Springen naar inhoud

Sequencer


  • Log in om te kunnen reageren

#1

jrhimself

    jrhimself


  • 0 - 25 berichten
  • 3 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 24 oktober 2006 - 11:00

Hallo allemaal , leuk forum hier :oops:

ik heb een vraag, over de sequencer

hoe word deze ingesteld, wat zijn de controles, wanneer moet een bepaling overnieuw?

alvast bedankt

Dit forum kan gratis blijven vanwege banners als deze. Door te registeren zal de onderstaande banner overigens verdwijnen.

#2

Roy van Heesbeen

    Roy van Heesbeen


  • >250 berichten
  • 740 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 24 oktober 2006 - 11:11

Die vraag kan je niet zomaar beantwoorden.
De instellingen liggen volledig aan het construct wat gesequenced wordt.
Bijvoorbeeld welke sequence kit er is gebruikt (meestal BigDye terminator van AB v1.1 of 3.1).
Wat voor sequencer gebruik je? Een oude PAGE sequencer werkt geheel anders dan een nieuwe capilaire sequencer.

Controles: bij de meeste kits krijg je pGEM erbij met een bijbehorende primer.
In de handleiding staat de sequentie van deze plasmide. Deze kan je vergelijken.
Als deze niet overeenkomt, moet je reactie opnieuw.

Een reactie moet overnieuw als je een slechte alligment hebt, of als er veel mutaties voorkomen. Om dit te beoordelen moet je een goed programma gebruiken (ik gebruik SECentral en CodonCode aligner) en kijken naar de kwaliteit van je basenpaar calling.

#3

jrhimself

    jrhimself


  • 0 - 25 berichten
  • 3 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 24 oktober 2006 - 12:24

thx roy voor je uitleg, hier kan ik al iets meer mee

op je vraag "Wat voor sequencer gebruik je?" heb ik het volgende antwoord

Het is een capilaire sequencer en de sequence kit die gebruikt wordt op mn stage plek is de AB v3.1

Veranderd door jrhimself, 24 oktober 2006 - 14:57


#4

Roy van Heesbeen

    Roy van Heesbeen


  • >250 berichten
  • 740 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 24 oktober 2006 - 14:50

De instellingen liggen nu aan de lengte van jou construct (zal wel lang zijn aangezien je v3.1 gebruikt).
Dit moet je goed invoeren bij je sequence software. Daarnaast moet je het gebruikte polymeer (POP) goed instellen.

Hoe het precies zit weet ik niet meer, het is voor mij al een tijd geleden dat ik zelf heb gesequenced. We hebben hier voor een mooi geautomatiseerd lab :oops:

#5

deaconDrKraan

    deaconDrKraan


  • 0 - 25 berichten
  • 1 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 03 februari 2007 - 21:00

Hey JR,

Kennelijk worden me posts verwijderd als ik iets persoonlijks schrijf dus bij deze:
Applied Biosystems 3130
http://www.michaelsm...gment_Analysis/

n00b

mzls

#6

Fuzzwood

    Fuzzwood


  • >5k berichten
  • 11101 berichten
  • Moderator

Geplaatst op 03 februari 2007 - 22:04

Mja je moet mensen niet liggen uitschelden...dat noemen ze fatsoensnormen...





0 gebruiker(s) lezen dit onderwerp

0 leden, 0 bezoekers, 0 anonieme gebruikers

Ook adverteren op onze website? Lees hier meer!

Gesponsorde vacatures

Vacatures