Laatste berichten
-
10:15
2013 – Augustus Vraag 3 3
-
09:54
Bruine vlekken op treinaanwijzerbord 6
-
23:07
Rood laserlicht 2
-
15:28
Vraag 2009 Juli Vraag 5 5
-
12:51
positie 2
-
10:44
Schroefdraad berekening 8
-
24 apr
[scheikunde] Kan chloorgas de geleiding van elektriciteit belemmeren? 9
-
23 apr
Weerfrustratie 9
-
23 apr
geen minkowski-ruimte toch? Doe ik dit nou fout? 15
-
23 apr
do-re-mi-fa-so vliegtuigen 7
-
23 apr
Kunnen quantum Zonnecellen 190% quantum efficiënt zijn 3
-
23 apr
De Euro Nederlandse 100 qubit computer komt eraan
-
23 apr
projectiel 8
-
23 apr
Verschil tussen deze 2 vragen 5
-
23 apr
[scheikunde] berekeningen labo vitamine c bepaling 1
-
22 apr
[wiskunde] rode en witte ballen verdelen 8
-
22 apr
Rotatie van het heelal 41
-
22 apr
Muntje opgooien 14
-
21 apr
Reactiviteit silyl enol ethers 1
-
21 apr
Criterium voor vochtretentie
Nieuwsberichten
-
04 mar
Een nieuw soort magnetisme: altermagnetisme
-
31 okt
AI kan via stem diabetes vaststellen 11
-
21 okt
Einstein krijgt wéér gelijk 45
-
07 feb
witter dan wit 20
-
19 jun
irrigatie en de aardas
Chloroform-extractie tijdens DNA isolatie
Moderator: ArcherBarry
-
- Berichten: 67
Chloroform-extractie tijdens DNA isolatie
Kan iemand mij vertellen waarom je na het toevoeging van chloroform aan een DNA (+ andere troep, o.a. RNA en eiwitten) oplossing, de oplossing niet mag vortexen, maar rustig moet mengen?
-
- Berichten: 2.035
Re: Chloroform-extractie tijdens DNA isolatie
Vortexen (al is het een beetje afhankelijk van het apparaat) introduceert lokaal heel veel warmte in je mengsel, dus ik denk dat het daarmee te maken heeft: het zou dus het dna kunnen denatureren, of het chloroform beginnen te verdampen....
Het kan natuurlijk ook simpelweg zijn om de "dna-slierten" in je oplossing niet te fragmenteren....
Er loopt hier op het forum vast wel iemand rond die er meer verstand van heeft
Het kan natuurlijk ook simpelweg zijn om de "dna-slierten" in je oplossing niet te fragmenteren....
Er loopt hier op het forum vast wel iemand rond die er meer verstand van heeft
-
- Berichten: 3.507
Re: Chloroform-extractie tijdens DNA isolatie
Dit lijkt me onzin (no offence Herminator) maar heel veel warmte lijkt me ook wel wat overdreven. Het meest irritante is dat ik het wel een keer heb gehoord, maar ik ben het vergeten. Het had iets met de eiwitten te maken geloof ik, die dan gingen uitvlokken.The Herminator schreef: Vortexen (al is het een beetje afhankelijk van het apparaat) introduceert lokaal heel veel warmte in je mengsel, dus ik denk dat het daarmee te maken heeft: het zou dus het dna kunnen denatureren, of het chloroform beginnen te verdampen....
Edit: Hetzelfde als de kok die eiwitten opklopt. Door heftig te schudden denatureert het eiwit en vormt lange ketens (of zoiets). Deze zijn moeilijk uit je oplossing te krijgen. Eventuele opmerkingen van personen die er écht iets van af weten om mijn verhaal af te schieten zijn welkom
/editI'm not suffering from insanity - I'm enjoying every minute of it!!
-
- Berichten: 2.035
Re: Chloroform-extractie tijdens DNA isolatie
Ik zei al: het hangt van het apparaat af.... of heb ik nu het verkeerde soort Vortex in gedachten? 
Ik dacht aan zo'n heavy-duty staafmixer (ook wel Turrax geheten)....
Die denaturatie klinkt inderdaad aannemelijk (er begint me zelfs iets te dagen over een eerdere discussie hier op het forum over eiwit kloppen?!?), maar er moet hier wel ergens een echte eiwit-specialist rondhangen..... we wachten wel even!
En geen zorgen: ik neem niet zo makkelijk offence (moet dat niet offense zijn? ) aan nuttige kritiek!
edit: dikke vingers
Ik dacht aan zo'n heavy-duty staafmixer (ook wel Turrax geheten)....Die denaturatie klinkt inderdaad aannemelijk (er begint me zelfs iets te dagen over een eerdere discussie hier op het forum over eiwit kloppen?!?), maar er moet hier wel ergens een echte eiwit-specialist rondhangen..... we wachten wel even!
En geen zorgen: ik neem niet zo makkelijk offence (moet dat niet offense zijn?
) aan nuttige kritiek!edit: dikke vingers
-
- Berichten: 125
Re: Chloroform-extractie tijdens DNA isolatie
Denaturatie van de eiwitten door flink vortexen klinkt inderdaad heel aannemelijk. Maar is dat zo'n probleem in het geval van een DNA isolatie? Dan is het toch niet erg wanneer je eiwitten denatureren? Uiteindelijk wil je toch alleen je DNA hebben?
Maar misschien kan de moleculair bioloog dat verklaren.
edit: ik lees net in een ander draadje, dat vortexen vermeden moet worden om het DNA niet te breken.
Sjouke
Maar misschien kan de moleculair bioloog dat verklaren.
edit: ik lees net in een ander draadje, dat vortexen vermeden moet worden om het DNA niet te breken.
Sjouke
-
- Berichten: 2.330
Re: Chloroform-extractie tijdens DNA isolatie
Toevoeging:
chloroform verdampt echt heel snel en als je het dan ook nog een snel gaat vortexen ben je zo je hoeveelheid chloroform kwijt.
DNA moet inprincipe wel tegen een stootje kunnen denk ik aangezien je bij het lyseren van cellen ook gebruik maakt van een vortex. Maar als ze rechtstreeks uit de 4 graden gekomen (bak ijs) dan worden ze denk ik niet zo heel snel warm.
MvG Ron
chloroform verdampt echt heel snel en als je het dan ook nog een snel gaat vortexen ben je zo je hoeveelheid chloroform kwijt.
DNA moet inprincipe wel tegen een stootje kunnen denk ik aangezien je bij het lyseren van cellen ook gebruik maakt van een vortex. Maar als ze rechtstreeks uit de 4 graden gekomen (bak ijs) dan worden ze denk ik niet zo heel snel warm.
MvG Ron
-
- Berichten: 3.507
Re: Chloroform-extractie tijdens DNA isolatie
Even info voor Herminator: Een Vortex is een apparaat waarom aan de bovenkant een houder excentrisch draait. De doet hier de onderkant van de reageerbuis in, drukt licht en de houder gaat dan excentrische cirkeltjes beschrijven. De onderkant van de reageerbuis ook, en de bovenkant (waar je hem vast hebt), niet. Gevolg: De inhoud van de RB gaat snel ronddraaien en je oplossing wordt geroerd.
Plaatje van een vortex in actie
Plaatje van een vortex in actie
I'm not suffering from insanity - I'm enjoying every minute of it!!
-
- Berichten: 2.035
Re: Chloroform-extractie tijdens DNA isolatie
Ok bedankt.... toch wat anders dan een Turrax dus!
-
- Berichten: 67
Re: Chloroform-extractie tijdens DNA isolatie
Okay, dat wilde ik ff weten, daar heb ik namelijk last vanHovinsj1 schreef: Denaturatie van de eiwitten door flink vortexen klinkt inderdaad heel aannemelijk. Maar is dat zo'n probleem in het geval van een DNA isolatie? Dan is het toch niet erg wanneer je eiwitten denatureren? Uiteindelijk wil je toch alleen je DNA hebben?
Maar misschien kan de moleculair bioloog dat verklaren.
edit: ik lees net in een ander draadje, dat vortexen vermeden moet worden om het DNA niet te breken.
Sjouke
-
- Berichten: 67
Re: Chloroform-extractie tijdens DNA isolatie
Okay, ik weet nu wat chloroform doet met DNA wanneer er gevortext wordt (het kan dus kapot gaan, waardoor ik netto minder DNA overhoudt).
Gebeurt bij een 2-butanol-extractie hetzelfde toevallig?
Gebeurt bij een 2-butanol-extractie hetzelfde toevallig?
-
- Berichten: 2.035
Re: Chloroform-extractie tijdens DNA isolatie
Aangezien het niet specifiek de combinatie van chloroform en "mechanisch roeren" zal zijn die de schade doet, maar uitsluitend het (heftige) roeren zelf, denk ik dat er in 2-butanol precies hetzelfde gebeurt! 
-
- Berichten: 67
Re: Chloroform-extractie tijdens DNA isolatie
Kijk, dan kan ik dat weer eens tijdens DAT protocol uitvoeren (als je ziet dat ik er +- 95% van me DNA mee verlies is alles het proberen waardAangezien het niet specifiek de combinatie van chloroform en "mechanisch roeren" zal zijn die de schade doet, maar uitsluitend het (heftige) roeren zelf, denk ik dat er in 2-butanol precies hetzelfde gebeurt!
-
- Berichten: 67
Re: Chloroform-extractie tijdens DNA isolatie
Helaas, heeft niet geholpen; ik ga nu me pijlen denk maar richten op me ethanol-precipitatie.
