Springen naar inhoud

DS DNA denatureren


  • Log in om te kunnen reageren

#1

Astridje85_CF

    Astridje85_CF


  • >25 berichten
  • 67 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 08 maart 2006 - 13:17

Ik weet bij dat je bij temperaturen boven de 90░C DNA kan denatureren.
Maar hoelang moet je het verhitten? En ik neem aan dat je het daarna op ijs moet zetten opdat het niet renatureert.

Dit forum kan gratis blijven vanwege banners als deze. Door te registeren zal de onderstaande banner overigens verdwijnen.

#2

bteunissen

    bteunissen


  • >1k berichten
  • 1122 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 08 maart 2006 - 13:35

Hoe lang je het op hoge temperatuur moet houden weet ik niet. Maar ik kan je wel vertellen dat na denaturatie de temperatuur weer omlaag kan want denaturatie is een onomkeerbaar proces! Je verbreekt namelijk de tertiaire/quarternaire structuur en als deze eenmaal verbroken is dan hersteld dze niet meer. Dus op ijs houden is niet nodig.

Bas

#3

Astridje85_CF

    Astridje85_CF


  • >25 berichten
  • 67 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 08 maart 2006 - 13:37

Hoe lang je het op hoge temperatuur moet houden weet ik niet. Maar ik kan je wel vertellen dat na denaturatie de temperatuur weer omlaag kan want denaturatie is een onomkeerbaar proces! Je verbreekt namelijk de tertiaire/quarternaire structuur en als deze eenmaal verbroken is dan hersteld dze niet meer. Dus op ijs houden is niet nodig.

Bas

Okay, ik had begrepen dat als je de DNA-oplossing langzaam laat afkoelen dat het weer renatureert

#4

Raspoetin

    Raspoetin


  • >1k berichten
  • 3514 berichten
  • VIP

Geplaatst op 08 maart 2006 - 14:01

Okay, ik had begrepen dat als je de DNA-oplossing langzaam laat afkoelen dat het weer renatureert

Klopt:

De twee strengen, waaruit een DNA molecuul is opgebouwd, kunnen van elkaar worden gescheiden. Dit kan door een alkalibehandeling (pH groter dan 11) of door ze te verhitten (100░C). Door deze behandeling worden de waterstofbruggen tussen de basen verbroken.
Dit proces, waarbij een oplossing van enkelstrengs DNA ontstaat, wordt smelten of denatureren genoemd.
Als men deze oplossing langzaam laat afkoelen (65░C) of de pH verlaagt dan treedt er spontaan herstel op. De twee strengen vormen samen weer een dubbelstrengs DNA. Dit proces noemt men hybridisatie.


http://web.hasdb.nl/.../5_bio_ger.html

Zie ook http://www.chemiefor...?showtopic=5741

Veranderd door Raspoetin, 08 maart 2006 - 14:01

I'm not suffering from insanity - I'm enjoying every minute of it!!

#5

bteunissen

    bteunissen


  • >1k berichten
  • 1122 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 08 maart 2006 - 14:10

Hmm, ik zal wat voorzichtiger moeten zijn met het plaatsen van mijn stellingen.... :lol:

Wat ik niet begrijp bij de renaturatie is hoe de strengen elkaar weer vinden en alle basen volledig aan elkaar koppelen tot de oorspronkelijke basen paren? Kan ik concluderen dat een renaturatie niet in de buurt komt van 100% herstel?

Bas

#6

Raspoetin

    Raspoetin


  • >1k berichten
  • 3514 berichten
  • VIP

Geplaatst op 08 maart 2006 - 14:38

Ik heb geleerd dat dat gewoon spontaan gebeurt. De waterstofbruggen herstellen zich weer, en ssDNA wordt weer dsDNA. En weer een lap tekst:

Het ontwinden en scheiden van DNA strengen, (...)  Als de thermische energie stijgt, breekt de resulterende verhoging in moleculaire beweging eventueel de waterstofbruggen en andere krachten die de dubbele helix stabiliseren; de strengen scheiden dan, uiteengedreven door de elektrostatische repulsie van de negatief geladen deoxyribose-fosfaat ruggegraat van elke streng.
(...)
De enkelstrengige DNA moleculen die resulteren van de denaturatie vormen willekeurige windingen zonder georganiseerde structuur. De temperatuur verlagend, de ionenconcentratie verhogend of de pH neutraliserend doet de twee complementaire strengen terug associŰren in een perfecte dubbele helix. De mate van zulke renaturatie hangt af van tijd, DNA concentratie en ionenconcentratie. Twee niet in sequentie verwante DNA strengen zullen als willekeurige windingen blijven en niet renatureren; het belangrijkste: ze zullen complementair DNA partner strengen niet remmen in het vinden van elkaar en in hun renaturatie. Denaturatie en renaturatie van DNA liggen aan de basis van nucle´nezuur hybridisatie, een krachtige techniek gebruikt voor de studie van de verwantschap tussen twee DNA stalen en het opsporen en isoleren van specifieke DNA moleculen in een mengsel dat vele verschillende DNA moleculen bevat.


En voor de vakidioten:

De smeltingstemperatuur aan de DNA strengen zullen scheiden hangt af van verschillende factoren. Moleculen die een grotere portie G-C paren bevatten, vereisen hogere temperaturen voor te denatureren door de drie waterstofbruggen die deze baseparen stabieler maken dan de A-T paren, die slechts twee waterstofbruggen hebben. Het percentage van G-C basen in een DNA staal kan inderdaad geschat worden van zijn Tm. De ion concentratie be´nvloedt ook de Tm doordat de negatief geladen fosfaat groepen in de twee strengen dan afschermd worden door positief geladen ionen. Wanneer de ionconcentratie laag is, vermindert deze afscherming, dus verhogen de repulsieve krachten tussen de strengen en verlaagt de Tm. Reagentia die waterstofbruggen destabiliseren, zoals formaide of ureum, verlagen ook de Tm. Tenslotte denatureert DNA bij extreme pH-waarden aan lage temperaturen. Bij lage (zure) pH worden de basen geprotoneerd en dus positief geladen, elkaar afstotend. Bij hoge (basische) pH verliezen de basen protonen en worden negatief geladen, elkaar weer afstotend door een gelijkaardige lading.

http://1ebacharts.me...

Kortom, om een definitef antwoord te geven aan de vragensteller: Snel afkoelen, dan krijgt het ssDNA geen kans op de renatureren. Echter, voor hoe lang de strengen uit elkaar blijven weet ik niet.
I'm not suffering from insanity - I'm enjoying every minute of it!!

#7

biochemiefreak

    biochemiefreak


  • >1k berichten
  • 2330 berichten
  • VIP

Geplaatst op 08 maart 2006 - 14:46

Dit zelfs doe je natuurlijk ook met een PCR. Dan haal je de ds DNa uitelkaar door te verhitten zodat de primers zijn werk kunnen doen.

MvG Ron

#8

Roy van Heesbeen

    Roy van Heesbeen


  • >250 berichten
  • 740 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 08 maart 2006 - 15:34

1 minuut is al genoeg :lol:





0 gebruiker(s) lezen dit onderwerp

0 leden, 0 bezoekers, 0 anonieme gebruikers

Ook adverteren op onze website? Lees hier meer!

Gesponsorde vacatures

Vacatures