Springen naar inhoud

primerkeuze


  • Log in om te kunnen reageren

#1

stef.

    stef.


  • >100 berichten
  • 152 berichten
  • Gebruiker

Geplaatst op 07 november 2005 - 19:27

Hallo iedereen! Ik zit met een probleem over primers. in een praktische oefening moeten we voor een PCR van een bepaalde sequentie bepalen welke van vier primerparen meest geschikt is. Ik weet al dat primerkeuze o.a. kan bepaald worden door:
- Tm, deze mag niet te veel verschillen bij forward en backward primer
- de complementariteit tussen de 2 primers en intern in de primers(hairpin) moet laag zijn
-de complementariteit aan de 3' uiteinden tussen de primers en intern in de primers moet laag zijn.

nu vroeg ik me een paar dingen af:
- Speelt de lengte van een primer ook een rol? Persoonlijk zou ik denken dat een langere primer beter was omdat hierbij misschien minder kans is op volledige complementariteit, maar is mijn redenering wel correct????
- ik vroeg me ook af of een primer mag overlappen met de sequentie die door PCR vermenigvuldigd moet worden. Ik denk dat dit helemaal niet mag, maar zeker ben ik er niet van.
- zijn er nog andere elementen die de primerkeuze bepalen en welke van alle elementen is eigenlijk het belangrijkste(want daarop moet ik mijn keuze baseren)?

Ik hoop dat iemand me kan helpen! alvast bedankt!

groetjes


stef.

Dit forum kan gratis blijven vanwege banners als deze. Door te registeren zal de onderstaande banner overigens verdwijnen.

#2

Gideon

    Gideon


  • Chemiefoum.nl erelid
  • 337 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 07 november 2005 - 19:38

zie DIT topic... Hier moet je wel wat mee kunnen :)

#3

stef.

    stef.


  • >100 berichten
  • 152 berichten
  • Gebruiker

Geplaatst op 08 november 2005 - 10:29

Bedankt, er zijn me al een paar dingen duidelijk geworden. ik wist namelijk niet dat forward en backward primer op een andere van de twee strengen werken.
Maar toch blijf ik nog wel een beetje met mijn vraag zitten. Wat is er eigenlijk het beste, een lange of een korte primer en waarom?

groetjes

stef.

#4

stef.

    stef.


  • >100 berichten
  • 152 berichten
  • Gebruiker

Geplaatst op 08 november 2005 - 11:00

Ik vraag me ook af of een primer de te amplificeren DNA-sequentie volledig moet omvatten of dat er tussen de sequentie en de primer nog een aantal nucleotiden mogen zitten.

groetjes


stef.

#5

Gideon

    Gideon


  • Chemiefoum.nl erelid
  • 337 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 08 november 2005 - 14:53

Het beste (meest specifiek en efficient) werken primers tussen de 18-28 nucleotiden. Als ze te kort zijn gaan ze aspecifiek hybridiseren op andere plekken (mispriming) en krijg je veel bijproducten. Als ze te lang zijn, is de kans op primer complementariteit erg groot (o.a. ook hairpin vorming) en neemt de efficientie af.

Om je laatste vraag te beantwoorden: dat hangt er vanaf wat je wilt. Als je een gen wilt kloneren moet je in ieder geval de coderende sequentie hebben (in-frame). Wanneer je wilt kwantificeren maakt het allemaal niet zoveel uit wat je doet.

#6

biochemiefreak

    biochemiefreak


  • >1k berichten
  • 2330 berichten
  • VIP

Geplaatst op 08 november 2005 - 16:13

Nog meer informatie over primers Ik denk dat het ook wel leuk is om deze topic te lezen overal wat betreft de verschillende soorten primers en hoe je het moet toepassen.

MvG Ron

Veranderd door biochemiefreak, 08 november 2005 - 16:13


#7

stef.

    stef.


  • >100 berichten
  • 152 berichten
  • Gebruiker

Geplaatst op 08 november 2005 - 18:20

Ik denk dat ik nu wel verder kan! bedankt! :)

groetjes

stef.





0 gebruiker(s) lezen dit onderwerp

0 leden, 0 bezoekers, 0 anonieme gebruikers

Ook adverteren op onze website? Lees hier meer!

Gesponsorde vacatures

Vacatures