Springen naar inhoud

nested primer


  • Log in om te kunnen reageren

#1

ccc

    ccc


  • >100 berichten
  • 211 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 20 februari 2008 - 21:16

Ey,

Kan iemand uitleggen wat een nested primer doet? Ik begrijp die inwendige en uitwendige primers niet.

Alvast bedankt

G's

YM

Dit forum kan gratis blijven vanwege banners als deze. Door te registeren zal de onderstaande banner overigens verdwijnen.

#2

hzeil

    hzeil


  • >1k berichten
  • 1379 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 20 februari 2008 - 21:45

Over welke toepassing gaat het? Het woord primer dat ik ken is de eerste, beschermende verflaag op een metaal. Maar ik sluit niet uit dat dit woord meerdere betekenissen kan hebben.
Uitleggen is beter dan verwijzen naar een website

#3

Pink Panther

    Pink Panther


  • >250 berichten
  • 516 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 20 februari 2008 - 22:01

Jah, hoe leg je dat makkelijk uit... : Een poging

Je kent een gewone PCR he? Daar amplificeert men DNA door gebruik te maken van twee primers. Nu een nested PCR is net hetzelfde, maar maakt men gebruik van 4 primers. Twee van die primers doen net hetzelfde als een gewone PCR, ze amplificeren een specifiek stuk DNA. De twee andere primers liggen ergens binnen in deze geamplificeerde sequentie.
Hier heb ik zo een beetje proberen tekenen hoe de twee primerkoppels liggen ten opzichte van elkaar (A, zijn de eerste primers of de uitwendige primers, B stelt de inwendige primers voor.)

          A ->                       B->
------------------------------------------------------------------------------------------------
                                                            <-B                    <-A

Wat gebeurt er nu? Tijdens de PCR zal zowel A binden op de matrijsstreng en een lang product vormen, waarna intern B bindt en een korte streng zal aanmaken. Je bekomt dus een zeer snelle vermenigvuldiging van de korte strengen B.

Ongeveer begrepen?

een nested primer set wordt bijvoorbeeld veel gebruikt bij het aantonen dat er een stuk DNA in een bepaald mengsel aanwezig is.

EDIT: een link met een goede illustratie: openen en even naar beneden scrollen!

Veranderd door Pink Panther, 20 februari 2008 - 22:08


#4

linolium

    linolium


  • >250 berichten
  • 292 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 21 februari 2008 - 13:30

Volgens hoe ik de techniek begrijp worden de buitenste primers ter controle gebruikt. Ze zorgen voor een extra bevestiging dat de inwendige primers gebonden zijn en de streng waaraan ze gebonden zijn, geamplificeerd is.
Als er iets mis is met de inwedinge primers zal er geen amplificatie van de gewenste streng zijn vandaar dat de uitwendige primers gebruikt worden ter controle.

Veranderd door linolium, 21 februari 2008 - 13:32


#5

Roy van Heesbeen

    Roy van Heesbeen


  • >250 berichten
  • 740 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 21 februari 2008 - 16:57

Een nested PCR is om moeilijke stukken beter te amplificeren.
Je gebruikt in PCR 1 de buitenste primers zodat je je DNA amplificeerd, hierna doe je PCR 2 met primers die binden op het product van PCR 1 (zie plaatje). Hierdoor wordt je amplificatie veel effectiever en is je opbrengst stukken hoger.
Vaak wordt dit gebruikt bij PCR's op genomisch DNA.

#6

Pink Panther

    Pink Panther


  • >250 berichten
  • 516 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 21 februari 2008 - 21:28

Volgens hoe ik de techniek begrijp worden de buitenste primers ter controle gebruikt.


Het is net omgekeerd. In een eerste PCR gebruik je enkel de buitenste primers. er wordt dus een bepaald fragment geamplificeerd. Maar het kan zijn dat de gebruikte primers nog een secundaire bindingsplaats hebben, ergens verderop de matrijs gelegen. Dan zou je je PCR 'vervuilen' met secundaire stukken DNA die je niet wou.
In de tweede PCR gebruik je de nested primers. Je weet dat deze nested primers voorkomen in de gewenste streng. De kans dat die nested primers nu ook nog voorkomen op de secundaire (vervuilende) streng, is zeer klein.
Snap je? Het is nogal moeilijk uit te leggen zo via een forum, maar ik doe mijn best.

#7

linolium

    linolium


  • >250 berichten
  • 292 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 22 februari 2008 - 08:13

ja idd pink panther je hebt gelijk, ik heb deze methode waarschijnlijk verward met een andere





0 gebruiker(s) lezen dit onderwerp

0 leden, 0 bezoekers, 0 anonieme gebruikers

Ook adverteren op onze website? Lees hier meer!

Gesponsorde vacatures

Vacatures