Heb een vraagje:
Bij MALDI-MS: heb je peptide mass fingerprinting (PMF) en post source decay (PSD).
Zijn dit 2 tecnieken die hetzelfde doel voor ogen hebben, namelijk identificatie van eiwitten?
Gr.K.
Laatste berichten
-
22:57
Straatklok loopt 5 minuten voor 11
-
22:57
wig 6
-
22:51
speciale rel. theorie 9
-
22:36
Gravity and gravitation 4
-
22:24
[scheikunde] vraag Chemie - wat is de oplossing? 10
-
19:47
Bruine vlekken op treinaanwijzerbord 10
-
19:44
Vogels in de stad zijn goede klussers 2
-
19:12
Rood laserlicht 3
-
17:30
Herleiden afmetingen vanaf een foto 21
-
16:34
[wiskunde] Prijs Product per KG; Alternatief Inzicht 3
-
13:57
do-re-mi-fa-so vliegtuigen 9
-
13:16
geen minkowski-ruimte toch? Doe ik dit nou fout? 17
-
13:12
[natuurkunde] kroon van koning op Syracuse 10
-
10:15
2013 – Augustus Vraag 3 3
-
24 apr
Vraag 2009 Juli Vraag 5 5
-
24 apr
positie 2
-
24 apr
Schroefdraad berekening 8
-
24 apr
[scheikunde] Kan chloorgas de geleiding van elektriciteit belemmeren? 9
-
23 apr
Weerfrustratie 9
-
23 apr
Kunnen quantum Zonnecellen 190% quantum efficiënt zijn 3
Nieuwsberichten
-
04 mar
Een nieuw soort magnetisme: altermagnetisme
-
31 okt
AI kan via stem diabetes vaststellen 11
-
21 okt
Einstein krijgt wéér gelijk 45
-
07 feb
witter dan wit 20
-
19 jun
irrigatie en de aardas
massaspectrometrie
Moderator: ArcherBarry
-
- Berichten: 1.122
Re: massaspectrometrie
Dat kan je niet zo zeggen denk/vind ik.
peptide mass fingerprinting komt daar idd op neer, de naam zegt het al. Maar dit is niet gekoppeld aan een MALDI-MS. Het is puur, identificatie van je peptides en dat kan natuurlijk ook met andere massa spectrometers.
post source decay is een effect dat optreedt. De fragmentatie die plaats vindt tussen de ion-source en de detector. En dit kun je niet zo linken aan identificatie van eiwitten.
Wat ik echter niet weet is; of PSD een 'negatieve bijkomstigheid' is of dat het ook nuttig gebruikt kan worden en of er ook invloed op uit te oefenen valt?? Dat kan iemand anders vast en zeker wel vertellen
peptide mass fingerprinting komt daar idd op neer, de naam zegt het al. Maar dit is niet gekoppeld aan een MALDI-MS. Het is puur, identificatie van je peptides en dat kan natuurlijk ook met andere massa spectrometers.
post source decay is een effect dat optreedt. De fragmentatie die plaats vindt tussen de ion-source en de detector. En dit kun je niet zo linken aan identificatie van eiwitten.
Wat ik echter niet weet is; of PSD een 'negatieve bijkomstigheid' is of dat het ook nuttig gebruikt kan worden en of er ook invloed op uit te oefenen valt?? Dat kan iemand anders vast en zeker wel vertellen
-
- Berichten: 24
Re: massaspectrometrie
Dit is hoe ik het begrijp:
PMF: identificatie van eiwitten steunend op MALDI principe
PSD: ook manier van identificatie met dat verschil dat dit hier kan toegepast worden voor kleinere peptiden. De identificatie werkt als volgt: Het massaverschil tussen 2 opeenvolgende fragmentionen van een zelfde type wordt bepaald door de aard van de zijketen. Aangezien elk aminozuur een karakteristieke massa heeft kan men hiermee de AZ seq bepalen.
Er zijn wel AZ die niet kunnen bepaald worden, zoals: Ile, Leu, omdat ze dezelfde massa hebben, idem voor Gln en lys
Gr.K.
PMF: identificatie van eiwitten steunend op MALDI principe
PSD: ook manier van identificatie met dat verschil dat dit hier kan toegepast worden voor kleinere peptiden. De identificatie werkt als volgt: Het massaverschil tussen 2 opeenvolgende fragmentionen van een zelfde type wordt bepaald door de aard van de zijketen. Aangezien elk aminozuur een karakteristieke massa heeft kan men hiermee de AZ seq bepalen.
Er zijn wel AZ die niet kunnen bepaald worden, zoals: Ile, Leu, omdat ze dezelfde massa hebben, idem voor Gln en lys
Gr.K.
-
- Berichten: 125
Re: massaspectrometrie
PMF wordt inderdaad veel gebruikt om eiwitten te identificeren. Dit gebeurt aan de hand van de set van massa's van een aantal peptiden (na digestie - meestal met trypsin - van een eiwit). De meest gebruikelijke MS hiervoor is de MALDI.
http://www.msterms.com/wiki/index.php?titl...st-Source_Decay
PSD leidt tot (gedeeltelijke) fragmentatie van een bepaald peptide in een MALDI MS instrument. De mate van PSD hangt onder andere af van de aard van het peptide, oftwel van zijn sequence en van de laser intensiteit van de MALDI MS. PSD wordt eigenlijk niet veel meer toegepast om sequence informatie te verkrijgen. Tegenwoordig bieden moderne MALDI TOF TOF instrumenten (ABI 4700 of 4800) veel betere mogelijkheden tot fragmentatie van geselecteerde peptiden om zo tot de novo sequence informatie te komen.
https://products.appliedbiosystems.com/ab/e...e2&catID=600857
Sjouke
http://www.msterms.com/wiki/index.php?titl...st-Source_Decay
PSD leidt tot (gedeeltelijke) fragmentatie van een bepaald peptide in een MALDI MS instrument. De mate van PSD hangt onder andere af van de aard van het peptide, oftwel van zijn sequence en van de laser intensiteit van de MALDI MS. PSD wordt eigenlijk niet veel meer toegepast om sequence informatie te verkrijgen. Tegenwoordig bieden moderne MALDI TOF TOF instrumenten (ABI 4700 of 4800) veel betere mogelijkheden tot fragmentatie van geselecteerde peptiden om zo tot de novo sequence informatie te komen.
https://products.appliedbiosystems.com/ab/e...e2&catID=600857
Sjouke
-
- Berichten: 1.122
Re: massaspectrometrie
Ik heb geen practische ervaring op dit gebied. Maar wordt een peptide digestie met bijv trypsine niet minstens zo vaak opgevolgd door een HPLC scheiding om de fragmenten te scheiden alvorens ze in MS te detecteren. In dat geval wordt een MALDI natuurlijk niet gebruikt.De meest gebruikelijke MS hiervoor is de MALDI.
Daarom denk ik dus ook dat de opmerking;
niet klopt.PMF: identificatie van eiwitten steunend op MALDI principe
Verder;
misschien mierenn**kerig; maar wordt PMF ergens anders voor gebruikt dan voor eiwit identificatie? lijkt mij toch niet anders klopt er iets niet aan de naam.....PMF wordt inderdaad veel gebruikt om eiwitten te identificeren
Grtz Bas
-
- Berichten: 125
Re: massaspectrometrie
LC-MS wordt natuurlijk ook gedaan, bv. membraaneiwitten (uit een 1-D gel) kunnen gedigesteerd worden met trypsin en dan middels een HPLC gekoppeld aan een (nano)electrospray MS bepaald worden. De koppeling LC-MALDI bestaat trouwens ook. Dan worden HPLC fracties op een MALDI plaat gespot en vervolgens met een MALDI TOF (TOF) gemeten.
PMF wordt alleen voor eiwitidentificatie gebruikt. Hierbij moet trouwens wel opgemerkt worden dat de identificatie meestal aan de hand van enkele peptide massa's plaats vindt. Dit kan vaak voldoende zijn, maar voor een betere sequence coverage is enige de novo sequencing vereist (dus MS/MS). Dat laatste geldt zowieso voor "onbekende" organismen, waarvan de genoom sequentie niet bekend is. Dan kom je met alleen PMF niet ver.
Sjouke
PMF wordt alleen voor eiwitidentificatie gebruikt. Hierbij moet trouwens wel opgemerkt worden dat de identificatie meestal aan de hand van enkele peptide massa's plaats vindt. Dit kan vaak voldoende zijn, maar voor een betere sequence coverage is enige de novo sequencing vereist (dus MS/MS). Dat laatste geldt zowieso voor "onbekende" organismen, waarvan de genoom sequentie niet bekend is. Dan kom je met alleen PMF niet ver.
Sjouke
-
- Berichten: 1.122
Re: massaspectrometrie
kijk; zo leer ik weer eens wat. Bedoel je trouwens niet een 2D-gel? 1 dimensionaal kan ik mij weinig bij voorstellen
Eerlijk gezegd had/heb ik nog nooit gehoord van een LC-MALDI koppeling. Dit is at/off-line gekoppeld?
Bas
Eerlijk gezegd had/heb ik nog nooit gehoord van een LC-MALDI koppeling. Dit is at/off-line gekoppeld?
Bas
-
- Berichten: 2.399
Re: massaspectrometrie
2d gel bestaat uit scheiding op lading (PI) en een scheiding op molecuul gewicht (grootte).
Wanneer je bijvoorbeeld alleen op grote scheidt, dan heb je dus een 1d gel
Wanneer je bijvoorbeeld alleen op grote scheidt, dan heb je dus een 1d gel
-
- Berichten: 2.035
Re: massaspectrometrie
Elke "simpele" scheiding op 1 eigenschap heet in principe "1-D", alleen de naam wordt nooit gebruikt omdat het "triviaal" is....
-> "Wanneer je bijvoorbeeld alleen op grootte scheidt"Wanneer je bijvoorbeeld alleen op grote scheidt
-
- Berichten: 1.122
Re: massaspectrometrie
Misschien ligt het aan mijn gebrekkige kennis van gel-scheidingen. Maar als je je peptiden op een gel scheidt op basis van grootte; dan zul je toch je peptiden van A naar B moeten laten gaan. Voor zover ik weet gebeurt dat altijd met het aanleggen van een spanning. Dus scheidt je daardoor ook op basis van lading.
Als je alleen op basis van lading wil scheiden op een gel. Dan trek je dus m.b.v je lading de peptiden door de gel heen van A naar B. Tijdens het afleggen van de afstand tussen A en B worden ze tevens (ongewild) gescheiden op basis van grootte door de verschillende formaten poriën in de gel waar ze door heen moeten.
Daarom kan ik mij dus niet voorstellen dat er een 1D-gel scheiding is waarbij dus echt alleen op 1 eigenschap gescheiden wordt...
Grtz Bas
Als je alleen op basis van lading wil scheiden op een gel. Dan trek je dus m.b.v je lading de peptiden door de gel heen van A naar B. Tijdens het afleggen van de afstand tussen A en B worden ze tevens (ongewild) gescheiden op basis van grootte door de verschillende formaten poriën in de gel waar ze door heen moeten.
Daarom kan ik mij dus niet voorstellen dat er een 1D-gel scheiding is waarbij dus echt alleen op 1 eigenschap gescheiden wordt...
Grtz Bas
Re: massaspectrometrie
SDS elektroforese geeft een scheinding alleen op grootte.
Door de eiwitten te laden met SDS (sodiumdodecylsulphate) wordt de lading van de eiwitten zo goed afgeschermd dat er micellen onstaan met een stabiele lading per massaeenheid 1,4 g SDS per gram eiwit. Daarbij worden de tertiaire en secundiaire structuren verstoort door het verbreken van de waterstofbindingen waardoor de eiwitten zich strekken.
Door de eiwitten te laden met SDS (sodiumdodecylsulphate) wordt de lading van de eiwitten zo goed afgeschermd dat er micellen onstaan met een stabiele lading per massaeenheid 1,4 g SDS per gram eiwit. Daarbij worden de tertiaire en secundiaire structuren verstoort door het verbreken van de waterstofbindingen waardoor de eiwitten zich strekken.
-
- Berichten: 2.035
Re: massaspectrometrie
Dat hangt af van de relatieve krachten die meespelen..... de scheiding "op lading" gaat dermate hard (je "trekt" de moleculen door de gel heen) dat de tegelijk optredende (diffusie-bepaalde!) scheiding op grootte hierbij in het niet valt.bteunissen schreef:Misschien ligt het aan mijn gebrekkige kennis van gel-scheidingen. Maar als je je peptiden op een gel scheidt op basis van grootte; dan zul je toch je peptiden van A naar B moeten laten gaan. Voor zover ik weet gebeurt dat altijd met het aanleggen van een spanning. Dus scheidt je daardoor ook op basis van lading.
Als je alleen op basis van lading wil scheiden op een gel. Dan trek je dus m.b.v je lading de peptiden door de gel heen van A naar B. Tijdens het afleggen van de afstand tussen A en B worden ze tevens (ongewild) gescheiden op basis van grootte door de verschillende formaten poriën in de gel waar ze door heen moeten.
Daarom kan ik mij dus niet voorstellen dat er een 1D-gel scheiding is waarbij dus echt alleen op 1 eigenschap gescheiden wordt...
Grtz Bas
2-D Scheiding werkt per definitie in 2 richtingen
edit: typo
-
- Berichten: 125
Re: massaspectrometrie
Goed, we zijn een beetje van het topic af. Al je bijvoorbeeld membraan eiwitten wilt scheiden en identificeren zijn 2D gelen niet de beste methode. Ondanks wat veel mensen beweren in de literatuur, zijn er geen transmembraan eiwitten te vinden op een 2D gel. Dus dan komt een 1D gel in aanmerking, een normale SDS-PAGE gel dus. Na scheiden (door de hoeveelheid SDS speelt de lading geen rol meer op de scheiding en vindt scheiding alleen naar relatieve grootte plaats) en kleuren kun je de bandjes uitsnijden en digesten (met trypsin).
HPLC van de peptiden en spotten op een MALDI plaat kan in een keer, het meten met de MALDI TOF (TOF) vindt achteraf plaats. Men genereert dus zeer veel data op deze manier, en kan zo membraaneiwitten identificeren.
http://docs.appliedbiosystems.com/pebiodocs/00106696.pdf
In een project om alle H influenzae eiwitten te identificeren hebben we zo enkele honderden trans membraan eiwitten gevonden die niet op de 2D gelen gevonden werden.
Sjouke
HPLC van de peptiden en spotten op een MALDI plaat kan in een keer, het meten met de MALDI TOF (TOF) vindt achteraf plaats. Men genereert dus zeer veel data op deze manier, en kan zo membraaneiwitten identificeren.
http://docs.appliedbiosystems.com/pebiodocs/00106696.pdf
In een project om alle H influenzae eiwitten te identificeren hebben we zo enkele honderden trans membraan eiwitten gevonden die niet op de 2D gelen gevonden werden.
Sjouke
-
- Berichten: 2.035
Re: massaspectrometrie
Mee eens.... de vraag van Trijn ging over MALDI-MS, PMF en PSD!Goed, we zijn een beetje van het topic af.
Ik zie ook nergens in de topic iets over "membraaneiwitten" staan
