Springen naar inhoud

Primer Design


  • Dit onderwerp is gesloten Dit onderwerp is gesloten

#1

Roy van Heesbeen

    Roy van Heesbeen


  • >250 berichten
  • 740 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 05 maart 2006 - 16:13

Hallo allemaal,

Weet er iemand een goede bron (internet of literatuur) over hoe primer design in precies werkt (met behulp van computerprogramma's zoals bijvoorbeeld oligo of DNase)?

Alvast bedankt.

Dit forum kan gratis blijven vanwege banners als deze. Door te registeren zal de onderstaande banner overigens verdwijnen.

#2

saturnus ans

    saturnus ans


  • >100 berichten
  • 162 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 05 maart 2006 - 18:55

Dit is totaal niet (meer) mijn vakgebied, maar gelukkig kan je met google ook boeken opzoeken:

Analysing Gene Expression, A Handbook of Methods: Possibilities and Pitfalls
geredigeerd door Stefan Lorkowski, Paul Cullen - Science - 2003 - 992 pagina"s

en een website: PCR PRIMER DESIGN AND REACTION OPTIMISATION

en nog een: Design of Primers for Automated Sequencing

ik weet niet zeker of dit exact is wat je bedoelt, maar hoop dat je er wat aan hebt...

Groentjes Ansje

#3

Roy van Heesbeen

    Roy van Heesbeen


  • >250 berichten
  • 740 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 05 maart 2006 - 19:16

Ja, zoiets had ik ook al gevonden, ik ben eigelijk meer op zoek naar een snelle en makkelijke handleiding voor primer design programma's.

#4

Roy van Heesbeen

    Roy van Heesbeen


  • >250 berichten
  • 740 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 06 maart 2006 - 21:46

Heeft biochemiefreak geen idee war ik meer info kan vinden? :lol:

#5

biochemiefreak

    biochemiefreak


  • >1k berichten
  • 2330 berichten
  • VIP

Geplaatst op 06 maart 2006 - 22:47

Ik zal eens wat gaan rong kijken deze dagen. Ik heb het afgelopen weekend te druk gehad. Ik was maar 10 minuten on-line dit weekend.

MvG Ron

#6

Roy van Heesbeen

    Roy van Heesbeen


  • >250 berichten
  • 740 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 07 maart 2006 - 17:18

Mooi :lol:

Wat ik niet precies begrijp:

Je hebt een bepaalde sequentie, bij voor beeld, van bp -50 tot bp 200
Stel, je wilt het stuk tussen 0 en 150 hebben.
Waar zoek je dan precies de beste primer mbv bijv. oligo.
moet je dan een F-primer hebben die start bij ongeveer 0 en een R-primer die start bij ongeveer 150?
(verder houdt je dan nog rekening met de eisen van de primer zoals G-C gehalte Tm enz.)

Of is het niet zo simpel als ik nu opschrijf?

#7

biochemiefreak

    biochemiefreak


  • >1k berichten
  • 2330 berichten
  • VIP

Geplaatst op 07 maart 2006 - 19:07

Tm = 4(G + C) + 2(A + T)oC. is de formule kun je hier op vinden. MCB

Voor primer designs kun je ook bij invitrogen terecht.

Het is voor mij al een poosje geleden dat ik manueel primers heb gemaakt. Ik ben nu specieel analist en dan doe je dat werk niet meer.
Volgens mij moet je het gebied wat ruimer overlappen maar hoe dit precies zit moet ik ff uitzoeken.

MvG Ron

#8

oo0veertjuh0oo

    oo0veertjuh0oo


  • 0 - 25 berichten
  • 6 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 13 november 2009 - 14:28

1 ding
NCBI BLAST
# Moderatoropmerking
biochemiefreak: Even op de datum van de laatste post kijken. Deze topic is al behoorlijk oud en Roy weet nu echt wel hoe je dit kunt doen.

Veranderd door biochemiefreak, 13 november 2009 - 15:23






0 gebruiker(s) lezen dit onderwerp

0 leden, 0 bezoekers, 0 anonieme gebruikers

Ook adverteren op onze website? Lees hier meer!

Gesponsorde vacatures

Vacatures