Springen naar inhoud

[scheikunde] Sequence tagging / protein mass fingerprinting


  • Log in om te kunnen reageren

#1

marieke21

    marieke21


  • >25 berichten
  • 45 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 21 juni 2007 - 09:24

Hallo!

Ik vind protein mass fingerprinting en sequence tagging nogal moeilijk: wat ik ervan begrijp is dit:

1. Bij peptide mass fingerprinting behandel je een eiwit met trypsine, welke achter lysine (K) en arginine ® knip en dus krijg je allemaal peptides die eindigen met een K of R.

2. Hiervan neem je een MS spectrum, dan kun je de volgorde van grootte bepalen.

3. Vervolgens vergelijk je de verkregen peptide map (met de peptide stukjes op grootte gerangschikt) met een database waarbij men theoretisch de stukjes eiwit met trypsine heeft behandeld

4. Je vind een eiwit wat overeenkomt

Sequence tagging gebruik je om deze eiwitkeuze te bevestigen.

Maar ga je bij sequence tagging nu van alle peptide stukjes de sequentie bepalen (en dus de sequentie van het hele eiwit)?

Hoop dat iemand me kan helpen!

Groetjes!

Dit forum kan gratis blijven vanwege banners als deze. Door te registeren zal de onderstaande banner overigens verdwijnen.

#2

SamtheChemist_CF

    SamtheChemist_CF


  • >250 berichten
  • 560 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 21 juni 2007 - 15:44

Ik zou even zoeken op de term eiwitidentificatie met behulp van MALDI-TOF-MS. Ik heb hier een artikel over moeten schrijven voor mijn opleiding.

Ik had hier hele mooie bronnen voor. Hierin beschrijven ze een aantal van je vragen. Als ik ze thuis nog heb zal ik ze online zetten en de link hier even posten.

Maar ik kan je al een stukje op weg helpen. Men heeft bepaalde databasses waarin gnomen van eiwitten beschreven staan. De stukjes waarin een eiwit wordt opgeknipt kan men dus opzoeken in deze database waardoor ze uiteindelijk het totale eiwit kunnen identificeren.

Aangezien men MS gebruikt kunnen alle stukjes snel en tegelijk worden geanalyseerd. Dus inprincipe doet men dit van elke sequence....dat moet ik alleen dus even opzoeken!

To be continued.....

Veranderd door SamtheChemist, 21 juni 2007 - 15:45


#3

Hovinsj1

    Hovinsj1


  • >100 berichten
  • 125 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 22 juni 2007 - 08:44

Hallo,

Kijk ook eens hier op wikipedia...

http://en.wikipedia...._fingerprinting

sjouke





0 gebruiker(s) lezen dit onderwerp

0 leden, 0 bezoekers, 0 anonieme gebruikers

Ook adverteren op onze website? Lees hier meer!

Gesponsorde vacatures

Vacatures