Springen naar inhoud

berekening vector : insert


  • Log in om te kunnen reageren

#1

RedRose

    RedRose


  • 0 - 25 berichten
  • 2 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 25 september 2005 - 19:05

hai allemaal

ik heb een vraagje waar ik niet uit kan komen.
komende week heb ik practica en daarvoor moet ik vragen beantwoorden.
practicum gaat over het cloneren van een repressor gen van bacteriofaag lambda.

de vraag:

T.b.v. een ligatie-reactie wordt een insert : vector ratio gebruikt van 3 : 1 mol. Het insert is 750 bp groot en de vector 5100 bp. Voor de ligatie wordt 100 ng vector DNA gebruikt. Berekenen de hoeveelheid (ng) insert DNA dat nodig is voor de ligatie onder de hierboven genoemde omstandigheden en ga hierbij vanuit dat het gemiddelde molecuulgewicht van een nucleotide 325 g/mol is.

ik hoop dat iemand mij hierbij kan helpen.

en nog 1 klein vraagje....

digestie van DNA door een restrictie enzym is eventueel BSA nodig. Wat bepaalt of je wel of geen BSA gebruikt? Wat doet BSA?

bij voorbaat dank

Dit forum kan gratis blijven vanwege banners als deze. Door te registeren zal de onderstaande banner overigens verdwijnen.

#2

Gideon

    Gideon


  • Chemiefoum.nl erelid
  • 337 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 26 september 2005 - 12:28

Ik help je een handje, het kant-en-klare antwoord geef ik liever niet.
Het is als volgt. Je gegeven is dat je 100 ng vector DNA hebt, dit staat gelijk aan 100*E-9 g. Omdat je de molmassa van een nucleotide weet, weet je ook de molmassa van de vector (5100 bp x 325 g/mol x 2 strengen).
Als je het aantal gram van je vector deelt door de molmassa ervan, krijg je het aantal molen als antwoord. Je weet nu ook dat je 3x dit aantal molen van je insert moet toevoegen in je ligatiereactie, om erachter te komen hoeveel grammen dit is moet je weer hier naar terugrekenen.
(hoe je dit doet valt denk ik nu wel te beredeneren)

Succes!

#3

RedRose

    RedRose


  • 0 - 25 berichten
  • 2 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 27 september 2005 - 12:35

toppie dank je, geloof dat ik er nu uit ben
hopen dat het klopt wat ik heb gedaan [-X

#4

Edtaatje

    Edtaatje


  • 0 - 25 berichten
  • 1 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 12 december 2006 - 13:04

Hoi,

Is die ratio insert/vector eigenlijk altijd 3:1 mol? Momenteel voer ik vaak ligaties uit, maar ik heb altijd een probleem met het inschatten van die verhouding.

Groetjes,

#5

Roy van Heesbeen

    Roy van Heesbeen


  • >250 berichten
  • 740 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 12 december 2006 - 15:29

Gewoon ng/ul
Bij een grote insert pak je lage ratio zoals 1:1, 1:2 en soms 1:3
bij een kleine insert pak je een hoge ratio zoals soms wel 1:10

Meestal moet je door optimaliseren uitvinden wat je beste ratio is door te varieren.
Ligeren blijft altijd lastig, ik heb er ook vaak problemen mee, maar ik werk ook met inserts van 4000 en 5000 bp...





0 gebruiker(s) lezen dit onderwerp

0 leden, 0 bezoekers, 0 anonieme gebruikers

Ook adverteren op onze website? Lees hier meer!

Gesponsorde vacatures

Vacatures