Springen naar inhoud

graven in genen


  • Log in om te kunnen reageren

#1

tomazzz

    tomazzz


  • 0 - 25 berichten
  • 18 berichten
  • Gebruiker

Geplaatst op 29 januari 2007 - 10:38

hallo,


wat heb ik? 30 genen met dezelfde transcriptie factor binding sites.
wat wil ik? diezelfde genen screenen op meer overeenkomsten in hun sequentie..
omdat er waarschijnlijk nog meer factoren aanwezig zijn die ik graag wil weten.

kent iemand een mogelijkheid of een programma wat me hierbij kan helpen? het gaat dus alleen over deze genen, ik heb dus niks aan grote databases als die van ncbi etc.

wie kan helpen?

thanks,

Tom

Dit forum kan gratis blijven vanwege banners als deze. Door te registeren zal de onderstaande banner overigens verdwijnen.

#2

Broekhem

    Broekhem


  • >100 berichten
  • 102 berichten
  • Gebruiker

Geplaatst op 29 januari 2007 - 14:36

Als je bijv. gen 1 met gen 2 wil vergelijken kan je gebruik maken van ClustalW

Je moet dan uiteraard je basevolgorde weten. Bij input moet je eraan denken dat je dit teken er voor zet: >

Bijv.

>gen 1
ATGCTATA
>gen 2
ATGCTATT

#3

rwwh

    rwwh


  • >5k berichten
  • 6847 berichten
  • Moderator

Geplaatst op 29 januari 2007 - 21:36

Wil je een "multiple sequence alignment" maken? Daarvoor zijn inderdaad verschillende programma's te krijgen. Je moet voor het beste resultaat er echter wel even je gedachten bijhouden: helemaal automatisch geeft een goed resultaat, maar niet noodzakelijkerwijze het beste resultaat. Zeker niet als je nog kleine extra stukjes informatie uit de literatuur hebt, bijvoorbeeld een zogenaamde alanine-scan.

#4

tomazzz

    tomazzz


  • 0 - 25 berichten
  • 18 berichten
  • Gebruiker

Geplaatst op 02 februari 2007 - 00:38

he dank je broekhem, ik zal het eens uitpluizen!!!

maar voor de rest weet ik niet veel uit de literatuur... alleen dat er andere transcriptiefactoren een rol mˇeten spelen, het kan haast niet adners, het is mn doel ze te vinden, ik probeer het dus via deze weg... het is een beginnetje als ik de sequentie weet..

zijn er nog andere programmas bij jullie bekend? die ergens te downloaden of te gebruiken zijn?

thanks!

Tom

#5

Broekhem

    Broekhem


  • >100 berichten
  • 102 berichten
  • Gebruiker

Geplaatst op 02 februari 2007 - 10:13

generunner, hiermee kijk ik altijd naar de restrictieplaatsen. Het heeft meerdere functies (welke allemaal, geen idee), dus moet je maar eens kijken.

#6

Roy van Heesbeen

    Roy van Heesbeen


  • >250 berichten
  • 740 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 02 februari 2007 - 11:28

een beetje fatsoenlijk programma kost al snel een berg geld...
Downloaden lukt meestal ook niet.

#7

tomazzz

    tomazzz


  • 0 - 25 berichten
  • 18 berichten
  • Gebruiker

Geplaatst op 02 februari 2007 - 13:32

generunner, thanks! zal het proberen!

met clustalW kom ik volgens mij ook al best een eindje!

groeten





0 gebruiker(s) lezen dit onderwerp

0 leden, 0 bezoekers, 0 anonieme gebruikers

Ook adverteren op onze website? Lees hier meer!

Gesponsorde vacatures

Vacatures