Springen naar inhoud

RNA


  • Log in om te kunnen reageren

#1

biochemiefreak

    biochemiefreak


  • >1k berichten
  • 2330 berichten
  • VIP

Geplaatst op 07 juni 2005 - 08:06

Ik ben bezig nu met het maken van mijn afstudeer verslag.
Ik was bezig met materiaal en methode en ik ben bij de RNA isolatie blijven steken op een klein dingetje en ik kan het niet zo snel vinden.
Ik heb een gel-elektroforese gedaan met RNA monsters en loadingbuffer. Ik krijg als alles goed gaat twee bandjes. Deze twee bandjes zegt iets over de concentratie (vooruit bepaald met de nanodrop) en kwaliteit van je RNA monsters. Ik moest dit checken ivm de cDNA synthese.
Maar nu vraag ik mij af hoeveel Dalton zijn deze twee bandjes? Ik kan dit maar niet vinden. Misschien weet iemand van jullie het wel.

MvG Ron

Dit forum kan gratis blijven vanwege banners als deze. Door te registeren zal de onderstaande banner overigens verdwijnen.

#2

Beryllium

    Beryllium


  • >5k berichten
  • 6314 berichten
  • Minicursusauteur

Geplaatst op 07 juni 2005 - 08:25

Daar laat je toch een marker voor meelopen?
You can't possibly be a scientist if you mind people thinking that you're a fool. (Douglas Adams)

#3

biochemiefreak

    biochemiefreak


  • >1k berichten
  • 2330 berichten
  • VIP

Geplaatst op 07 juni 2005 - 08:28

Daar laat je toch een marker voor meelopen?


klopt, maar wij gebruiken daar gewoon ter controle een oud RNA monster.
Het gaat er alleen maar om of het een goed monster is of niet we doen er niets kwantitatief mee. Daar hebben we immers de nanodrop voor.

MvG Ron

#4

Buckyball

    Buckyball


  • 0 - 25 berichten
  • 18 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 07 juni 2005 - 09:58

Hoi,

Volgens mij kun je de dalton niet bepalen zonder een marker.
Ik heb op school een aantal elektroforesen uitgevoerd en dat was telkens met een marker.
Van die marker heb ik een ijklijn gemaakt en uit de vergelijking van de ijklijn het aantal dalton van het DNA,RNA bepaald.

Er is misschien wel een andere manier om de dalton te bepalen, maar uit de elektroforese zonder marker ga je volgens mij geen dalton kunnen bepalen.

MVG
Caroline

#5

Napoleon1981

    Napoleon1981


  • >1k berichten
  • 2399 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 07 juni 2005 - 10:16

Als je de tijd exact weet, kun je als nog een marker laten lopen (of kijken of er in het verleden wel markers hebben gelopen voor deze tijd) . Let wel op dan krijg je alleen een hele ruwe indicatie.

#6

biochemiefreak

    biochemiefreak


  • >1k berichten
  • 2330 berichten
  • VIP

Geplaatst op 07 juni 2005 - 10:36

Ik heb de oplossing al gevonden. De scheiding is berust op de ribosomaal RNA, dit bestaat uit twee subunits met een waarde van 18s en 28s.

MvG Ron

#7

JeroenCV

    JeroenCV


  • >1k berichten
  • 1153 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 07 juni 2005 - 12:06

misschien een stomme vraag...je drukt het toch uit in Da niet in s? s ken ik alleen als seconde...en dat bedoel je vast niet.

#8

biochemiefreak

    biochemiefreak


  • >1k berichten
  • 2330 berichten
  • VIP

Geplaatst op 07 juni 2005 - 12:30

Nee klopt, ze praten hierover een subunit van het ribosomaal RNA. Dat zijn er twee. Maar volgens mij is het wel Da.

MvG Ron

#9

Dante_CF

    Dante_CF


  • >250 berichten
  • 592 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 07 juni 2005 - 13:36

misschien een stomme vraag...je drukt het toch uit in Da niet in s? s ken ik alleen als seconde...en dat bedoel je vast niet.

S van Svedberg
een sedimentatiecoŰfficient of zoiets

eukaryotisch ribosoom bestaat uit 2 delen
een van 40S en een van 60S denkik
en daarin zitten dan weer korte rRNA strengen met ook elk hun Svedbergwaarde

het volledig ribosoom is 80S

Veranderd door Dante, 07 juni 2005 - 13:38


#10

JeroenCV

    JeroenCV


  • >1k berichten
  • 1153 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 07 juni 2005 - 13:55

ok. nu snap ik het, thanx!

#11

biochemiefreak

    biochemiefreak


  • >1k berichten
  • 2330 berichten
  • VIP

Geplaatst op 07 juni 2005 - 13:55

Dat maakt het voor mij ook wat duidelijker. Kan ik weer ff verwerken in mijn verslag :) Bedankt!

MvG Ron

#12

Dante_CF

    Dante_CF


  • >250 berichten
  • 592 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 07 juni 2005 - 15:13

RNA en svedberg waarden

hier vind je welk deel van je ribosoom welke rRNA delen bevat
28S, 5.8S en 5S in het 60S gedeelte
18S in het 40S deel

in m'n cursus moleculaire biologie staat het nog beter uitgelegd
maar ik kan die moeilijk opsturen hÚ :)

#13

DanD

    DanD


  • 0 - 25 berichten
  • 20 berichten
  • Gebruiker

Geplaatst op 07 juni 2005 - 16:47

??

Het nagaan van de aanwezigheid van de 28S , 18S en 5S ribosomaal RNA heeft toch niet zozeer betreking tot de hoeveelheid RNA, kan misschien wel gelinkt worden aan het aantal Dalton van uw staal, maar is oorspronkelijk toch niet de bedoeling.

Adhv de detectie van de ribosomale subeenheden kan men wel checken of er tijdens de RNA isolatie geen RNA is afgebroken. Zonder RNA kan men namelijk geen cDNA synthese starten. Vandaar dat men eerst de kwaliteit van het ge´soleerde RNA checkt adhv detectie van de ribosomale subeenheden. Zijn deze niet terug te vinden kan je besluiten dat je RNA is afgebroken door RNase en heb je bijgevolg geen template voor de cDNA synthese.

Om een idee te krijgen over het aantal Dalton RNA van uw kan je best een merker mee laten lopen. Detectie van de ribosomale subeenheden is kwalitatief en niet kwantitatief

Heb tijdens mijn thesis jaar PCR en 5' RACE reacties uitgevoerd. RNA ge´soleerd en omgezet tot cDNA.

Het is een tijdje geleden, maar deze redenering heb ik er nu aan over gehouden

Groet

#14

biochemiefreak

    biochemiefreak


  • >1k berichten
  • 2330 berichten
  • VIP

Geplaatst op 07 juni 2005 - 17:37

Ja ik vermoede al dat het alleen iets met de kwaliteit te maken heeft de kwantiteit bepaal je toch met de nanodrop.

Bedankt!

MvG Ron

#15

Gideon

    Gideon


  • Chemiefoum.nl erelid
  • 337 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 08 juni 2005 - 07:00

De zuiverheid van je preparaat bepaal je met de Nanodrop (eiwitcontaminatie)
De gelelectroforese die je beschrijft is inderdaad van de 28S/18S rRNA ratios.
Aangezien dit de meest voorkomende RNA's in cellen zijn en deze subunits idealiter een vaste ratio hebben (oppv) kun je aan de hand van gelelectroforese iets zeggen over de kwaliteit van bijv mRNA, dat maar 1-5% uitmaakt van je totale RNA populatie, maar beter is nog capillaire electroforese (Bioanalyzer).

Bij gel electroforese hoort je 28S bandje ongeveer 2x zo dik als je 18S bandje te zijn





0 gebruiker(s) lezen dit onderwerp

0 leden, 0 bezoekers, 0 anonieme gebruikers

Ook adverteren op onze website? Lees hier meer!

Gesponsorde vacatures

Vacatures