Springen naar inhoud

Chromatografie


  • Log in om te kunnen reageren

#1

MarloesVmter

    MarloesVmter


  • 0 - 25 berichten
  • 5 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 03 oktober 2006 - 15:21

Waarom mag de elutiesnelheid niet te hoog of te laag zijn?

Dit forum kan gratis blijven vanwege banners als deze. Door te registeren zal de onderstaande banner overigens verdwijnen.

#2

Fuzzwood

    Fuzzwood


  • >5k berichten
  • 11101 berichten
  • Moderator

Geplaatst op 03 oktober 2006 - 16:38

Over welke methode hebben we het?

Veranderd door FsWd, 03 oktober 2006 - 16:38


#3

Napoleon1981

    Napoleon1981


  • >1k berichten
  • 2399 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 03 oktober 2006 - 17:35

Tekort: Veel monster componenten zullen geen interactie aan gaan met je kolom en dus snel elueren. Wanneer je analiet ook weinig retentie heeft dan zit deze midden in de andere stoffen en heb je dus niks gescheiden (wat toch het doel is in chromatografie)

Telang: Dit is gewoon hinderlijk en niet efficient als een dure HPLC 5uur bezig is met een bepaalde run.

#4

JeroenCV

    JeroenCV


  • >1k berichten
  • 1153 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 04 oktober 2006 - 07:24

Dit is gewoon hinderlijk en niet efficient als een dure HPLC 5uur bezig is met een bepaalde run

Ik ken methodes die 34 uur duren en heel efficient zijn (er zijn geen andere LC methoden die 2000000 peptiden base-line gescheiden hebben)

Maar verder heb je helemaal gelijk.

#5

Napoleon1981

    Napoleon1981


  • >1k berichten
  • 2399 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 04 oktober 2006 - 08:43

Klopt dat zijn die MudPIT analyses toch?

Nee maargoed Jeroen snijdt inderdaad een punt aan. Je moet een analyse zo opstellen dat je een basislijn scheiding krijgt. Dit kan in simpele matrixes vaak al na een paar minuten wanneer een kolom slim gekozen wordt. Voor uitgebreide analyses zoals die van een compleet plasma proteome wat jeroen bedoelt is een hoge peak capacity nodig, deze peak capacity is zelfs zohoog dat het niet eens op een normale LC haalbaar is, iets wat zeer lange analysetijden met zich meebrengt. Dit heeft trouwens wel tot gevolg dat deze analyses niet efficient zijn in mijn ogen. Er is niets beters, maar we kunnen ons zeker wel afvragen of analyses van 35uur nog wel kosten efficient zijn.

#6

JeroenCV

    JeroenCV


  • >1k berichten
  • 1153 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 04 oktober 2006 - 09:41

Dat zijn inderdaad MudPIT (multi dimensional protein identification techniques)

Kosten efficient zijn 35 uur durende metingen niet altijd. Hoewel, als je het in losse apparte metingen gaat opdelen, van elk 30 minuten, ben je dan aan het eind duurder of goedkoper uit? ik weet het niet.

#7

Napoleon1981

    Napoleon1981


  • >1k berichten
  • 2399 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 04 oktober 2006 - 11:53

Mja wat ik eigenlijk bedoelde was dit soort analyses alleen worden gebruikt in de biomarker discovery. Wanneer met indicaties etc heeft van potentiele proteinen die een bepaalde rol spelen, gaat men vaak toch al sneller over op immuno assays en bait en fish approaches, om de rede dat die veel sneller zijn dan een MudPIT approach.

#8

JeroenCV

    JeroenCV


  • >1k berichten
  • 1153 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 04 oktober 2006 - 15:23

Nu komen we op een ander onderwerp uit. Wanneer is een mudpit handiger dan een immuno assay.

Naar mijn mening is een immuno assy handig als je al weet wat er in je monster kan zitten. Maar kijk je naar onbekenden dan is mudpit erg geschikt.

Niet alle mudpit zijn 35 uur. Mijn methode duurt 90 minuten. Maar ik hoef geen twee miljoen peptiden te scheiden. Ik wil zoveel scheiding dat ik een identificatie van mijn onbekend monster krijg.

Wanneer mijn doel zou zijn om 100% een proteome van een organisme op te helderen zou mijn keuze op 2D-gel in combinatie met een digest met een 2D-LC-MS/MS methode komen, dus eerst een 100% scheiding van proteinen in een gel dan een 100% scheiding van de peptiden uit het digest op de 2D-LC (althans zo dicht mogelijk bij de 100%) en dan ben je wel een paar weken bezig om alles te hebben opgehelderd.

Om weer terug te komen op de oorspronkelijke vraag:
Afhankelijk van wat je wilt bepalen kies je lange of korte elutie.

#9

Napoleon1981

    Napoleon1981


  • >1k berichten
  • 2399 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 04 oktober 2006 - 17:06

haha nu zijn we heel erg offtopic gekomen trouwens.

Maar met gel bereik je zeker geen 100% hoor dat zou mijn keuze absoluut niet zijn. Hydrophobe proteinen zullen de gel nauwelijks in migreren (zoals membraan proteinen), en proteines met een hoge pI zullen ook niet migreren of van de gel aflopen (gevolg is een gigantische bias). Ik heb een aantal artikelen hier liggen waaruit blijkt dat een LC-LC/MS approach meer proteine identificaties geeft dan een gel.

Maargoed wat ik dus wilde zeggen is dat zodra men er vanaf kan, men andere methoden gaat zoeken.

Voor de vraagsteller, te lang is dus niet goed, maar een lange analyse kan soms wel nodig zijn :oops:

Veranderd door Napoleon1981, 04 oktober 2006 - 17:10


#10

Adriaan_CF

    Adriaan_CF


  • >100 berichten
  • 161 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 04 oktober 2006 - 17:11

Ach, als je er niet bij hoeft te blijven is het toch geen probleem als een bepaling langer duurt? Liever wat langzamer en beter toch?

#11

bteunissen

    bteunissen


  • >1k berichten
  • 1122 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 04 oktober 2006 - 19:47

Dat ligt er maar net aan waar de analyse toe dient. Analyses in de routine (bijvoorbeeld ziekenhuizen) moeten zo snel mogenlijk gebeuren. Hoe korter de analyse hoe hoger de through-put(aantal analyses per uur) en hoe lager de kosten.





0 gebruiker(s) lezen dit onderwerp

0 leden, 0 bezoekers, 0 anonieme gebruikers

Ook adverteren op onze website? Lees hier meer!

Gesponsorde vacatures

Vacatures