk ook met RNA primers bij PCR. Dus dat gaat niet helemaal op :)

Gewoon uit pure interesse:
J hebt het over optimaliseren van primers. Zijn er geen universele primers, die je bij alle PCR kan gebruiken? Of hangt dit echt van het organisme af? Dus per beestje een andere primer?


Zeker gebruiken we universele primers, gelukkig wel anders moet je elke keer weer nieuwe ontwikkelen. Er zijn genoeg bedrijven, zoals applied biosystems, die ons dit werk uithanden nemen(600.000 soorten). Maar ze hebben natuurlijk niet van elk beestje zoveel primers, al zijn er heel veel humane primers. Dat is ook de reden dat wij voor de gen expressie van adhesiemoleculen in muizen nieuwe primers moeten ontwerpen. En daarvoor hebben wij hier ook iemand lopen die dat heel goed kan. Dus het hangt van het organisme af. Trouwens ik gebruik alleen maar real-time RT PCR primers dit zijn assay on demand primers. Dus universeel.

PCR wordt gebruikt om stukjes DNA strengen in grote hoeveelheden op korte tijd aan te maken. Van het stukje DNA dat je op dat moment wil vermenigvuldigen moet je de voorliggende en achterliggende code kennen. Je moet die code kennen omdat je dan primers gaat maken van zo'n 20 nucleotiden die met de streng kunnen hybridiseren op de specifieke plaatsen die je nodig hebt om enkel het gewenste stukje te vermenigvuldigen.
Deze primer moet erg specifiek zijn zodat je geen verkeerde stukken DNA kopieert daarom neem je ook bijvoorbeeld 20nucleotiden, omdat de kans dat die specifieke volgorde nog ergens anders op de streng voorkomt wel erg klein is, je neemt geen 50 nucleotiden omdat je ook aan het prijskaartje moet denken.

prima dacht ik zo :D


MvG Ron

Veranderd door biochemiefreak, 07 juni 2005 - 07:56


#13

Gideon

    Gideon


  • Chemiefoum.nl erelid
  • 337 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 08 juni 2005 - 07:07

Ik wil hier toch even op in springen. Selectieve amplificatie vereist idd dat je de sequenties kent. Maar er zijn nog zat PCR soorten waarbij dit niet hoeft.

Een manier om planten te typeren is door gebruik te maken van hele korte primers, waar heel veel fragmenten worden geamplificeerd. Deze 'fingerprint'techniek wordt gebruikt om verwantschap tussen planten mee aan te tonen, een voorbeeld is RAPD.

Een selectievere manier om bijv mRNA te amplificeren is met oligod(T) primers welke hybridiseren op de 3' poly A tail. Dit is beter dan het gebruik van random hexameren, waarbij vrijwel ALLES geamplificeerd wordt, deze is dus NIET specifiek.

Weet je zeker dat je RNA primers gebruikt Ron? Voor cDNA synthese gebruik je gewoon DNA oligos hoor, volgens mij. Dit heeft een bijkomend voordeel: RNA/DNA heteroduplexen (bizar woord ik weet het) zijn stabieler dan RNA/RNA en DNA/DNA bindingen. Bovendien zijn je RNA primers ZO gedegradeerd.

#14

biochemiefreak

    biochemiefreak


  • >1k berichten
  • 2330 berichten
  • VIP

Geplaatst op 08 juni 2005 - 08:11

Weet je zeker dat je RNA primers gebruikt Ron? Voor cDNA synthese gebruik je gewoon DNA oligos hoor, volgens mij. Dit heeft een bijkomend voordeel: RNA/DNA heteroduplexen (bizar woord ik weet het) zijn stabieler dan RNA/RNA en DNA/DNA bindingen. Bovendien zijn je RNA primers ZO gedegradeerd.


Ik voel me nu wel een beetje dom ja :)
DNA bindingen zijn veel stabieler en kun je de primers veel beter bewaren. En RNA degradeerd echt heel snel en moet je nog oppassen voor de RNase van je handen. Maar hoe zit het dan als je forward en backward primers hebt? Die heb ik ook gebruikt en die breng je afzondelijk van elkaar bij cDNA voor PCR.

Trouwens wij gebruiken geen oligod primers omdat we alles willen amplificeren.

MvG Ron

Veranderd door biochemiefreak, 08 juni 2005 - 08:12


#15

Gideon

    Gideon


  • Chemiefoum.nl erelid
  • 337 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 08 juni 2005 - 18:07

Maar hoe zit het dan als je forward en backward primers hebt? Die heb ik ook gebruikt en die breng je afzondelijk van elkaar bij cDNA voor PCR.


Ik snap niet precies wat je bedoelt, maar ik gok erop dat je een Nested PCR doet, moet je grote fragmenten PCRen?





0 gebruiker(s) lezen dit onderwerp

0 leden, 0 bezoekers, 0 anonieme gebruikers

Ook adverteren op onze website? Lees hier meer!

Gesponsorde vacatures

Vacatures