Springen naar inhoud

Ervaring met IEF MicroRotofor van Bio-Rad


  • Log in om te kunnen reageren

#1

Sammie_CF

    Sammie_CF


  • 0 - 25 berichten
  • 2 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 26 september 2007 - 15:58

Voor een eiwit bepaling ben ik bezig om een 2D gel te maken en daarvoor heb ik de MicroRotofor van Bio-Rad ter beschikking maar ik vindt het nog al een complex en onhandig apparaat. Dus mijn vraag is of iemand ervaring met dit apparaat heeft en ook tegen problemen aan is gelopen of mij wellicht wat tips kan geven.
Alvast bedankt,

Sam
3e jaars Biochemie student HLO

Dit forum kan gratis blijven vanwege banners als deze. Door te registeren zal de onderstaande banner overigens verdwijnen.

#2

Hovinsj1

    Hovinsj1


  • >100 berichten
  • 125 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 28 september 2007 - 13:33

Toen het ding op de markt kwam, hebben we er wat mee geprobeerd. Maar zoals je al schrijft is het een complex en onhandig apparaat. We hebben er dan ook nooit een goede pre-fraktionering mee kunnen krijgen.
Wat voor eiwit bepaling wil je doen, wat voor 2D systeem? Hou er wel rekening mee dat iedere pre-fraktioneringsmethode weer een variabele toevoegd aan je experiment. En deze is vrij lastig te reproduceren.

sjouke

#3

Sammie_CF

    Sammie_CF


  • 0 - 25 berichten
  • 2 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 02 oktober 2007 - 13:53

Wij willen van verschillende melanoom cellijnen de eiwit expressie vergelijken. De verschillende cellijnen hebben verschillende modificaties van het ALCAM eiwit en wij willen kijken wat voor gevolg dit heeft voor de eiwit expressie van de verschillende cellen. Ook willen wij de eiwitten in de vesicles van deze cellen gaan vergelijken met die van de cellen. De opdracht is tot om dit aan de hand van 2D gel electroforese te doen. En voor de IEF hebben we dus de MicroRotofor voor onze beschikking en voor de 2e dimensie gebruiken we een SDS page.
Is dat wat je bedoelt?

Sam

#4

Hovinsj1

    Hovinsj1


  • >100 berichten
  • 125 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 03 oktober 2007 - 10:34

Niet helemaal. Als je voor de eerste dimensie alleen de MicroRotofor gebruikt zul je weinig opschieten. De MicroRotofor is ontwikkeld om een complex eiwit mengsel (bv. je cell lysate) te fraktioneren. De fraktionering wordt in oplossing gedaan en is gebaseerd op IEF. Het is dan de bedoeling deze frakties of direkt voor een LC-MS/MS te gebruiken na trypsin digestie of deze frakties op IPG strips (IEF) te laden, gevolgd door een normale SDS-PAGE. Je moet dan dus wel meer 2D gelen maken. Dus alleen de Rotofor voor de eerste dimensie zal niet werken, zeker niet als je minimale verschillen wilt vinden in je cellen.

sjouke





0 gebruiker(s) lezen dit onderwerp

0 leden, 0 bezoekers, 0 anonieme gebruikers

Ook adverteren op onze website? Lees hier meer!

Gesponsorde vacatures

Vacatures