Springen naar inhoud

massaspectrometrie


  • Log in om te kunnen reageren

#1

Trijn

    Trijn


  • 0 - 25 berichten
  • 24 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 11 januari 2006 - 11:17

Heb een vraagje:

Bij MALDI-MS: heb je peptide mass fingerprinting (PMF) en post source decay (PSD).

Zijn dit 2 tecnieken die hetzelfde doel voor ogen hebben, namelijk identificatie van eiwitten?


Gr.K.

Dit forum kan gratis blijven vanwege banners als deze. Door te registeren zal de onderstaande banner overigens verdwijnen.

#2

bteunissen

    bteunissen


  • >1k berichten
  • 1122 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 11 januari 2006 - 13:08

Dat kan je niet zo zeggen denk/vind ik.

peptide mass fingerprinting komt daar idd op neer, de naam zegt het al. Maar dit is niet gekoppeld aan een MALDI-MS. Het is puur, identificatie van je peptides en dat kan natuurlijk ook met andere massa spectrometers.

post source decay is een effect dat optreedt. De fragmentatie die plaats vindt tussen de ion-source en de detector. En dit kun je niet zo linken aan identificatie van eiwitten.

Wat ik echter niet weet is; of PSD een 'negatieve bijkomstigheid' is of dat het ook nuttig gebruikt kan worden en of er ook invloed op uit te oefenen valt?? Dat kan iemand anders vast en zeker wel vertellen :lol:

#3

Trijn

    Trijn


  • 0 - 25 berichten
  • 24 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 11 januari 2006 - 14:46

Dit is hoe ik het begrijp:

PMF: identificatie van eiwitten steunend op MALDI principe
PSD: ook manier van identificatie met dat verschil dat dit hier kan toegepast worden voor kleinere peptiden. De identificatie werkt als volgt: Het massaverschil tussen 2 opeenvolgende fragmentionen van een zelfde type wordt bepaald door de aard van de zijketen. Aangezien elk aminozuur een karakteristieke massa heeft kan men hiermee de AZ seq bepalen.

Er zijn wel AZ die niet kunnen bepaald worden, zoals: Ile, Leu, omdat ze dezelfde massa hebben, idem voor Gln en lys

Gr.K.

#4

Hovinsj1

    Hovinsj1


  • >100 berichten
  • 125 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 12 januari 2006 - 09:53

PMF wordt inderdaad veel gebruikt om eiwitten te identificeren. Dit gebeurt aan de hand van de set van massa's van een aantal peptiden (na digestie - meestal met trypsin - van een eiwit). De meest gebruikelijke MS hiervoor is de MALDI.

http://www.msterms.c...st-Source_Decay

PSD leidt tot (gedeeltelijke) fragmentatie van een bepaald peptide in een MALDI MS instrument. De mate van PSD hangt onder andere af van de aard van het peptide, oftwel van zijn sequence en van de laser intensiteit van de MALDI MS. PSD wordt eigenlijk niet veel meer toegepast om sequence informatie te verkrijgen. Tegenwoordig bieden moderne MALDI TOF TOF instrumenten (ABI 4700 of 4800) veel betere mogelijkheden tot fragmentatie van geselecteerde peptiden om zo tot de novo sequence informatie te komen.

https://products.app...e2&catID=600857


Sjouke

#5

bteunissen

    bteunissen


  • >1k berichten
  • 1122 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 12 januari 2006 - 10:08

De meest gebruikelijke MS hiervoor is de MALDI.

Ik heb geen practische ervaring op dit gebied. Maar wordt een peptide digestie met bijv trypsine niet minstens zo vaak opgevolgd door een HPLC scheiding om de fragmenten te scheiden alvorens ze in MS te detecteren. In dat geval wordt een MALDI natuurlijk niet gebruikt.
Daarom denk ik dus ook dat de opmerking;

PMF: identificatie van eiwitten steunend op MALDI principe

niet klopt.

Verder;

PMF wordt inderdaad veel gebruikt om eiwitten te identificeren

misschien mierenn**kerig; maar wordt PMF ergens anders voor gebruikt dan voor eiwit identificatie? lijkt mij toch niet anders klopt er iets niet aan de naam..... :lol:

Grtz Bas

#6

Hovinsj1

    Hovinsj1


  • >100 berichten
  • 125 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 12 januari 2006 - 15:53

LC-MS wordt natuurlijk ook gedaan, bv. membraaneiwitten (uit een 1-D gel) kunnen gedigesteerd worden met trypsin en dan middels een HPLC gekoppeld aan een (nano)electrospray MS bepaald worden. De koppeling LC-MALDI bestaat trouwens ook. Dan worden HPLC fracties op een MALDI plaat gespot en vervolgens met een MALDI TOF (TOF) gemeten.

PMF wordt alleen voor eiwitidentificatie gebruikt. Hierbij moet trouwens wel opgemerkt worden dat de identificatie meestal aan de hand van enkele peptide massa's plaats vindt. Dit kan vaak voldoende zijn, maar voor een betere sequence coverage is enige de novo sequencing vereist (dus MS/MS). Dat laatste geldt zowieso voor "onbekende" organismen, waarvan de genoom sequentie niet bekend is. Dan kom je met alleen PMF niet ver.

Sjouke

#7

bteunissen

    bteunissen


  • >1k berichten
  • 1122 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 12 januari 2006 - 22:25

kijk; zo leer ik weer eens wat. Bedoel je trouwens niet een 2D-gel? 1 dimensionaal kan ik mij weinig bij voorstellen :lol:

Eerlijk gezegd had/heb ik nog nooit gehoord van een LC-MALDI koppeling. Dit is at/off-line gekoppeld?

Bas

#8

Napoleon1981

    Napoleon1981


  • >1k berichten
  • 2399 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 13 januari 2006 - 00:04

2d gel bestaat uit scheiding op lading (PI) en een scheiding op molecuul gewicht (grootte).

Wanneer je bijvoorbeeld alleen op grote scheidt, dan heb je dus een 1d gel :lol:

#9

The Herminator

    The Herminator


  • >1k berichten
  • 2035 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 13 januari 2006 - 09:29

Elke "simpele" scheiding op 1 eigenschap heet in principe "1-D", alleen de naam wordt nooit gebruikt omdat het "triviaal" is....

Wanneer je bijvoorbeeld alleen op grote scheidt

-> "Wanneer je bijvoorbeeld alleen op grootte scheidt" :lol:

#10

bteunissen

    bteunissen


  • >1k berichten
  • 1122 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 13 januari 2006 - 10:05

Misschien ligt het aan mijn gebrekkige kennis van gel-scheidingen. Maar als je je peptiden op een gel scheidt op basis van grootte; dan zul je toch je peptiden van A naar B moeten laten gaan. Voor zover ik weet gebeurt dat altijd met het aanleggen van een spanning. Dus scheidt je daardoor ook op basis van lading.

Als je alleen op basis van lading wil scheiden op een gel. Dan trek je dus m.b.v je lading de peptiden door de gel heen van A naar B. Tijdens het afleggen van de afstand tussen A en B worden ze tevens (ongewild) gescheiden op basis van grootte door de verschillende formaten poriŽn in de gel waar ze door heen moeten.

Daarom kan ik mij dus niet voorstellen dat er een 1D-gel scheiding is waarbij dus echt alleen op 1 eigenschap gescheiden wordt...

Grtz Bas

#11

*_gast_Gerard_*

  • Gast

Geplaatst op 13 januari 2006 - 10:26

SDS elektroforese geeft een scheinding alleen op grootte.
Door de eiwitten te laden met SDS (sodiumdodecylsulphate) wordt de lading van de eiwitten zo goed afgeschermd dat er micellen onstaan met een stabiele lading per massaeenheid 1,4 g SDS per gram eiwit. Daarbij worden de tertiaire en secundiaire structuren verstoort door het verbreken van de waterstofbindingen waardoor de eiwitten zich strekken.

#12

The Herminator

    The Herminator


  • >1k berichten
  • 2035 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 13 januari 2006 - 10:27

Misschien ligt het aan mijn gebrekkige kennis van gel-scheidingen. Maar als je je peptiden op een gel scheidt op basis van grootte; dan zul je toch je peptiden van A naar B moeten laten gaan. Voor zover ik weet gebeurt dat altijd met het aanleggen van een spanning. Dus scheidt je daardoor ook op basis van lading.

Als je alleen op basis van lading wil scheiden op een gel. Dan trek je dus m.b.v je lading de peptiden door de gel heen van A naar B. Tijdens het afleggen van de afstand tussen A en B worden ze tevens (ongewild) gescheiden op basis van grootte door de verschillende formaten poriŽn in de gel waar ze door heen moeten.

Daarom kan ik mij dus niet voorstellen dat er een 1D-gel scheiding is waarbij dus echt alleen op 1 eigenschap gescheiden wordt...

Grtz Bas


Dat hangt af van de relatieve krachten die meespelen..... de scheiding "op lading" gaat dermate hard (je "trekt" de moleculen door de gel heen) dat de tegelijk optredende (diffusie-bepaalde!) scheiding op grootte hierbij in het niet valt.

2-D Scheiding werkt per definitie in 2 richtingen :lol:

edit: typo

Veranderd door The Herminator, 13 januari 2006 - 10:29


#13

bteunissen

    bteunissen


  • >1k berichten
  • 1122 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 13 januari 2006 - 10:30

oke. helemaal duidelijk. Geplaatste afbeelding

#14

Hovinsj1

    Hovinsj1


  • >100 berichten
  • 125 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 13 januari 2006 - 11:16

Goed, we zijn een beetje van het topic af. Al je bijvoorbeeld membraan eiwitten wilt scheiden en identificeren zijn 2D gelen niet de beste methode. Ondanks wat veel mensen beweren in de literatuur, zijn er geen transmembraan eiwitten te vinden op een 2D gel. Dus dan komt een 1D gel in aanmerking, een normale SDS-PAGE gel dus. Na scheiden (door de hoeveelheid SDS speelt de lading geen rol meer op de scheiding en vindt scheiding alleen naar relatieve grootte plaats) en kleuren kun je de bandjes uitsnijden en digesten (met trypsin).
HPLC van de peptiden en spotten op een MALDI plaat kan in een keer, het meten met de MALDI TOF (TOF) vindt achteraf plaats. Men genereert dus zeer veel data op deze manier, en kan zo membraaneiwitten identificeren.

http://docs.appliedb...cs/00106696.pdf

In een project om alle H influenzae eiwitten te identificeren hebben we zo enkele honderden trans membraan eiwitten gevonden die niet op de 2D gelen gevonden werden.

Sjouke

Veranderd door Hovinsj1, 13 januari 2006 - 11:17


#15

The Herminator

    The Herminator


  • >1k berichten
  • 2035 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 13 januari 2006 - 12:02

Goed, we zijn een beetje van het topic af.

Mee eens.... de vraag van Trijn ging over MALDI-MS, PMF en PSD!

Ik zie ook nergens in de topic iets over "membraaneiwitten" staan :lol:





0 gebruiker(s) lezen dit onderwerp

0 leden, 0 bezoekers, 0 anonieme gebruikers

Ook adverteren op onze website? Lees hier meer!

Gesponsorde vacatures

Vacatures