Hoe kun je van een onbekende suspensie van bacterien zien of ze gevaarlijk voor de gezondheid van de mens zijn? En hoe kan ik meer eigenschappen van de bacterie te weten komen m.b.v. het DNA van de bacterie?
alvast bedankt voor de reactie
Laatste berichten
-
22:08
wig 11
-
21:37
speciale rel. theorie 12
-
21:22
[scheikunde] vraag Chemie - wat is de oplossing? 11
-
20:14
Aardlek-schakelaar 2
-
15:56
Programmeren met vectoren 6
-
14:53
Straatklok loopt 5 minuten voor 12
-
25 apr
Gravity and gravitation 4
-
25 apr
Bruine vlekken op treinaanwijzerbord 10
-
25 apr
Vogels in de stad zijn goede klussers 2
-
25 apr
Rood laserlicht 3
-
25 apr
Herleiden afmetingen vanaf een foto 21
-
25 apr
[wiskunde] Prijs Product per KG; Alternatief Inzicht 3
-
25 apr
do-re-mi-fa-so vliegtuigen 9
-
25 apr
geen minkowski-ruimte toch? Doe ik dit nou fout? 17
-
25 apr
[natuurkunde] kroon van koning op Syracuse 10
-
25 apr
2013 – Augustus Vraag 3 3
-
24 apr
Vraag 2009 Juli Vraag 5 5
-
24 apr
positie 2
-
24 apr
Schroefdraad berekening 8
-
24 apr
[scheikunde] Kan chloorgas de geleiding van elektriciteit belemmeren? 9
Nieuwsberichten
-
04 mar
Een nieuw soort magnetisme: altermagnetisme
-
31 okt
AI kan via stem diabetes vaststellen 11
-
21 okt
Einstein krijgt wéér gelijk 45
-
07 feb
witter dan wit 20
-
19 jun
irrigatie en de aardas
Onbekende bacterie suspensie
Moderator: ArcherBarry
-
- Berichten: 6.853
Re: Onbekende bacterie suspensie
Hoi, Welkom op chemieforum.
De opgave is niet echt duidelijk voor mij! Hoe kun je zien of ze gevaarlijk zijn voor mensen? De enige echte goede methode daarvoor is: opdrinken. Maar er zal waarschijnlijk worden bedoeld dat je ze onder de microscoop moet bekijken.
En welke andere eigenschappen moet je dan uit dat DNA halen? In principe zijn ALLE eigenschappen van een bacterie uit zijn DNA te halen!
De opgave is niet echt duidelijk voor mij! Hoe kun je zien of ze gevaarlijk zijn voor mensen? De enige echte goede methode daarvoor is: opdrinken. Maar er zal waarschijnlijk worden bedoeld dat je ze onder de microscoop moet bekijken.
En welke andere eigenschappen moet je dan uit dat DNA halen? In principe zijn ALLE eigenschappen van een bacterie uit zijn DNA te halen!
-
- Berichten: 5
Re: Onbekende bacterie suspensie
ik zal de opdracht zo als wij die gekregen hebben even hier neerzetten:
Casus 12 Forensische casus.
Probleembeschrijving:
Biologische oorlogsvoering is volgens de Geneefse Conventie verboden. Gedu-rende de koude oorlog zijn zowel de Oostbloklanden als de westerse overheden uitgebreid bezig geweest met onderzoek naar micro-organismen die grote hoe-veelheden slachtoffers kunnen maken onder de bevolking. Na de val van de Sovjet unie is er mogelijk veel kennis - die vergaard was door Sovjet wetenschappers - in de verkeerde handen gevallen. De voor bioterrorisme gebruikte micro-organismen zijn vaak relatief simpel en goedkoop te maken.
Een verdachte suspensie wordt gevonden in het huis van iemand die verdacht wordt van banden met een terroristische organisatie, mogelijk is er sprake van een gevaarlijk micro-organisme wat gebruikt kan worden voor bio-terrorisme.
Vraag:
Bepaal of er hier sprake is van een gevaarlijk micro-organisme. Is het mogelijk een uitspraak te doen over de herkomst van het organisme?
Mogelijke oplossing:
Nadat vastgesteld is dat het om een micro-organisme gaat kan met moleculaire technieken een genetische fingerprint van micro-organismen gemaakt worden die gelinkt kan worden aan een specifiek geologisch gebied. Wellicht is hiermee een plaats van herkomst te bepalen.
Ik ben al 3 dagen bezig geweest op internet te kijken hoe ik het meot doen.. maar kan er maar niet uitkomen.. wacht op hulp. ben al blij met een reactie
Casus 12 Forensische casus.
Probleembeschrijving:
Biologische oorlogsvoering is volgens de Geneefse Conventie verboden. Gedu-rende de koude oorlog zijn zowel de Oostbloklanden als de westerse overheden uitgebreid bezig geweest met onderzoek naar micro-organismen die grote hoe-veelheden slachtoffers kunnen maken onder de bevolking. Na de val van de Sovjet unie is er mogelijk veel kennis - die vergaard was door Sovjet wetenschappers - in de verkeerde handen gevallen. De voor bioterrorisme gebruikte micro-organismen zijn vaak relatief simpel en goedkoop te maken.
Een verdachte suspensie wordt gevonden in het huis van iemand die verdacht wordt van banden met een terroristische organisatie, mogelijk is er sprake van een gevaarlijk micro-organisme wat gebruikt kan worden voor bio-terrorisme.
Vraag:
Bepaal of er hier sprake is van een gevaarlijk micro-organisme. Is het mogelijk een uitspraak te doen over de herkomst van het organisme?
Mogelijke oplossing:
Nadat vastgesteld is dat het om een micro-organisme gaat kan met moleculaire technieken een genetische fingerprint van micro-organismen gemaakt worden die gelinkt kan worden aan een specifiek geologisch gebied. Wellicht is hiermee een plaats van herkomst te bepalen.
Ik ben al 3 dagen bezig geweest op internet te kijken hoe ik het meot doen.. maar kan er maar niet uitkomen.. wacht op hulp. ben al blij met een reactie
-
- Berichten: 516
Re: Onbekende bacterie suspensie
Nou oom te zien of ze gevaarlijk zijn voor de mens lijkt me er maar één oplossing te zijn: de bacteriën te identificeren. Dat vraagt natuurlijk een hele hoop werk en tijd om die bacteriën op te kweken, verschillende tests te doen enzo, zeker als je écht geen flauw idee hebt welke erin kunnen zitten. En dan ook nog in de veronderstelling dat ze niet genetisch gemanipuleerd zijn natuurlijk.
Met een DNAsample gaat dat ook, probleem zou zijn als er meerdere bacteriën in het sample zitten, dan kan je niet zomaar de DNA fingerprint gaan maken, want dan maak je die van een hele boel verschillende soorten, en daar valt niets meer uit af te leiden. Wat je in dit geval wel kunt doen is soortspecifieke primers gebruiken in een PCR. Als je tot een reactieproduct komt, weet je meteen ook welke soort het is, en of ze al dan niet gevaarlijk zijn. Hiervoor moet je geen hele opkweek doen, maar het zal je ook wel helpen om eerst enkele kleine tests te doen (morfologisch onderzoek, Gramkleuring, sporenkleuring ...) dan heb je al een idee in welke richting je moet zoeken.
Ik zou niet meteen durven zeggen dat de DNA-fingerprint ook meteen een herkomstaanwijzing geeft. Het zou kunnen natuurlijk, maar in de zwarte circuits is het natuurlijk helemaal niet ondenkbaar dat ze in hun spullen vanuit andere landen halen... Maar misschien is dat wat te ver gezocht van me.
Ik moet ook zeggen, ik ben helemaal geen expert, maar dit denk ik er gewoon over...
Met een DNAsample gaat dat ook, probleem zou zijn als er meerdere bacteriën in het sample zitten, dan kan je niet zomaar de DNA fingerprint gaan maken, want dan maak je die van een hele boel verschillende soorten, en daar valt niets meer uit af te leiden. Wat je in dit geval wel kunt doen is soortspecifieke primers gebruiken in een PCR. Als je tot een reactieproduct komt, weet je meteen ook welke soort het is, en of ze al dan niet gevaarlijk zijn. Hiervoor moet je geen hele opkweek doen, maar het zal je ook wel helpen om eerst enkele kleine tests te doen (morfologisch onderzoek, Gramkleuring, sporenkleuring ...) dan heb je al een idee in welke richting je moet zoeken.
Ik zou niet meteen durven zeggen dat de DNA-fingerprint ook meteen een herkomstaanwijzing geeft. Het zou kunnen natuurlijk, maar in de zwarte circuits is het natuurlijk helemaal niet ondenkbaar dat ze in hun spullen vanuit andere landen halen... Maar misschien is dat wat te ver gezocht van me.
Ik moet ook zeggen, ik ben helemaal geen expert, maar dit denk ik er gewoon over...
-
- Berichten: 6.314
Re: Onbekende bacterie suspensie
Ik zou eerst maar eens (inderdaad Pink Panther) een conventionele identificatie doen met bijvoorbeeld een VITEK en API (over een tijdje kun je ook Raman gebruiken als je het wat sneller wilt 
). Als er dan sprake is van een bijvoorbeeld 'normale' E. coli hoef je je niet te druk te maken.
Als je dan de soort weet kun je verder analyseren, bijvoorbeeld gevoeligheidstests enzovoorts.
Om maar direct, whoop, DNA te gaan analyseren lijkt me overkill.
). Als er dan sprake is van een bijvoorbeeld 'normale' E. coli hoef je je niet te druk te maken.Als je dan de soort weet kun je verder analyseren, bijvoorbeeld gevoeligheidstests enzovoorts.
Om maar direct, whoop, DNA te gaan analyseren lijkt me overkill.
You can't possibly be a scientist if you mind people thinking that you're a fool. (Douglas Adams)
-
- Berichten: 5
Re: Onbekende bacterie suspensie
Super bedankt voor jullie reactie =].
Ik had ook wat gelezen over het kloneren in E.coli dat je dan ook de afstamming van een bacterie soort kan bekijken. Alleen weet ik niet of deze informatie wel juist is. ik zal het even hier neerzetten..
Als je met behulp van een fingerprint wil gaan kijken of het gevaarlijk is. Waar kan ik dan de primers vinden? Kan ik dan primers maken met behulp van sequenties die bekend zijn van gevaarlijke micro-organismen?
Aangezien we met een periode moleculaire detectie bezig zijn en in er verplicht een PCR of FISH uitgevoerd moet worden... me dit de oplossing die ik op dit moment nodig heb. Maar de andere dingen kan ik mooi in mijn verslag vermelden. super bedankt
waar kan ik meer informatie vinden over een API en een VITIEK?
Ik had ook wat gelezen over het kloneren in E.coli dat je dan ook de afstamming van een bacterie soort kan bekijken. Alleen weet ik niet of deze informatie wel juist is. ik zal het even hier neerzetten..
http://www.ftns.wau.nl/micr/milieumicrobio.../Technieken.htmKlonering in E. coli - generatie van een ribosomale DNA bank
Alhoewel DGGE een mooie en snelle manier is om te zien hoeveel verschillende soorten er in een monster zitten en met name verschillen in tijd of condities te bestuderen, geeft het weinig informatie over de individuele soorten. Het is natuurlijk een poging waard te proberen een aantal van deze specifieke soorten te isoleren en zo in reincultuur te karakteriseren, maar aangezien dit vaak met grote problemen gepaard gaat, is het ook aan te bevelen te werken met andere moleculaire technieken. Het principe van klonering is dat het totale ribosomale DNA van een gemengde culture vermenigvuldigt wordt met PCR. Deze fragmenten worden geligeerd in een vector. De vectoren worden tenslotte gemengd met competente cellen van E. coli (competent wil in dit geval zeggen dat de celwand gedeeltelijk beschadigd is, zodat het vreemde DNA de cel makkelijker binnen kan komen). Na afloop van het recombinatieproces bevat elke E. coli cel een stukje DNA van één van de vele soorten in de oorspronkelijke gemeenschap. Door de bacteriën te screenen met een aantal criteria, kan achterhaald worden welke bacterie wat bevat en bijvoorbeeld hoe de dominantie verhoudingen liggen binnen een bepaalde gemeenschap. Ook is het nu mogelijk de inserties te sequensen en d.m.v. een 'blast-search' in een database de soort- of familie naam te achterhalen. Een voorbeeld van een database met verschillende genoomsequenties beschikbaar, kun je bekijken door hier te klikken. Een paar details omtrent de kloneringstrategie worden uitgelegd in dit schema.
Als je met behulp van een fingerprint wil gaan kijken of het gevaarlijk is. Waar kan ik dan de primers vinden? Kan ik dan primers maken met behulp van sequenties die bekend zijn van gevaarlijke micro-organismen?
Aangezien we met een periode moleculaire detectie bezig zijn en in er verplicht een PCR of FISH uitgevoerd moet worden... me dit de oplossing die ik op dit moment nodig heb. Maar de andere dingen kan ik mooi in mijn verslag vermelden
. super bedanktwaar kan ik meer informatie vinden over een API en een VITIEK?
-
- Berichten: 516
Re: Onbekende bacterie suspensie
Nouja, met behulp van een fingerprint kan je de identiteit van een cel te weten komen. In databanken staan vele genen, soms hele genomen van soorten beschreven. Wat je dan moet doen is bijvoorbeeld voor de salmonella bacterie gaan zoeken welke sequentie enkel en alleen in salmonella soorten voorkomt. Als je dan een staal neemt, dat lyseert, het DNA laat vrijkomen, in PCR steken, met die specifieke primers, dan bekom je ofwel geen product (er zit geen salmonelle in) of wel een PCR product (dus wel salmonella). Maar hier zijn natuurlijk vele beperkingen aan. Je moet al twee specifieke primers kunnen vinden (forward en reverse primer) die moeten kunnen gemaakt worden (niet altijd mogelijk ivm stabiliteitseigenschappen) en die primers mogen maar 1 bindingsplaats hebben op het hele genoom. Dus je ziet, ongelooflijk veel beperkingen (ik heb ze waarschijnlijk nog niet eens allemaal opgenoemd).
Ik denk niet dat het mogelijk of nuttig is om bijvoorbeeld te zoeken naar een ziekmakend gen, zonder te weten welke soort het is. Dus je kan maar iets zeggen over het gevaar, als je weet welke soort bacterie je hebt.
Ik denk niet dat het mogelijk of nuttig is om bijvoorbeeld te zoeken naar een ziekmakend gen, zonder te weten welke soort het is. Dus je kan maar iets zeggen over het gevaar, als je weet welke soort bacterie je hebt.
-
- Berichten: 6
Re: Onbekende bacterie suspensie
Je kan ook de verschillende Elisa tests toepassen, maar ik weet niet juist in hoeverre deze informatie geven over de bacterie
-
- Berichten: 5
Re: Onbekende bacterie suspensie
Super bedankt voor de reactie.Pink Panther schreef: Nouja, met behulp van een fingerprint kan je de identiteit van een cel te weten komen. In databanken staan vele genen, soms hele genomen van soorten beschreven. Wat je dan moet doen is bijvoorbeeld voor de salmonella bacterie gaan zoeken welke sequentie enkel en alleen in salmonella soorten voorkomt. Als je dan een staal neemt, dat lyseert, het DNA laat vrijkomen, in PCR steken, met die specifieke primers, dan bekom je ofwel geen product (er zit geen salmonelle in) of wel een PCR product (dus wel salmonella). Maar hier zijn natuurlijk vele beperkingen aan. Je moet al twee specifieke primers kunnen vinden (forward en reverse primer) die moeten kunnen gemaakt worden (niet altijd mogelijk ivm stabiliteitseigenschappen) en die primers mogen maar 1 bindingsplaats hebben op het hele genoom. Dus je ziet, ongelooflijk veel beperkingen (ik heb ze waarschijnlijk nog niet eens allemaal opgenoemd).
Ik denk niet dat het mogelijk of nuttig is om bijvoorbeeld te zoeken naar een ziekmakend gen, zonder te weten welke soort het is. Dus je kan maar iets zeggen over het gevaar, als je weet welke soort bacterie je hebt.
dus als ik het goed begrijp moeten er eerst een aantal dingen gebeuren zoals gramkleuring sporenkleuring etc. en als je dan meer informatie hebt kun je een vingerprint maken met de bacterien die er dan nog mogelijk in zitten?
-
- Berichten: 516
Re: Onbekende bacterie suspensie
Kijk,
Als ik een onbekend staal voor mijn neus zou krijgen, zou ik het eerst en vooral opkweken op een gewone algemene microbiële bodem. Zo kan krijg je visueel te zien hoeveel bacteriën in de oplossing zitten (aan de hand van de gevormde kolonies) en dikwijls kan je aan de vorm of kleur ook zien hoeveel soorten er zijn (maar niet elke soort geeft een verschillende kolonie, dus zou ik er niet vanuit gaan, maar het geeft al enige aanwijzing). Die kolonies zou ik dan apart resuspenderen in een algemene groeibouillon, en identificeren door middel van microscopisch onderzoek, gramkleuring, sporenkleuring ... En zo proberen te achterhalen welke soorten je hebt.
Eventueel kan je dan als verificatie een DNA test doen, maar dat zou ik enkel doen als je echt niet voldoende info haalt uit bovenstaande testen.
als je echter zeer snel te weten moet komen welke 'beesten' er allemaal inzitten kan je meteen een DNA-onderzoek doen. Je kan evenwel niet van een DNAfingerprint spreken. Want in het normale geval zie je maar één bandje (dat van belang is).
je lyseert alle cellen, zondert het DNA af, voegt de specifieke primers toe waar ik het al over had, om één enkele (let op de nadruk) soort te kunnen identificeren. je voert een PCR uit en zet het product op een gel. Als die soort die je onderzocht erin zat, dan zie je twee bandjes: eentje van klein DNA, van je PCR-product, en een van groot DNA, wat al de rest van DNA vertegenwoordigd van de andere soorten bacteriën die erin zaten, maar niet overeen komen met jouw gezocht soort. Anders zie je maar één band, die van de andere bacteriën.
Je kan dit natuurlijk doen voor 20 bacteriesoorten tegelijk, een PCR machine kan makkelijk enkele stalen tegelijk behandelen. Dus heb je een zeer snelle verificatiemethode. Maar misschien wel iets kostelijker dan de eerste. En het vraagt een hele hoop giswerk als je geen flauw idee hebt welke soort erin zit. Je kan makkelijk 20 soorten gevaarlijke bacteriën vinden en er een PCR voor doen, als er dan net die 21ste gevaarlijke soort in zit, was al je werk voor niets.
Het hangt er een beetje vanaf hoeveel tijd je hebt en over welke middelen je beschikt. Die zullen hoofdzakelijk je keuze bepalen.
Als ik een onbekend staal voor mijn neus zou krijgen, zou ik het eerst en vooral opkweken op een gewone algemene microbiële bodem. Zo kan krijg je visueel te zien hoeveel bacteriën in de oplossing zitten (aan de hand van de gevormde kolonies) en dikwijls kan je aan de vorm of kleur ook zien hoeveel soorten er zijn (maar niet elke soort geeft een verschillende kolonie, dus zou ik er niet vanuit gaan, maar het geeft al enige aanwijzing). Die kolonies zou ik dan apart resuspenderen in een algemene groeibouillon, en identificeren door middel van microscopisch onderzoek, gramkleuring, sporenkleuring ... En zo proberen te achterhalen welke soorten je hebt.
Eventueel kan je dan als verificatie een DNA test doen, maar dat zou ik enkel doen als je echt niet voldoende info haalt uit bovenstaande testen.
als je echter zeer snel te weten moet komen welke 'beesten' er allemaal inzitten kan je meteen een DNA-onderzoek doen. Je kan evenwel niet van een DNAfingerprint spreken. Want in het normale geval zie je maar één bandje (dat van belang is).
je lyseert alle cellen, zondert het DNA af, voegt de specifieke primers toe waar ik het al over had, om één enkele (let op de nadruk) soort te kunnen identificeren. je voert een PCR uit en zet het product op een gel. Als die soort die je onderzocht erin zat, dan zie je twee bandjes: eentje van klein DNA, van je PCR-product, en een van groot DNA, wat al de rest van DNA vertegenwoordigd van de andere soorten bacteriën die erin zaten, maar niet overeen komen met jouw gezocht soort. Anders zie je maar één band, die van de andere bacteriën.
Je kan dit natuurlijk doen voor 20 bacteriesoorten tegelijk, een PCR machine kan makkelijk enkele stalen tegelijk behandelen. Dus heb je een zeer snelle verificatiemethode. Maar misschien wel iets kostelijker dan de eerste. En het vraagt een hele hoop giswerk als je geen flauw idee hebt welke soort erin zit. Je kan makkelijk 20 soorten gevaarlijke bacteriën vinden en er een PCR voor doen, als er dan net die 21ste gevaarlijke soort in zit, was al je werk voor niets.
Het hangt er een beetje vanaf hoeveel tijd je hebt en over welke middelen je beschikt. Die zullen hoofdzakelijk je keuze bepalen.
Re: Onbekende bacterie suspensie
Een virtueel bacterie indentificatie laboratorium
http://www.hhmi.org/biointeractive/vlabs/b...l_id/index.html
http://www.hhmi.org/biointeractive/vlabs/b...l_id/index.html
-
- Berichten: 5
Re: Onbekende bacterie suspensie
super bedankt met jullie informatie.
Ik kom nu weer verder.
Ik had nog 1 vraagje, naar welke micro organisme kan ik het beste gaan zoeken?
Ik kom nu weer verder.
Ik had nog 1 vraagje, naar welke micro organisme kan ik het beste gaan zoeken?
