Springen naar inhoud

Spectroscopie en eiwitten


  • Log in om te kunnen reageren

#1

McSnarf

    McSnarf


  • >100 berichten
  • 184 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 28 februari 2007 - 12:24

De sequentie van een eitwit kan je bepalen met spectroscopische technieken. Het gaat mij met name om MALDI en ESI. (als ionisatie technieken). Ik weet hoe Maldi werkt (denk ik). en ik weet ook hoe ESI werkt. Ik kan zelfs met moeite de gemiddelde massa uit een ESI spectrum bepalen. (2 vergelijkingen, 2 onbekenden)

Er blijven dan 2 problemen over:

Hoe zie ik aan een gegeven spectrum of het afkomstig is van MALDI dan wel ESI,

en hoe zie ik in een spectrum met welke lading een piek correspondeerd?

Wie helpt mij er uit?

Veranderd door McSnarf, 28 februari 2007 - 12:25


Dit forum kan gratis blijven vanwege banners als deze. Door te registeren zal de onderstaande banner overigens verdwijnen.

#2

McSnarf

    McSnarf


  • >100 berichten
  • 184 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 28 februari 2007 - 12:28

Hmz. Zelf zou ik de eerste vraag zo beantwoorden:

In een ESI spectrum zijn veel pieken te zijn in een klokvorm, over een m/z-gebied van +/- 700.

Dat is alleen gebaseerd op wat ik tot nu toe heb gezien en dus neit heel wetenschappelijk. Is mijn uitspraak terecht, en zo ja: waarom?

#3

Napoleon1981

    Napoleon1981


  • >1k berichten
  • 2399 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 01 maart 2007 - 02:35

Je meet in een mass spectrometer Mass/charge (M/Z) waarden. Wanneer je een proteine ioniseert in een ESI source en positieve ion mode, probeer je H+ ionen op het molecuul te krijgen en het zo een lading te geven. Nu hebben proteinen veel basische sites (basische aminozuren) en kunnen dus goed meerdere ladingen verdragen. Een 40Kda proteine met 1 proton zal dus verschijnen als een piek met een m/z van 40kda. Het zelfde proteine met 2 protons zal dus verschijnen als een piek met een m/z van 20kda. En ga za maar door tot 20 a 30 ladingen, wat niet ongewoon is voor een proteine.

Ik denk dat wanneer je het patroon berekent, het zeker geen klokvorm is....

2) Maldi en ESI zijn beide soft ionization techniques. Ik zou zo ff niet weten hoe je het verschil moet zien. Maldi zie je matrix fragmenten in het lage m/z gebied.

Verder kan maldi niet gebruikt worden in bijvoorbeeld een quadrupole, en zal meestal toegepast worden in een TOF. Als regel kan je wel zeggen dat wanneer het spectrum niet opgenomen is in een TOF, dan is het ws ook geen MALDI geweest.

3) Hier zijn 2 manieren. De resolutie van de ms gaat je hier parten spelen.

Situatie1:

Elementen waaruit peptiden en proteinen bestaan zijn voornamelijk waterstof stikstof koolstof en zuurstof. Deze elementen hebben allemaal bijna een hele massa. Koolstof is 12 zuurstof 16 etc

Wanneer je dus een massa hebt van 801, dan zal een dubbel geladen piek verschijnen bij 803/2 = 401.5. Er is geen 1 mogelijkheid om op deze massa te komen anders dan dat het een dubbel geladen molecuul moet zijn. De resolutie van een MS bij proteinen in de hoge kDa range is echter niet groot genoeg om hier ook maar iets zinnigs over te kunnen zeggen

Situatie 2:

Je kijkt naar het isotopen patroon. Ieder koolstof atoom dat een C13 is ipv een C12 shift een piek 1 mass unit. Dit geeft het karakteristieke isotopen beeld wat je vast wel kent. Wat gebeurd er nu wanneer we meerdere ladingen gaan gebruiken....

Stel de volgende situatie voor: we hebben 2 moleculen, 1 is de "normale" versie en de ander heeft 1 C13 ingebouwd. Het massa verschil is 1Da, maar we praten over m/z waarden, dus in veelvoudig geladen moleculen schuift de isotoop piek dichter en dichter op de normale piek. Ook hier geldt weer dat de resolutie van een MS vaak niet hoog genoeg is dit te verraden bij de analyse van proteinen.

Situatie 3)

Je gevoel zegt dat je te maken hebt met meerdere pieken van het zelfde proteine. Neem het massa verschil tussen 2 pieken. Deel de massa van piek 1 door het verschil naar de lager gelegen piek, en je hebt het aantal ladingen overgehouden op piek 2.





0 gebruiker(s) lezen dit onderwerp

0 leden, 0 bezoekers, 0 anonieme gebruikers

Ook adverteren op onze website? Lees hier meer!

Gesponsorde vacatures

Vacatures