Springen naar inhoud

Onbekende bacterie suspensie


  • Log in om te kunnen reageren

#1

Marloes007

    Marloes007


  • 0 - 25 berichten
  • 5 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 18 januari 2008 - 16:52

Hoe kun je van een onbekende suspensie van bacterien zien of ze gevaarlijk voor de gezondheid van de mens zijn? En hoe kan ik meer eigenschappen van de bacterie te weten komen m.b.v. het DNA van de bacterie?

alvast bedankt voor de reactie

Dit forum kan gratis blijven vanwege banners als deze. Door te registeren zal de onderstaande banner overigens verdwijnen.

#2

rwwh

    rwwh


  • >5k berichten
  • 6847 berichten
  • Moderator

Geplaatst op 19 januari 2008 - 09:47

Hoi, Welkom op chemieforum.

De opgave is niet echt duidelijk voor mij! Hoe kun je zien of ze gevaarlijk zijn voor mensen? De enige echte goede methode daarvoor is: opdrinken. Maar er zal waarschijnlijk worden bedoeld dat je ze onder de microscoop moet bekijken.

En welke andere eigenschappen moet je dan uit dat DNA halen? In principe zijn ALLE eigenschappen van een bacterie uit zijn DNA te halen!

#3

Marloes007

    Marloes007


  • 0 - 25 berichten
  • 5 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 19 januari 2008 - 10:40

ik zal de opdracht zo als wij die gekregen hebben even hier neerzetten:

Casus 12 Forensische casus.
Probleembeschrijving:
Biologische oorlogsvoering is volgens de Geneefse Conventie verboden. Gedu-rende de koude oorlog zijn zowel de Oostbloklanden als de westerse overheden uitgebreid bezig geweest met onderzoek naar micro-organismen die grote hoe-veelheden slachtoffers kunnen maken onder de bevolking. Na de val van de Sovjet unie is er mogelijk veel kennis - die vergaard was door Sovjet wetenschappers - in de verkeerde handen gevallen. De voor bioterrorisme gebruikte micro-organismen zijn vaak relatief simpel en goedkoop te maken.

Een verdachte suspensie wordt gevonden in het huis van iemand die verdacht wordt van banden met een terroristische organisatie, mogelijk is er sprake van een gevaarlijk micro-organisme wat gebruikt kan worden voor bio-terrorisme.

Vraag:
Bepaal of er hier sprake is van een gevaarlijk micro-organisme. Is het mogelijk een uitspraak te doen over de herkomst van het organisme?

Mogelijke oplossing:
Nadat vastgesteld is dat het om een micro-organisme gaat kan met moleculaire technieken een genetische fingerprint van micro-organismen gemaakt worden die gelinkt kan worden aan een specifiek geologisch gebied. Wellicht is hiermee een plaats van herkomst te bepalen.

Ik ben al 3 dagen bezig geweest op internet te kijken hoe ik het meot doen.. maar kan er maar niet uitkomen.. wacht op hulp. ben al blij met een reactie :)

#4

Pink Panther

    Pink Panther


  • >250 berichten
  • 516 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 19 januari 2008 - 12:29

Nou oom te zien of ze gevaarlijk zijn voor de mens lijkt me er maar ťťn oplossing te zijn: de bacteriŽn te identificeren. Dat vraagt natuurlijk een hele hoop werk en tijd om die bacteriŽn op te kweken, verschillende tests te doen enzo, zeker als je ťcht geen flauw idee hebt welke erin kunnen zitten. En dan ook nog in de veronderstelling dat ze niet genetisch gemanipuleerd zijn natuurlijk.

Met een DNAsample gaat dat ook, probleem zou zijn als er meerdere bacteriŽn in het sample zitten, dan kan je niet zomaar de DNA fingerprint gaan maken, want dan maak je die van een hele boel verschillende soorten, en daar valt niets meer uit af te leiden. Wat je in dit geval wel kunt doen is soortspecifieke primers gebruiken in een PCR. Als je tot een reactieproduct komt, weet je meteen ook welke soort het is, en of ze al dan niet gevaarlijk zijn. Hiervoor moet je geen hele opkweek doen, maar het zal je ook wel helpen om eerst enkele kleine tests te doen (morfologisch onderzoek, Gramkleuring, sporenkleuring ...) dan heb je al een idee in welke richting je moet zoeken.

Ik zou niet meteen durven zeggen dat de DNA-fingerprint ook meteen een herkomstaanwijzing geeft. Het zou kunnen natuurlijk, maar in de zwarte circuits is het natuurlijk helemaal niet ondenkbaar dat ze in hun spullen vanuit andere landen halen... Maar misschien is dat wat te ver gezocht van me.

Ik moet ook zeggen, ik ben helemaal geen expert, maar dit denk ik er gewoon over...

Veranderd door Pink Panther, 19 januari 2008 - 12:30


#5

Beryllium

    Beryllium


  • >5k berichten
  • 6314 berichten
  • Minicursusauteur

Geplaatst op 19 januari 2008 - 13:03

Ik zou eerst maar eens (inderdaad Pink Panther) een conventionele identificatie doen met bijvoorbeeld een VITEK en API (over een tijdje kun je ook Raman gebruiken als je het wat sneller wilt :P). Als er dan sprake is van een bijvoorbeeld 'normale' E. coli hoef je je niet te druk te maken.
Als je dan de soort weet kun je verder analyseren, bijvoorbeeld gevoeligheidstests enzovoorts.

Om maar direct, whoop, DNA te gaan analyseren lijkt me overkill.
You can't possibly be a scientist if you mind people thinking that you're a fool. (Douglas Adams)

#6

Marloes007

    Marloes007


  • 0 - 25 berichten
  • 5 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 19 januari 2008 - 13:44

Super bedankt voor jullie reactie =].

Ik had ook wat gelezen over het kloneren in E.coli dat je dan ook de afstamming van een bacterie soort kan bekijken. Alleen weet ik niet of deze informatie wel juist is. ik zal het even hier neerzetten..

Klonering in E. coli - generatie van een ribosomale DNA bank
Alhoewel DGGE een mooie en snelle manier is om te zien hoeveel verschillende soorten er in een monster zitten en met name verschillen in tijd of condities te bestuderen, geeft het weinig informatie over de individuele soorten. Het is natuurlijk een poging waard te proberen een aantal van deze specifieke soorten te isoleren en zo in reincultuur te karakteriseren, maar aangezien dit vaak met grote problemen gepaard gaat, is het ook aan te bevelen te werken met andere moleculaire technieken. Het principe van klonering is dat het totale ribosomale DNA van een gemengde culture vermenigvuldigt wordt met PCR. Deze fragmenten worden geligeerd in een vector. De vectoren worden tenslotte gemengd met competente cellen van E. coli (competent wil in dit geval zeggen dat de celwand gedeeltelijk beschadigd is, zodat het vreemde DNA de cel makkelijker binnen kan komen). Na afloop van het recombinatieproces bevat elke E. coli cel een stukje DNA van ťťn van de vele soorten in de oorspronkelijke gemeenschap. Door de bacteriŽn te screenen met een aantal criteria, kan achterhaald worden welke bacterie wat bevat en bijvoorbeeld hoe de dominantie verhoudingen liggen binnen een bepaalde gemeenschap. Ook is het nu mogelijk de inserties te sequensen en d.m.v. een 'blast-search' in een database de soort- of familie naam te achterhalen. Een voorbeeld van een database met verschillende genoomsequenties beschikbaar, kun je bekijken door hier te klikken. Een paar details omtrent de kloneringstrategie worden uitgelegd in dit schema.

http://www.ftns.wau..../Technieken.htm

Als je met behulp van een fingerprint wil gaan kijken of het gevaarlijk is. Waar kan ik dan de primers vinden? Kan ik dan primers maken met behulp van sequenties die bekend zijn van gevaarlijke micro-organismen?
Aangezien we met een periode moleculaire detectie bezig zijn en in er verplicht een PCR of FISH uitgevoerd moet worden... me dit de oplossing die ik op dit moment nodig heb. Maar de andere dingen kan ik mooi in mijn verslag vermelden :). super bedankt

waar kan ik meer informatie vinden over een API en een VITIEK?

Veranderd door Marloes007, 19 januari 2008 - 13:47


#7

Pink Panther

    Pink Panther


  • >250 berichten
  • 516 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 19 januari 2008 - 16:21

Nouja, met behulp van een fingerprint kan je de identiteit van een cel te weten komen. In databanken staan vele genen, soms hele genomen van soorten beschreven. Wat je dan moet doen is bijvoorbeeld voor de salmonella bacterie gaan zoeken welke sequentie enkel en alleen in salmonella soorten voorkomt. Als je dan een staal neemt, dat lyseert, het DNA laat vrijkomen, in PCR steken, met die specifieke primers, dan bekom je ofwel geen product (er zit geen salmonelle in) of wel een PCR product (dus wel salmonella). Maar hier zijn natuurlijk vele beperkingen aan. Je moet al twee specifieke primers kunnen vinden (forward en reverse primer) die moeten kunnen gemaakt worden (niet altijd mogelijk ivm stabiliteitseigenschappen) en die primers mogen maar 1 bindingsplaats hebben op het hele genoom. Dus je ziet, ongelooflijk veel beperkingen (ik heb ze waarschijnlijk nog niet eens allemaal opgenoemd).

Ik denk niet dat het mogelijk of nuttig is om bijvoorbeeld te zoeken naar een ziekmakend gen, zonder te weten welke soort het is. Dus je kan maar iets zeggen over het gevaar, als je weet welke soort bacterie je hebt.

#8

stijn van eenoo

    stijn van eenoo


  • 0 - 25 berichten
  • 6 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 19 januari 2008 - 17:36

Je kan ook de verschillende Elisa tests toepassen, maar ik weet niet juist in hoeverre deze informatie geven over de bacterie

#9

Marloes007

    Marloes007


  • 0 - 25 berichten
  • 5 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 19 januari 2008 - 19:13

Nouja, met behulp van een fingerprint kan je de identiteit van een cel te weten komen. In databanken staan vele genen, soms hele genomen van soorten beschreven. Wat je dan moet doen is bijvoorbeeld voor de salmonella bacterie gaan zoeken welke sequentie enkel en alleen in salmonella soorten voorkomt. Als je dan een staal neemt, dat lyseert, het DNA laat vrijkomen, in PCR steken, met die specifieke primers, dan bekom je ofwel geen product (er zit geen salmonelle in) of wel een PCR product (dus wel salmonella). Maar hier zijn natuurlijk vele beperkingen aan. Je moet al twee specifieke primers kunnen vinden (forward en reverse primer) die moeten kunnen gemaakt worden (niet altijd mogelijk ivm stabiliteitseigenschappen) en die primers mogen maar 1 bindingsplaats hebben op het hele genoom. Dus je ziet, ongelooflijk veel beperkingen (ik heb ze waarschijnlijk nog niet eens allemaal opgenoemd).

Ik denk niet dat het mogelijk of nuttig is om bijvoorbeeld te zoeken naar een ziekmakend gen, zonder te weten welke soort het is. Dus je kan maar iets zeggen over het gevaar, als je weet welke soort bacterie je hebt.

Super bedankt voor de reactie.

dus als ik het goed begrijp moeten er eerst een aantal dingen gebeuren zoals gramkleuring sporenkleuring etc. en als je dan meer informatie hebt kun je een vingerprint maken met de bacterien die er dan nog mogelijk in zitten?

#10

Pink Panther

    Pink Panther


  • >250 berichten
  • 516 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 19 januari 2008 - 22:26

Kijk,
Als ik een onbekend staal voor mijn neus zou krijgen, zou ik het eerst en vooral opkweken op een gewone algemene microbiŽle bodem. Zo kan krijg je visueel te zien hoeveel bacteriŽn in de oplossing zitten (aan de hand van de gevormde kolonies) en dikwijls kan je aan de vorm of kleur ook zien hoeveel soorten er zijn (maar niet elke soort geeft een verschillende kolonie, dus zou ik er niet vanuit gaan, maar het geeft al enige aanwijzing). Die kolonies zou ik dan apart resuspenderen in een algemene groeibouillon, en identificeren door middel van microscopisch onderzoek, gramkleuring, sporenkleuring ... En zo proberen te achterhalen welke soorten je hebt.

Eventueel kan je dan als verificatie een DNA test doen, maar dat zou ik enkel doen als je echt niet voldoende info haalt uit bovenstaande testen.

als je echter zeer snel te weten moet komen welke 'beesten' er allemaal inzitten kan je meteen een DNA-onderzoek doen. Je kan evenwel niet van een DNAfingerprint spreken. Want in het normale geval zie je maar ťťn bandje (dat van belang is).
je lyseert alle cellen, zondert het DNA af, voegt de specifieke primers toe waar ik het al over had, om ťťn enkele (let op de nadruk) soort te kunnen identificeren. je voert een PCR uit en zet het product op een gel. Als die soort die je onderzocht erin zat, dan zie je twee bandjes: eentje van klein DNA, van je PCR-product, en een van groot DNA, wat al de rest van DNA vertegenwoordigd van de andere soorten bacteriŽn die erin zaten, maar niet overeen komen met jouw gezocht soort. Anders zie je maar ťťn band, die van de andere bacteriŽn.
Je kan dit natuurlijk doen voor 20 bacteriesoorten tegelijk, een PCR machine kan makkelijk enkele stalen tegelijk behandelen. Dus heb je een zeer snelle verificatiemethode. Maar misschien wel iets kostelijker dan de eerste. En het vraagt een hele hoop giswerk als je geen flauw idee hebt welke soort erin zit. Je kan makkelijk 20 soorten gevaarlijke bacteriŽn vinden en er een PCR voor doen, als er dan net die 21ste gevaarlijke soort in zit, was al je werk voor niets.
Het hangt er een beetje vanaf hoeveel tijd je hebt en over welke middelen je beschikt. Die zullen hoofdzakelijk je keuze bepalen.

#11

*_gast_Gerard_*

  • Gast

Geplaatst op 19 januari 2008 - 23:25

Een virtueel bacterie indentificatie laboratorium
http://www.hhmi.org/...l_id/index.html

Veranderd door Gerard, 19 januari 2008 - 23:26


#12

Marloes007

    Marloes007


  • 0 - 25 berichten
  • 5 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 20 januari 2008 - 13:30

super bedankt met jullie informatie.
Ik kom nu weer verder.
Ik had nog 1 vraagje, naar welke micro organisme kan ik het beste gaan zoeken? :oops:





0 gebruiker(s) lezen dit onderwerp

0 leden, 0 bezoekers, 0 anonieme gebruikers

Ook adverteren op onze website? Lees hier meer!

Gesponsorde vacatures

Vacatures