Springen naar inhoud

codon voor een aminozuur


  • Log in om te kunnen reageren

#1

stef.

    stef.


  • >100 berichten
  • 152 berichten
  • Gebruiker

Geplaatst op 18 januari 2006 - 19:08

Hallo iedereen! We zitten hier met een vraagje die te maken heeft met de eiwitsynthese (het is een voorbeeldexamenvraag waar we ons eigenlijk geen raad met weten en aangezien er hier wel wat slimme kopkes zitten...) De vraag is gewoon: "waarom zijn er voor de vorming van 1 aminozuur precies drie nucleotiden nodig en waarom bijvoorbeeld geen 4 ofzo (waarom bestaat een codon dus uit precies 3 nucleotiden?) en waarom bestaan er voor de aanmaak van 1 aminozuur meerdere codons?" Iemand een idee?


groetjes

Stef.

Dit forum kan gratis blijven vanwege banners als deze. Door te registeren zal de onderstaande banner overigens verdwijnen.

#2

Roy van Heesbeen

    Roy van Heesbeen


  • >250 berichten
  • 740 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 18 januari 2006 - 19:52

tja... een goede vraag, de 3 codons (tripleten) van het mRNA worden herkend door een complementair triplet (soort van codon) van een geactiveerd tRNA. Dit triplet wordt een anticodon genoemd. De antiparallel binding vindt plaats in de ribosomen. Als het codon en het anticodon koppelen, wordt het aminozuur van het tRNA losgekoppeld en gekoppeld aan de groeiende aminozuurketen.

Veranderd door Roy van Heesbeen, 18 januari 2006 - 19:52


#3

Roy van Heesbeen

    Roy van Heesbeen


  • >250 berichten
  • 740 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 18 januari 2006 - 19:55

als een codon maar uit 2 basen zou bestaan dan zijn er maar 16 mogelijkheden voor de aminozuren (4^2). Dit is nog te gering om 20 aminozuurtypen te kunnen coderen. Groepjes van drie basen geven 64 mogelijkheden (4^3).

#4

witte_CF

    witte_CF


  • >25 berichten
  • 40 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 19 januari 2006 - 00:51

Dat er meerdere codons voor 1 AZ bestaan heet "de degeneratie van de genetische code".

Klik

#5

stef.

    stef.


  • >100 berichten
  • 152 berichten
  • Gebruiker

Geplaatst op 19 januari 2006 - 10:43

Alle dingen die jullie vertellen wisten we eigenlijk al. Persoonlijk dacht ik dat er meerdere codonen kunnen bestaan voor 1 AZ gewoon als veiligheid voor behoud van de lichaamsfuncties. Als er een mutatie in een bepaalde sequentie van drie nucleotiden (die coderen voor 1 AZ) gebeurd is, kan hieruit toch nog het goede aminozuur en dus eiwit gevormd worden die nodig is (want soms is het zelfs voldoende dat slechts 2 nucleotiden complementair zijn bij codon-anticodon paring). Maar ik weet niet of dit een doel is van de degeneratie van de genetische code.

#6

The Herminator

    The Herminator


  • >1k berichten
  • 2035 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 19 januari 2006 - 11:39

Dat klopt, het hele genetische systeem staat bol van de "back-up" mechanismes. Alhoewel degeneratie ook een natuurlijk optredend proces is, zal het voornamelijk "bewust" zijn opgetreden, puur om te zorgen dat er voldoende buffer is in geval van fouten in de code.

#7

biochemiefreak

    biochemiefreak


  • >1k berichten
  • 2330 berichten
  • VIP

Geplaatst op 19 januari 2006 - 16:43

Ik denk ook dat een veiligheid systeem is van het lichaam.
Bij twee codons heb je te veel mogelijkheden dus kunnen er daarin ook sneller fouten worden gemaakt en bij meer codons heb je te maken dat een kleine verandering een eiwit compleet veranderd.

MvG Ron

#8

postbode

    postbode


  • >25 berichten
  • 36 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 19 januari 2006 - 17:45

aminozuur precies drie nucleotiden nodig en waarom bijvoorbeeld geen 4 ofzo (waarom bestaat een codon dus uit precies 3 nucleotiden?)

Op bepaalde plaatsten blijken ook 4 codons voor een aminozuur te coderen geloof ik, maar dat is ergens een uitzondering.

#9

rwwh

    rwwh


  • >5k berichten
  • 6847 berichten
  • Moderator

Geplaatst op 19 januari 2006 - 18:10

Ik heb nog nooit gehoord over een codon van 4 basen, hoor. Altijd 3.

Twee is duidelijk niet genoeg, en vier zou betekenen dat het hele genoom (waarvoor de cel al een groot deel van zijn energie aan onderhoud besteed!) zomaar 30% groter zou worden.

Het backupmechanisme is leuk bedacht, maar als je de code bekijkt komt het er voornamelijk op neer dat de derde base uit het codon minder discriminerend wordt gebruikt. Dit kan komen door de volgorde van de evolutie, maar daar komen we natuurlijk niet zomaar meer achter. Verandering van een base kan op andere manieren worden bemerkt en gerepareerd in het DNA zelf, maar mutatie van de drie basen gebeurt denk ik echt even vaak. Er zijn ook nuanceverschillen tussen de codons omdat de keuze tussen GC en AT paren ook bepaalt hoe makkelijk het DNA kan worden afgewikkeld om te worden overgeschreven.

#10

witte_CF

    witte_CF


  • >25 berichten
  • 40 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 19 januari 2006 - 19:23

Dat back-up systeem wordt nochtans als 1 van de hoofdredenen van de degeneratie van de genetische code gegeven in mijn cursus. Ook omdat mutaties in het 3de codon karakter minder erg zijn omwille van wobble.


Introduction to genetic analysis p284:

Wobble:

"Certain charged tRNA species can bring their specific amino acids to any one of several codons. These tRNA's recognize and bind to several alternative codons, not just with the one complementary sequence, through a loose kind of base pairing at the 3'-end of the codon and the 5'-end of the anticodon. This loose pairing is called wobble.

Wobble is a situation in which the third nucleotide of aan anticodon (at the 5'-end) can form two alignments. This third nucleotide can form hydrogen bonds not only with it's normal complementary nucleotide in the third position of the codon but also with a different nucleotide in that position. There are "wobble-rules" that dictate which nucleotide can and cannot form hydrogen bonds with alternative nucleotides through wobble"

5'-end of anticodon                                                       3'-end of codon   
            
G                                                                        C or U
C                                                                        G only
A                                                                        U only
U                                                                        A or G
I                                                                     U or C or A
I is Inosine, een speciale nucleotidebase die vaak wordt teruggevonden in anticodons.

Zoals je kan zien coderen nu UCC UCU UCA UCG AGC en AGU voor Serine en moeten er slechts 3 anticodons zijn: AGC AGU en UCG omwille van wobble. Dit vergemakkelijkt het ook voor de cel omdat het minder types tRNA moet aanmaken.

#11

rwwh

    rwwh


  • >5k berichten
  • 6847 berichten
  • Moderator

Geplaatst op 19 januari 2006 - 19:50

Leuk, die wobble. Lijkt me heel plausibel als energiebesparing voor de cel! Maar... waar zit dat backupsysteem tegen fouten dan in dat derde koppel? Dat lijkt me met deze wobble niet te verenigen!

#12

witte_CF

    witte_CF


  • >25 berichten
  • 40 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 19 januari 2006 - 20:44

hmmm goed punt, dit is eventjes uit de losse pols, dus het kan fout zijn :P

bv, UAU codeert voor tyrosine, een mutatie verandert dit codon naar UAA, het oker stop codon.

In veel gevallen zal dus de translatie van het proteine gewoon stoppen. Door Wobble kan echter een een tRNA met anticodon AUI nog steeds binden en zal er nog een zeer beperkte enzym acticiteit mogelijk zijn.

#13

Roy van Heesbeen

    Roy van Heesbeen


  • >250 berichten
  • 740 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 20 januari 2006 - 11:53

Erg interessante discussie! Ik had er eigelijk nooit zo tegen aan gekeken....

Een Back-up systeem voor de eiwit synthese is volgens mij erg belangrijk, omdat de kans op mutaties in het mRNA veel groter is dan in DNA (een DNA polymerase heeft een exonuclease activiteit voor het herstellen van fouten, de RNA polymerase heeft deze functie niet...)

#14

rwwh

    rwwh


  • >5k berichten
  • 6847 berichten
  • Moderator

Geplaatst op 20 januari 2006 - 16:14

Aan de andere kant wordt een fout-gedupliceerde DNA in het lichaam vele malen hergebruikt, en wordt als er een fout zit in één kopie van een mRNA, er in één cel slechts een klein beetje minder werkend eiwit gemaakt (en de expressiefactoren lossen dat wel weer op).

Ik denk dat reparatiemechanismen voor mRNA verspilde energie zouden zijn.

#15

The Herminator

    The Herminator


  • >1k berichten
  • 2035 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 21 januari 2006 - 09:38

Ik denk dat reparatiemechanismen voor mRNA verspilde energie zouden zijn.

Sterker nog: dat zou "niet te doen" zijn! een stuk DNA wordt (staat mij bij) tijdens zijn "levensduur" zo'n 1000 keer afgelezen, dus het is oneindig veel efficienter om de "template" in orde te houden dan al die 1000 (mRNA) reproducties te controleren en eventueel te repareren :P





0 gebruiker(s) lezen dit onderwerp

0 leden, 0 bezoekers, 0 anonieme gebruikers

Ook adverteren op onze website? Lees hier meer!

Gesponsorde vacatures

Vacatures