Springen naar inhoud

SDS


  • Log in om te kunnen reageren

#1

DanD_CF

    DanD_CF


  • 0 - 25 berichten
  • 9 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 10 augustus 2005 - 16:47

Hallo,

welke invloed heeft SDS op een eiwitoplossing. Ik weet dat het SDS zorgt voor de strekking van mijn eiwit (denaturatie), het zorgt voor een uniforme negatieve lading doordat het zich aan een eiwit hecht.

Zijn er nog andere zaken waarvoor men SDS gebruikt? Kan het soms leiden tot de afbraak van eiwitten of het dikker maken van een oplossing?

Dit forum kan gratis blijven vanwege banners als deze. Door te registeren zal de onderstaande banner overigens verdwijnen.

#2

sdekivit

    sdekivit


  • >250 berichten
  • 704 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 10 augustus 2005 - 18:54

SDS, oftwel natriumdodecylsulfaat, denatureert eiwitten en maakt deze uniform negatief zodat alle eiwitten opbasis van lading te scheiden zijn in gelelectroforese. (hiervoor wordt er ook 2mercaptoethanol toegevoegd om zwvelbruggen te reduceren.)

Veranderd door sdekivit, 10 augustus 2005 - 18:56


#3

JeroenCV

    JeroenCV


  • >1k berichten
  • 1153 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 11 augustus 2005 - 06:35

Kan het soms leiden tot de afbraak van eiwitten 


Gedenatureerde eiwitten kunnen makkelijk neerslaan.

#4

wozzels

    wozzels


  • 0 - 25 berichten
  • 5 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 11 augustus 2005 - 09:38

Een warme SDS-oplossing wordt ook bij bijvoorbeeld Northern Blotting gebruikt om radioactieve probes van een membraan te wassen zodat dat membraan opnieuw kan gebruikt worden (opnieuw kan gehybridiseerd worden met een probe)

#5

Hovinsj1

    Hovinsj1


  • >100 berichten
  • 125 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 11 augustus 2005 - 11:19

"SDS, oftwel natriumdodecylsulfaat, denatureert eiwitten en maakt deze uniform negatief zodat alle eiwitten opbasis van lading te scheiden zijn in gelelectroforese. (hiervoor wordt er ook 2mercaptoethanol toegevoegd om zwvelbruggen te reduceren.)"

Hier moet ik als 2D elektroforese expert wel even op reageren, want dit is wel een beetje snel door de bocht.
SDS bindt inderdaad aan eiwitten, en wel zodanig dat alle eiwitten netto negatief geladen zijn. SDS-eiwit complexen worden gevormd in een verhouding van ongeveer 1.4 g SDS per gram protein. De scheiding die vervolgens in SDS-PAGE plaatsvindt, kan dus niet meer op basis van lading plaatsvinden. Dat gebeurt immers in de eerste dimensie tijdens de isoelektro fokussering (IEF), waar juist absoluut geen SDS of ander geladen detergens aanwezig mag zijn. Tijdens IEF is dan ook meestal CHAPS of NP-40 als detergens aanwezig. Door aanwezigheid van SDS speelt de intrinsieke lading van het eiwit geen rol meer, en vindt de scheiding van eiwitten juist op relatieve grootte plaats. DTT of 2-mercaptoethanol wordt inderdaad nog toegevoegd om de disulfide bruggen te verbreken.

Sjouke

#6

sdekivit

    sdekivit


  • >250 berichten
  • 704 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 11 augustus 2005 - 18:13

dus de hoeveelheid negatieve lading maakt niet uit ? (Ja het is een uiteindelijk een scheiding op grootte, maar je scheidt eigenlijk op basis van een grotere negatieve lading (die wordt beter aangetrokken door de pluspool). Ook als eiwitten eenzelfde lading maar een andere grootte hebben zal het grrotste molecuul langzamer gaan vanwege de hogere weerstand in de gel.)

Ik ben het daarom ook niet helemaal eens met de term scheiding op basis van grootte want een groter molecuul met een grotere negatieve lading kan evenver komen als een klein molecuul met nauwelijks negatieve lading.

Veranderd door sdekivit, 11 augustus 2005 - 18:19


#7

JeroenCV

    JeroenCV


  • >1k berichten
  • 1153 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 12 augustus 2005 - 06:30

De scheiding is niet gebaseerd op ALLEEN grootte of ALLEEN lading.
De scheiding berust op de verdeling van de lading of het molecuul. Net als bij CZE en andere elektrophorese methoden.

#8

Hovinsj1

    Hovinsj1


  • >100 berichten
  • 125 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 12 augustus 2005 - 08:34

SDS electroforese is geintroduceerd door Shapiro (BBRC 28 (1967) 815-822. Scheiding vindt uitsluitend plaats op grond van molecuul gewicht. Door toevoegn van het anionische detergent SDS wordt de lading van de individuele eiwitten zodanig gemaskeerd, dat dit resulteert in anionische micellen met een constante netto lading per massa eenheid (met resultaat 1.4 g SDS per g protein). Daarnaast worden tertiatire and secundaire structuren verbroken (verbreken van waterstof bruggen en ontvouwen van het eiwit).

Disulfide bindingen (tussen cysteine residuen) worden verbroken door een reducerend thiol reagens (zoals DTT, 2-mercaptoethanol). De SH groepen kunnen eventueel gealkyleerd worden om oxidatie tegen te gaan (iodoacetamide, vinylpyridine).

De ontvouwde aminozuur ketens, gebonden aan SDS, vormen "ellipsoiden". Tijdens elekroforese in polyacrylamide gels is er een lineair verband tussen de logarithme van het molecuul gewicht en de relatieve migratie afstand van de SDS-polypetide micelle.

Zie ook: R. Westermeier Electrophoresis in Practice (3rd Edition), Wiley VCH.


Sjouke

#9

biochemiefreak

    biochemiefreak


  • >1k berichten
  • 2330 berichten
  • VIP

Geplaatst op 12 augustus 2005 - 12:22

Hallo sjouke,
Welkom op het chemieforum.

Ik las in de berichten dat je een specialist bent in 2D elektroforese.
Natuurlijk kunnen wij op het forum specialisten gebruiken.
Vooral op het gebied van de medische en biochemische onderwerpen hebben wij op het forum nog een beetje te weinig specifieke specialisten, omdat het zo'n breed gebied is.
Veel plezier op het forum.

MvG Ron

#10

JeroenCV

    JeroenCV


  • >1k berichten
  • 1153 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 12 augustus 2005 - 12:54

Hallo sjouke,
Welkom op het chemieforum.

Ik las in de berichten dat je een specialist bent in 2D elektroforese.
Natuurlijk kunnen wij op het forum specialisten gebruiken.
Vooral op het gebied van de medische en biochemische onderwerpen hebben wij op het forum nog een beetje te weinig specifieke specialisten, omdat het zo'n breed gebied is.
Veel plezier op het forum.

MvG Ron

sjouke is toch al een tijd lid hier? ik heb haar al eerder zien reageren!

Maar toch hoe meer specialisten hoe beter! :)

#11

DanD_CF

    DanD_CF


  • 0 - 25 berichten
  • 9 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 12 augustus 2005 - 16:39

Ben ik volledig mee eens :)

Alvast bedankt voor de massale reacties...echt leerrijk!!!

D

#12

biochemiefreak

    biochemiefreak


  • >1k berichten
  • 2330 berichten
  • VIP

Geplaatst op 15 augustus 2005 - 14:58

sjouke is toch al een tijd lid hier? ik heb haar al eerder zien reageren!


6 juni 2005
Dus redelijk nieuw hier :)

MvG Ron

#13

Hovinsj1

    Hovinsj1


  • >100 berichten
  • 125 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 16 augustus 2005 - 12:00

sjouke is toch al een tijd lid hier? ik heb haar al eerder zien reageren!

Maar toch hoe meer specialisten hoe beter! :)

sjouke is een hij...

#14

biochemiefreak

    biochemiefreak


  • >1k berichten
  • 2330 berichten
  • VIP

Geplaatst op 16 augustus 2005 - 12:12

Nou jeroen ook lekker scherp hoor :)
Sjouke lijkt me ook meer een naam voor een man vast fries :)

MvG Ron

#15

JeroenCV

    JeroenCV


  • >1k berichten
  • 1153 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 16 augustus 2005 - 12:43

Nou jeroen ook lekker scherp hoor :)

sorry..ik ben chemicus, geen bioloog.... :)





0 gebruiker(s) lezen dit onderwerp

0 leden, 0 bezoekers, 0 anonieme gebruikers

Ook adverteren op onze website? Lees hier meer!

Gesponsorde vacatures

Vacatures