Springen naar inhoud

capillaire sequencer


  • Log in om te kunnen reageren

#1

seth_CF

    seth_CF


  • >25 berichten
  • 62 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 02 januari 2006 - 09:27

weet iemand waarom men na de cycle sequencing het DNA staal moet zuiveren (=purificeren)??

Als iemand nog illustraties of afbeeldingen heeft van ABI 3730 DNA analyzer....laat maar komen!


alvast mijn dank

(overigens mijn beste wensen voor 2006)


seth

Gideon: Ik heb het onderwerp voor de goede orde even verplaatst.

Veranderd door Gideon, 04 januari 2006 - 11:15


Dit forum kan gratis blijven vanwege banners als deze. Door te registeren zal de onderstaande banner overigens verdwijnen.

#2

The Herminator

    The Herminator


  • >1k berichten
  • 2035 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 02 januari 2006 - 11:02

Van het zuiveren weet ik niet genoeg.... wat ik WEL kan is Googlen op 'ABI 3730 DNA analyzer'... als je zoekt op plaatjes vind je 10 hits :eusa_sick:

Jij ook de beste wensen!

#3

seth_CF

    seth_CF


  • >25 berichten
  • 62 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 02 januari 2006 - 11:35

kheb de reden al gevonden!

maar ik zoek ook een artikel i.v.m. de capillaire sequencer

een wetenschappelijk artikel over genetische afwijkingen

kan iemand me helpen??

SETH

#4

Roy van Heesbeen

    Roy van Heesbeen


  • >250 berichten
  • 740 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 02 januari 2006 - 12:59

Ik heb al wat meerdere cycle sequencing reacties gedaan.

Als de BigDye terminator v1.1 of 3.1 gebruikt, dan moet je zuiveren om de achterbleven (niet gehechte) ddNTP's, dNTP's en primers te verwijderen.
Als je dit niet doet krijg je door de ddNTP's Dyeblobs in de je gel image.
(Zeer fel fluoriserende stukken) Hierdoor kun je ongeveer 5 basen niet aflezen.
Primers kunnen ook de analyse verstoren (dubbele lijnen in je image).

De zuivering kan je uitvoeren in 3 manieren:"

- Ethanol + Natriumacetaat zuivering (Voordeel: heel goedkoop nadeel: hierdoor kunnen de kleine stukjes DNA ook verdwijnen en het duurt lang)

- Ethanol + EDTA zuivering (Voordeel: heel goedkoopnadeel: soms blijven er primers achter, en duurt lang)

- Gel filtratie zuivering (Voordeel: snel en weinig handelingen, nadeel: Duur, bij v3.1 nog een extra handeling nodig)

- Magnetische beads zuivering (Voordeel: snel, weinig handelingen, nadeel: heeeel duur)

Zelf kies ik altijd voor de natrium acetaat zuivering, en ik hoor dat de meeste universiteiten deze methode ook gebruiken.


Als je nog meer info nodig hebt danb hoor ik het wel!

#5

Roy van Heesbeen

    Roy van Heesbeen


  • >250 berichten
  • 740 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 02 januari 2006 - 13:00

Nog 1 ding: De zuiveringen voor een capilaire analyse (bv. ABI 3110) en een gel analyse
(ABI 377) zijn hetzelfde!

#6

Roy van Heesbeen

    Roy van Heesbeen


  • >250 berichten
  • 740 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 02 januari 2006 - 13:02

Nog een vraag: Krijgen leerlingen van het middelbaar onderwijs ook al de theorie achter de sequentie analyse volgens Sanger???
Volgens mij is dit wat hoog gegrepen...

#7

seth_CF

    seth_CF


  • >25 berichten
  • 62 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 02 januari 2006 - 13:14

Weet u soms ook een artikel staan op het internet dat een toepassing bevat van een capillaire sequencer???

vb: opsporen microbiŽle infectie
opsporen genetische afwijking

met veel dank!!

seth

#8

Roy van Heesbeen

    Roy van Heesbeen


  • >250 berichten
  • 740 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 02 januari 2006 - 23:32

Dit is een interactieve site die ik zelf wel leuk vind. Hier moet je via een sequentie analyse achterhalen welke bacterie soort de veroorzaker is van een bepaalde ziekte. Alle stappen komen hier goed aan bod.

http://www.hhmi.org/...labs/index.html

Druk hier op de link The bacterial identification lab.

http://users.ugent.b...ciples/seq.html

Hier staat nog wat meer theorie over de sequentie analyse.





0 gebruiker(s) lezen dit onderwerp

0 leden, 0 bezoekers, 0 anonieme gebruikers

Ook adverteren op onze website? Lees hier meer!

Gesponsorde vacatures

Vacatures