Springen naar inhoud

Taq polymerase produceren


  • Log in om te kunnen reageren

#1

JoNa's

    JoNa's


  • 0 - 25 berichten
  • 12 berichten
  • Gebruiker

Geplaatst op 28 oktober 2006 - 14:02

Hoi iedereen,

Wij hebben jullie hulp nodig, het zit namelijk zo:
Wij moeten een eindproject doen als afsluiting voor onze opleiding laboratoriumonderwijs.
Wij hebben gekozen om Taq polymerase te produceren.
Het pTAQ gen halen we uit de bacterie Thermus Aquaticus. Dit transformeren wij in een E.coli pUC 18.

Wij willen onze verschillende stappen controleren met behulp van een gelelectroforese. Deze gelelectroforese voeren wij uit met pUC 18, het losse pTAQ gen en pUC 18 met het ingebouwde gen. We hebben hierbij nog een ladder/marker nodig, maar dit hebben wij niet kunnen vinden.
Weten jullie misschien waar we dit soort informatie kunnen vinden?

Op het eind willen wij ons product controleren met behulp van een eiwitgel. Ook hierbij hebben we een ladder/marker nodig. Kunnen jullie ons misschien helpen om dit te vinden?

Wij willen het pTAQ gen amplificeren met de PCR. Hierbij gebruiken wij chromosomaal DNA van de Thermus Aquaticus als template. Wij hebben alleen geen idee wat voor PCR programma we hiervoor kunnen gebruiken. Elke hulp hierbij zal zeer gewaardeerd worden.

Als jullie nog tips of extra informatie hebben, zou dat erg welkom zijn.
Alvast bedankt. :oops:

Dit forum kan gratis blijven vanwege banners als deze. Door te registeren zal de onderstaande banner overigens verdwijnen.

#2

Roy van Heesbeen

    Roy van Heesbeen


  • >250 berichten
  • 740 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 30 oktober 2006 - 13:31

Leuk project maar of het geheel mogelijk is denk ik niet aangezien de kosten zeer hoog zijn).

Ik weet niet hoe lang het gen is, maar een 1kb mass ladder (Fermentas ofzo) zal vast wel goed zijn. Je controle is veel makkelijker en beter door je ligatie product te knippen met je gebruikte RE's (hierdoor valt je gen eruit, de lengte kan je meten mbv je ladder). En nog door een knip van een ander RE voor het bekijken van de orientatie (alleen nodig als je twee dezelfde RE's voor de ligatie gebruikt).

Ik denk wel dat het lastig is om zomaar het chromosomaal DNA van de bacterie te isoleren, deze bacterien is denk ik niet op school aanwezig, je kan misschien beter het DNA, dat al in een vector zit, gewoon bestellen (wel erg duur). De primers die je moet bestellen zijn ook vrij duur en je moet ze zelf ontwerpen wat ook niet makkelijk is. Het programma is wat dat betreft nog het simpelste, dit kan gewoon een normaal programma zijn van 30 cycli. De Tm van je programma is afhankelijk van je primers.

Je product controleren op een PAGE gel heeft niet veel zin, hierop zie je ook andere banden dus je zal het eiwit moeten isoleren uit je lysaat, of je moet een antilichaam hebben zodat je kan blotten, deze zijn echter ZEER prijzig.

Ik denk dat je maar beter eerst een goed gesprek met je begeleider kan hebben over de mogelijkheden voordat je een plan gaat maken

#3

JoNa's

    JoNa's


  • 0 - 25 berichten
  • 12 berichten
  • Gebruiker

Geplaatst op 30 oktober 2006 - 20:00

Hoi Roy,

Bedankt voor het beantwoorden van onze vragen.

Het is eigenlijk niet zo lastig om het chromosomaal DNA van de bacterie te isoleren. De bacterie is inderdaad niet aanwezig op school, maar omdat dit ons afstudeer project is mogen wij de bacterie kopen.
De Thermus aquaticus is niet zo duur, ongeveer 34 euro.

De primers moet je inderdaad zelf ontwerpen, maar we hebben de sequenties al. We hoeven ze alleen maar te bestellen en dit kan ook gewoon via de school.
We gaan nog wel moeten uitzoeken welke Tm het beste is.

De product controleren op een PAGE gel heeft inderdaad niet veel zin, maar dit lijkt ons wel heel logisch en ook goedkoper. We zullen dit wel nog een keer goed bespreken. Waarschijnlijk komen we niet eens zover met ons project. We hebben namelijk maar een aantal dagen om het hele experiment te doen.

Volgens onze begeleiders is dit project prima te doen en heel veel dingen zijn al besteld. We beginnen met ons project over drie weken.

Bedankt voor je tips.

Groetjes

P.S. extra informatie en tips zijn altijd welkom.

#4

Roy van Heesbeen

    Roy van Heesbeen


  • >250 berichten
  • 740 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 31 oktober 2006 - 08:02

Ik las toevallig gisteren dat er bedrijven zijn die een Taq ook zelf produceren voor eigen gebruik. Deze bedrijven hebben een vector met het polymerase gen gekocht en schalen dit zelf op. Of ze het ook zuiveren weet ik niet precies.
Een van deze was de afdeling structuur biologie van het VU medisch centrum. Je kan misschien met hun contact opnemen voor de zuiverings procedure.

#5

JoNa's

    JoNa's


  • 0 - 25 berichten
  • 12 berichten
  • Gebruiker

Geplaatst op 31 oktober 2006 - 16:56

Hoi Roy,

Bedankt voor je tip, maar het is echt niet nodig.
We hebben zelf een zuiveringsprocedure samengesteld en dit is goed gekeurd door onze begeleiders.
Er werd ook tegen ons gezegd dat we een vector met het polymerase gen kunnen kopen. Maar we willen met ons project voornamelijk concentreren op het isoleren en zuiveren gedeelte. Dat vinden wij het leukst. :oops:

Groetjes

#6

Roy van Heesbeen

    Roy van Heesbeen


  • >250 berichten
  • 740 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 31 oktober 2006 - 19:27

Ok veel succes daarmee dan!

#7

JoNa's

    JoNa's


  • 0 - 25 berichten
  • 12 berichten
  • Gebruiker

Geplaatst op 02 november 2006 - 16:39

Zijn er nog meer mensen die kunnen helpen met onze vragen??
Alle hulp is welkom.

#8

Roy van Heesbeen

    Roy van Heesbeen


  • >250 berichten
  • 740 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 06 november 2006 - 17:06

Wat voor vragen heb je nog precies?

#9

JoNa's

    JoNa's


  • 0 - 25 berichten
  • 12 berichten
  • Gebruiker

Geplaatst op 06 november 2006 - 17:18

Misschien wat informatie over de achterliggende theorie en Taq polymerase.

Weten julie misschien ook wat meer over de bacterie Thermus Aquaticus of waar ik dit kan vinden? Er is hierover namelijk niet veel informatie te vinden.
Met wat voor (microbiologische) testen kan je hem bijvoorbeeld determineren?

Groetjes

Veranderd door Natasha, 06 november 2006 - 17:19


#10

Roy van Heesbeen

    Roy van Heesbeen


  • >250 berichten
  • 740 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 06 november 2006 - 20:27

http://en.wikipedia....ermus_aquaticus
http://en.wikipedia..../Taq_polymerase
Hier staat veel info over de Taq en het enzym.

Dit is ook wel een goede site.
http://www.cascadehs...s/finalDNA.html

#11

JoNa's

    JoNa's


  • 0 - 25 berichten
  • 12 berichten
  • Gebruiker

Geplaatst op 10 november 2006 - 23:12

He, bedankt voor de links.
Ik kan daar echt heel veel informatie vinden.

Bedankt!

Groetjes





0 gebruiker(s) lezen dit onderwerp

0 leden, 0 bezoekers, 0 anonieme gebruikers

Ook adverteren op onze website? Lees hier meer!

Gesponsorde vacatures

Vacatures