Springen naar inhoud

Tripeptide in MS/MS-systeem


  • Log in om te kunnen reageren

#1

snookdogg85

    snookdogg85


  • 0 - 25 berichten
  • 20 berichten
  • Gebruiker

Geplaatst op 28 augustus 2005 - 12:33

Hallo, kan iemand me op weg helpen met de volgende vraag? Ik heb namelijk geen idee wat mono-isotopische fragmenten zijn en kan dit ook nergens vinden. Bij voorbaat dank.

Het tripeptide Arg-Gly-Asp wordt onderzocht in een MS/MS systeem. Welke mono-isotopische fragmenten kunnen worden aangetroffen? (MW Arg = 174,2, Gly = 75,1, Asp = 133,1)
Don't be smart, just be yourself.

Dit forum kan gratis blijven vanwege banners als deze. Door te registeren zal de onderstaande banner overigens verdwijnen.

#2

Beryllium

    Beryllium


  • >5k berichten
  • 6314 berichten
  • Minicursusauteur

Geplaatst op 28 augustus 2005 - 12:36

(snel, sneller, snelst in reply'en :))

Mono-isotopisch betekent dat de fragmenten alleen atomen van dezelfde isotoop bevatten. Dat maakt de determinatie wat eenvoudiger, je zal namelijk alle fragmenten als ťťn piek in je massaspectrum terugvinden, in plaats van als een serie van meerdere pieken als gevolg van de isotopenverhoudingen in je fragmenten.

Kan je hier al wat verder mee komen?
You can't possibly be a scientist if you mind people thinking that you're a fool. (Douglas Adams)

#3

snookdogg85

    snookdogg85


  • 0 - 25 berichten
  • 20 berichten
  • Gebruiker

Geplaatst op 28 augustus 2005 - 14:39

Dat klinkt logisch ja. Ik denk dat ik het zo moet aanpakken:

het molecuulgewicht van het tripeptide is: 174,2+75,1+133,1=382,4 D. Het tripeptide kan ofwel enkel geladen zijn (MH+) ofwel dubbel geladen (MH2++).

De fragmenten die worden aangetroffen hebben m/z-ratio's van respectievelijk:

(382,4+1)/1=383,4

(382,4+2)/2=192,2

Klopt dit?
Don't be smart, just be yourself.

#4

rwwh

    rwwh


  • >5k berichten
  • 6847 berichten
  • Moderator

Geplaatst op 28 augustus 2005 - 19:31

Dit is het moleculair ion. Noem eens een paar fragmenten en waar je die verwacht?

#5

snookdogg85

    snookdogg85


  • 0 - 25 berichten
  • 20 berichten
  • Gebruiker

Geplaatst op 28 augustus 2005 - 20:40

Dit is het moleculair ion. Noem eens een paar fragmenten en waar je die verwacht?

Dan neem ik aan dat cleavage plaats vindt aan de amide band (weet niet waarom):

NH2-CHR(Arg)-C=O+ :m/z=174,2/1=174,2

NH2-CHR(Arg)-CO-NH-CHR(Gly)-C=O+: m/z=249,3/1=249,3

Is dit wat de bedoeling is? Het studiemateriaal is erg oppervlakkig, dus als iemand wat achtergronduitleg bij de vraag uit de topicstart zou kunnen geven is dat zeer welkom. Zoals: hoe vindt de peptideseperatie in een MS/MS-systeem plaats?
Bij voorbaat dank.
Don't be smart, just be yourself.

#6

JeroenCV

    JeroenCV


  • >1k berichten
  • 1153 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 30 augustus 2005 - 10:46

goh dit vraagt om een grote uitleg.

Peptide sequencen met de MS/MS.

Een dipeptide kan op 3 plaatsen gefragmenteerd worden:

Dit is een aminozuur
NH2-CHR-COOH

Dit een petide binding:
NH2-CHR-CO-NH-CHR-COOH

waar kan worden gefragmenteerd is in rood weer gegeven.
Afhankelijk van of je de NH2 of de COOH eind hebt spreek je van a,b,c of x,y,z fragmenten. Dus stel hij breekt in de middelste rode binding, dan heb je of b of y fragmenten. Deze komen het meest voor. In je MS/MS spectrum zal je bij deze m/z waarden een peik tegen kunnen komen.

Door het massa verschil tussen de verschillende pieken in het MS/MS spectrum kan je een sequence bepalen.

Stel je hebt het peptide: TESTPEPTIDE (ja die kan echt) (ik gebruik even de een letter code is wat makkelijker opschrijven) ([M+H]+= 1200.7)
Dan zul je dus b-pieken bij vinden bij 102,04; 231.08; 318.08; etc.
En y pieken bij: 1071.43; 955,41; 843.33 etc.

Door deze manier van de MS/MS te gebruiken kan je eigenlijk heel gemakkelijk de sequence van een peptide bepalen en dus een identificatie uitvoeren.

Ik hoop dat het enigzins duidelijk is.

edit: je vraag over petide mapping (hier) heeft hier natuurlijk alles mee te maken.

Veranderd door JeroenC, 30 augustus 2005 - 10:50


#7

rwwh

    rwwh


  • >5k berichten
  • 6847 berichten
  • Moderator

Geplaatst op 30 augustus 2005 - 17:20

Leuk, nu heb ik ook nog wat geleerd. Hoe zit het nou bij P, die kunnen door de ring dus niet voor een c/z fragment zorgen? Is er iets te zeggen over de verhoudingen van a/b/c? En heeft die verhouding (behalve bij P) nog iets te maken met het aminozuur op de breuk?

#8

JeroenCV

    JeroenCV


  • >1k berichten
  • 1153 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 31 augustus 2005 - 07:51

Inderdaad de P is een ringstructuur. Die zie je niet altijd in je MS/MS spectrum, dus zal je in de y-reeks een stapje missen, meer dan zie je dus een massa verschil van PZ (waar Z een andere aminozuur is) of ZP.

De verhoudingen a/b/c is niet echt veel over te zeggen. Dit is afhankelijk van a, de CID-energie in je collision cell en b, van het aminozuur. Bij sommige peptiden zie je veel b-fragmenten bij de ander veel y-fragmenten. Maar over het algemeen kan je zeggen dat je vooral b en y zal zien; dit is in het midden van de peptide-binding.

Ook heb gezien dat er een verschil is in de massa-spectrometer die je gebruikt. Ik heb bv. gezien dat je in de Q-TOF zowel y als b veel ziet en in een Triple Q vooral de y veel ziet. Terwijl het LC systeem hetzelfde was. Of dit door de collision cell of door de ionisatiebron komt weet ik niet. (verder niet in verdiept)

#9

snookdogg85

    snookdogg85


  • 0 - 25 berichten
  • 20 berichten
  • Gebruiker

Geplaatst op 31 augustus 2005 - 22:06

@Jeroen C.: bedankt, ik heb 't tentamen inmiddels achter de hand. Je uitleg lijkt me duidelijk, zal 't later intensief lezen, eerst even van de zon genieten...
Don't be smart, just be yourself.

#10

JeroenCV

    JeroenCV


  • >1k berichten
  • 1153 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 01 september 2005 - 08:04

@Jeroen C.: bedankt, ik heb 't tentamen inmiddels achter de hand. Je uitleg lijkt me duidelijk, zal 't later intensief lezen, eerst even van de zon genieten...

dat doet maar...en wij hard werken!!!

maar om 23.06 in de zon? waar woon/leef je?


Mochten er meer vragen zijn...u roept maar!

#11

eric van der meulen

    eric van der meulen


  • >25 berichten
  • 67 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 26 juli 2007 - 01:27

Mono isotopische fragmenten zijn fragmenten berekend op grond van de meest voorkomende isotoop.....C=12, H=1, N=14, O=16, Cl=35, Br=79 etc. Dit is overigens niet hetzelfde als exacte massa...zoek hierover maar verder in dit forum.

#12

Fuzzwood

    Fuzzwood


  • >5k berichten
  • 11101 berichten
  • Moderator

Geplaatst op 26 juli 2007 - 10:40

Ik denk dat hij/zij dat na 2 jaar allang gedaan heeft 8-[ 8-[ 8-[ . Wat voor zin heeft het om oude topics op te rakelen met een zoek maar op het forum antwoord?

# Moderatoropmerking
DrQuico: FswD, laat het modereren maar aan de mods over en gebruik zelf liever enkel de 'report' knop

Veranderd door DrQuico, 26 juli 2007 - 12:15


#13

eric van der meulen

    eric van der meulen


  • >25 berichten
  • 67 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 27 juli 2007 - 00:15

FsWd, je hebt gelijk. Ik had me gisteren aangemeld op dit forum omdat ik het, surfend over internet. aantrof. Ik heb niet gelet op de datum. Vandaar dus..... Ik zal me in de toekomst beperken tot recenter posts...





0 gebruiker(s) lezen dit onderwerp

0 leden, 0 bezoekers, 0 anonieme gebruikers

Ook adverteren op onze website? Lees hier meer!

Gesponsorde vacatures

Vacatures