Springen naar inhoud

Algemene molecuulstructuur eiwitten


  • Log in om te kunnen reageren

#1

RoyHaast

    RoyHaast


  • 0 - 25 berichten
  • 9 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 02 december 2005 - 21:21

Hallo,

Voor mijn profielwerkstuk moet ik onder andere informatie over eiwit zoeken. Waaronder de molecuulstructuur van eiwit. Ik weet dat dit voor elke eiwit verschillend is, maar misschien dat er enkele algemene regels bestaan over de structuur van eiwit. Dat is ook gelijk mijn vraag, hoe ziet de structuur van een eiwit eruit?

Hierbij zou ik ook graag gebruik kunnen maken van plaatjes en voorbeelden om het te verduidelijken. Ik hoop dat jullie mij ermee kunnen helpen.


Bij voorbaat dank,

Roy Haast

Dit forum kan gratis blijven vanwege banners als deze. Door te registeren zal de onderstaande banner overigens verdwijnen.

#2

Fuzzwood

    Fuzzwood


  • >5k berichten
  • 11101 berichten
  • Moderator

Geplaatst op 02 december 2005 - 21:26

Nou, een eiwit bestaat uit reeksen aminozuren. Wat weet je verder van aminozuren?

#3

rwwh

    rwwh


  • >5k berichten
  • 6847 berichten
  • Moderator

Geplaatst op 02 december 2005 - 21:29

Elk eiwit is een lineaire keten van alpha-aminozuren.

      O
      ||
...- C - C - N-...
          |   H
          R

Voor elke R in de keten zijn er 20 mogelijkheden die elkaar schijnbaar willekeurig afwisselen. De exacte volgorde bepaalt echter hoe het eiwit wordt opgevouwen, en waar het heen wordt verplaatst na het bouwen in de cel. En de opvouwing bepaalt weer wat het eiwit kan doen.

edit: Hmmm. ik zondig tegen de regel om niet direct antwoord te geven, maar ik vond deze vraag goed gesteld!

Veranderd door rwwh, 02 december 2005 - 21:31


#4

RoyHaast

    RoyHaast


  • 0 - 25 berichten
  • 9 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 02 december 2005 - 21:40

Elk eiwit is een lineaire keten van alpha-aminozuren.

      O
      ||
...- C - C - N-...
          |   H
          R

Voor elke R in de keten zijn er 20 mogelijkheden die elkaar schijnbaar willekeurig afwisselen. De exacte volgorde bepaalt echter hoe het eiwit wordt opgevouwen, en waar het heen wordt verplaatst na het bouwen in de cel. En de opvouwing bepaalt weer wat het eiwit kan doen.

edit: Hmmm. ik zondig tegen de regel om niet direct antwoord te geven, maar ik vond deze vraag goed gesteld!

Bedankt, hier kan ik iets mee.

Wat bedoel je precies met die 20 mogelijkheden bij R? Welke mogelijkheden zijn er? En wat is de betekenis van 'opvouwen' van het eiwit? Alvast bedankt!

FsWd: Ik weet dat aminozuren stoffen zijn die opgebouwd zijn uit koolstof ©, zuurstof (O), stikstof (N) en die occasioneel ook zwavelmoleculen (S) kunnen bevatten.

#5

DrQuico

    DrQuico


  • >1k berichten
  • 2952 berichten
  • VIP

Geplaatst op 02 december 2005 - 21:59

Naast de aminozuurketen(s) in eiwitten kunnen ze ook nog metaalatomen bevatten. Deze zitten bijvoorbeeld gecomplexeerd in porfirine-achtige strukturen, maar je hebt ook nog vele andere mogelijkheden.

Voor het zoeken naar afbeeldingen van de 3-dimensionale struktuur van eiwitten moet je gewoon wat namen van eiwitten intypen in Google en zoeken op afbeeldingen

Bijvoorbeeld: lipase of P450 (van cytochroom P450)

In de plaatjes kun je de typische struktuurelementen in de 3D struktuur zien alfa-helixen (de krullen) en beta-sheets (de brede pijlen)

#6

Fuzzwood

    Fuzzwood


  • >5k berichten
  • 11101 berichten
  • Moderator

Geplaatst op 02 december 2005 - 22:00

Nou ik doelde zelf op de NH2 groep(en) en COOH groep(en) die elk aminozuur heeft. Als je dan naar zo'n peptidebinding kijkt:

        O      O
       ||     ||
H-N-R--C-N-R--C-OH
   |      |
   H      H

Hier zie je dat dit een condensatieproduct is van zo'n amino- en zuurgroep (er wordt dus water afgesplitst). Die R kan 20 verschillende structuren betekenen. Elk structuur is dus een ander aminozuur. Met een gemiddelde lengte van 10 aminozuren per stuk (ik pak even 10 anders wordt het getal te groot) zijn er al 1020 aminozuren mogelijk.

Je kunt je hopelijk dan wel voorstellen dat met een ketenlengte van 10 aminozuren (en elk aminozuur bevat weer hopen andere functionele groepen, waaronder onderandere amine-, zuur, en hydroxygroepen vallen), dat zo'n keten erg lang kan worden. Daarom heeft de natuur een leuk trucje, genaamd, opvouwen, bedacht. Dit betekent gewoon zoals het er staat. Een eiwit wordt dus letterlijk op een bepaalde manier gevouwen, en mislukt dit vouwen , dan krijg je vage eiwitten die zelfs tot ziekten kunnen leiden. Denk maar aan suikerziekte (mislukt of slecht insuline) of zelfs aan BSE (gekkekoeienziekte).

Veranderd door FsWd, 02 december 2005 - 22:01


#7

Fuzzwood

    Fuzzwood


  • >5k berichten
  • 11101 berichten
  • Moderator

Geplaatst op 02 december 2005 - 22:02

Naast de aminozuurketen(s) in eiwitten kunnen ze ook nog metaalatomen bevatten. Deze zitten bijvoorbeeld gecomplexeerd in porfirine-achtige strukturen, maar je hebt ook nog vele andere mogelijkheden.

Voor het zoeken naar afbeeldingen van de 3-dimensionale struktuur van eiwitten moet je gewoon wat namen van eiwitten intypen in Google en zoeken op afbeeldingen

Bijvoorbeeld: lipase of P450 (van cytochroom P450)

Of heel simpel: hemoglobine, hier zit een geladen ijzeratoom in (Fe2+) waar dus de zuurstof aan bindt. In feite een soort roestproces in je eigen lichaam :) .

#8

witte_CF

    witte_CF


  • >25 berichten
  • 40 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 02 december 2005 - 22:08

Er zijn 20 natuurlijke aminozuren. http://www.natuurlij.../aminozuren.htm

Een eiwit heeft verschillende structuren. Een primaire, een secundaire, een tertiaire en een quaternaire.

De primaire is dus de volgorde van de aminozuren in een eiwit. Probeer eens te zoeken naar 'secundaire structuur van eiwitten' en dan zal je iets vinden over 'helixen' en 'vouwbladen'. Probeer eerst dat te begrijpen en ga dan verder naar de tertiare en quaternaire structuur.

#9

RoyHaast

    RoyHaast


  • 0 - 25 berichten
  • 9 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 02 december 2005 - 22:22

Allemaal heel bedankt, voor het snelle antwoorden. Ik kom hierdoor alweer een heel stuk verder en wellicht een antwoord.

Hier ga ik even mee aan de slag, als ik nog vragen heb dan stel ik die hier.

Bedankt

#10

Beryllium

    Beryllium


  • >5k berichten
  • 6314 berichten
  • Minicursusauteur

Geplaatst op 02 december 2005 - 23:16

Met een gemiddelde lengte van 10 aminozuren per stuk (ik pak even 10 anders wordt het getal te groot) zijn er al 1020 aminozuren mogelijk.

Je bedoelt 2010 :)

@RoyHaast: mooie zoektermen voor wat Witte bedoelt met secundaire structuur zijn "alpha helix" en "beta sheet".
You can't possibly be a scientist if you mind people thinking that you're a fool. (Douglas Adams)

#11

*_gast_Gerard_*

  • Gast

Geplaatst op 02 december 2005 - 23:56

Even iets over de eiwitmoleculen

Ik denk dat de meeste posters zich niet realiseren hoe groot eiwitten kunnen zijn
een van de grootste eiwitten in bloed is de Wille-brand factor (vWF), met een grootte van 5-20 miljoen Dalton (een multimeer eiwit).
(1 dalton is een atomaire massa-eenheid)

Stel de gemiddelde massa van alle atomen in een eiwit op 15 dan geeft dat bij dit eiwit een aantal van ca. 1 miljoen atomen


Gerard

#12

Napoleon1981

    Napoleon1981


  • >1k berichten
  • 2399 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 03 december 2005 - 00:42

Stel de gemiddelde massa van alle atomen in een eiwit op 15 dan geeft dat bij dit eiwit een aantal van ca. 1 miljoen atomen


Gerard

Een gemiddelde massa van 15 lijkt mij wat aan de hoge kant. Koolsotf het atoom wat het meeste voorkomt is 12, waterstof heeft een massa van 1, stikstof 14 en alleen zuurstof is 16. Een gemiddelde massa van de helft 8 lijkt mij dus meer op de plaats. Dit zijn er dan dus nog meer Geplaatste afbeelding

Veranderd door Napoleon1981, 03 december 2005 - 05:12


#13

rwwh

    rwwh


  • >5k berichten
  • 6847 berichten
  • Moderator

Geplaatst op 03 december 2005 - 10:16

Eiwitmensen tellen waterstofatomen niet mee.... En structuurchemisch zit daar wat in: als je naar de "Vanderwaals straal" van een koolstofatoom kijkt, en naar een tekeningetje van methaan op dezelfde schaal, dan zie je dat de gebonden waterstofatomen zowat helemaal in het koolstofatoom verdwijnen....

#14

The Herminator

    The Herminator


  • >1k berichten
  • 2035 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 03 december 2005 - 13:01

Het hangt er wel van af over wat voor 'eiwitmensen' je praat :)

In mijn werk (geneesmiddelontwikkeling) zijn waterstoffen juist essentieel voor interacties met andere moleculen (eiwitten, liganden), dus wij tellen ze ZEKER mee!

Op andere gebieden worden waterstoffen inderdaad vaak buiten beschouwing gelaten....

Het plaatje van FsWd is overigens niet correct.... de R-groepen zitten niet in de backbone, maar 'hangen eraan':

Geplaatste afbeelding

#15

Fuzzwood

    Fuzzwood


  • >5k berichten
  • 11101 berichten
  • Moderator

Geplaatst op 03 december 2005 - 13:06

Die verbindings-koolstof kun je ook al als R zien Geplaatste afbeelding





0 gebruiker(s) lezen dit onderwerp

0 leden, 0 bezoekers, 0 anonieme gebruikers

Ook adverteren op onze website? Lees hier meer!

Gesponsorde vacatures

Vacatures