graven in genen
Moderator: ArcherBarry
-
- Berichten: 18
graven in genen
hallo,
wat heb ik? 30 genen met dezelfde transcriptie factor binding sites.
wat wil ik? diezelfde genen screenen op meer overeenkomsten in hun sequentie..
omdat er waarschijnlijk nog meer factoren aanwezig zijn die ik graag wil weten.
kent iemand een mogelijkheid of een programma wat me hierbij kan helpen? het gaat dus alleen over deze genen, ik heb dus niks aan grote databases als die van ncbi etc.
wie kan helpen?
thanks,
Tom
wat heb ik? 30 genen met dezelfde transcriptie factor binding sites.
wat wil ik? diezelfde genen screenen op meer overeenkomsten in hun sequentie..
omdat er waarschijnlijk nog meer factoren aanwezig zijn die ik graag wil weten.
kent iemand een mogelijkheid of een programma wat me hierbij kan helpen? het gaat dus alleen over deze genen, ik heb dus niks aan grote databases als die van ncbi etc.
wie kan helpen?
thanks,
Tom
-
- Berichten: 102
Re: graven in genen
Als je bijv. gen 1 met gen 2 wil vergelijken kan je gebruik maken van ClustalW
Je moet dan uiteraard je basevolgorde weten. Bij input moet je eraan denken dat je dit teken er voor zet: >
Bijv.
>gen 1
ATGCTATA
>gen 2
ATGCTATT
Je moet dan uiteraard je basevolgorde weten. Bij input moet je eraan denken dat je dit teken er voor zet: >
Bijv.
>gen 1
ATGCTATA
>gen 2
ATGCTATT
- Berichten: 6.853
Re: graven in genen
Wil je een "multiple sequence alignment" maken? Daarvoor zijn inderdaad verschillende programma's te krijgen. Je moet voor het beste resultaat er echter wel even je gedachten bijhouden: helemaal automatisch geeft een goed resultaat, maar niet noodzakelijkerwijze het beste resultaat. Zeker niet als je nog kleine extra stukjes informatie uit de literatuur hebt, bijvoorbeeld een zogenaamde alanine-scan.
-
- Berichten: 18
Re: graven in genen
he dank je broekhem, ik zal het eens uitpluizen!!!
maar voor de rest weet ik niet veel uit de literatuur... alleen dat er andere transcriptiefactoren een rol móeten spelen, het kan haast niet adners, het is mn doel ze te vinden, ik probeer het dus via deze weg... het is een beginnetje als ik de sequentie weet..
zijn er nog andere programmas bij jullie bekend? die ergens te downloaden of te gebruiken zijn?
thanks!
Tom
maar voor de rest weet ik niet veel uit de literatuur... alleen dat er andere transcriptiefactoren een rol móeten spelen, het kan haast niet adners, het is mn doel ze te vinden, ik probeer het dus via deze weg... het is een beginnetje als ik de sequentie weet..
zijn er nog andere programmas bij jullie bekend? die ergens te downloaden of te gebruiken zijn?
thanks!
Tom
-
- Berichten: 102
Re: graven in genen
generunner, hiermee kijk ik altijd naar de restrictieplaatsen. Het heeft meerdere functies (welke allemaal, geen idee), dus moet je maar eens kijken.
-
- Berichten: 740
Re: graven in genen
een beetje fatsoenlijk programma kost al snel een berg geld...
Downloaden lukt meestal ook niet.
Downloaden lukt meestal ook niet.
-
- Berichten: 18
Re: graven in genen
generunner, thanks! zal het proberen!
met clustalW kom ik volgens mij ook al best een eindje!
groeten
met clustalW kom ik volgens mij ook al best een eindje!
groeten