Springen naar inhoud

microarray, waar vind ik die?


  • Log in om te kunnen reageren

#1

mochila

    mochila


  • >100 berichten
  • 166 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 23 maart 2008 - 17:01

Dag iedereen,

Ik moet zelf een wetenschappelijk onderzoek op poten zetten. Welliswaar gewoon op papier.
In mijn 'uitgevonden' onderzoek zou ik een microarray analyse willen uitvoeren van de genen die tot expressie komen in de lever, meer bepaald te Huh7 cellijn. Daarna zou ik deze cellijn willen transfecteren met welbepaalde microRNA's. Vervolgens zou ik dan het effect willen zien van die microRNA's op de up of downregulatie van verschillende genen.
Nu vraag ik mij af, waar zou je zo een microarray van Huh7 cellen kunnen vinden? Zou je dat kunnen aankopen? Of kan je dit zelf maken?

bedankt
“Twenty years from now you will be more disappointed by the things that you didn't do than by the ones you did do. So throw off the bowlines. Sail away from the safe harbor. Catch the trade winds in your sails. Explore. Dream. Discover.”

Dit forum kan gratis blijven vanwege banners als deze. Door te registeren zal de onderstaande banner overigens verdwijnen.

#2

Roy van Heesbeen

    Roy van Heesbeen


  • >250 berichten
  • 740 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 23 maart 2008 - 22:17

Leuk onderzoek, maar in de praktijk niet bepaald makkelijk om uit te voeren. De transfectie van cellen, het kloneren van microRNA's en het isoleren van RNA is zeker haalbaar, maar het maken van een array daarentegen niet. Ik weet niet waar je data voor hele cellijnen kan vinden, maar op ncbi zullen ongetwijfeld wel papers staan met links.
Heb je de beschikbaarheid over de apparatuur die je hiervoor nodig hebt?
Want voordat je plannen op papier gaat zetten, zal ik dat even nakijken, aangezien de arrays en chips niet bepaald goedkoop zijn.

#3

mochila

    mochila


  • >100 berichten
  • 166 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 24 maart 2008 - 09:40

Leuk onderzoek, maar in de praktijk niet bepaald makkelijk om uit te voeren. De transfectie van cellen, het kloneren van microRNA's en het isoleren van RNA is zeker haalbaar, maar het maken van een array daarentegen niet. Ik weet niet waar je data voor hele cellijnen kan vinden, maar op ncbi zullen ongetwijfeld wel papers staan met links.
Heb je de beschikbaarheid over de apparatuur die je hiervoor nodig hebt?
Want voordat je plannen op papier gaat zetten, zal ik dat even nakijken, aangezien de arrays en chips niet bepaald goedkoop zijn.

Dit is een opdracht die ik moet doen voor school. Dus ik heb helemaal geen apparatuur. Het is puur hypothetisch.
Ik wil het effect na gaan van verschillende miRNA's op de genexpressie. En ik dacht mss kan ik dat doen via microarrays.
Aangezien dit redelijk duur is, had ik mss gedacht om eerst in databanken die miRNA's in te geven en dan op zoek te gaan wat de mogelijke targets zijn van die miRNA's.
Stel ik vind 1 bepaald target mRNA. Hoe kan ik dan aantonen in een cel dat dit miRNA specifiek zorgt voor de afbraak van dat mRNA zonder een microarray te gebruiken??
“Twenty years from now you will be more disappointed by the things that you didn't do than by the ones you did do. So throw off the bowlines. Sail away from the safe harbor. Catch the trade winds in your sails. Explore. Dream. Discover.”

#4

Roy van Heesbeen

    Roy van Heesbeen


  • >250 berichten
  • 740 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 24 maart 2008 - 10:44

Ok, dit verklaard een hoop. Van bekende microRNA targets kan je gemakkelijk de knockdown meten met Q-PCR.

#5

mochila

    mochila


  • >100 berichten
  • 166 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 24 maart 2008 - 13:21

Dus je zou voorstellen om dan in een databank te gaan zoeken en dan specifiek via Q pcr gaan kijken of dat gen wel degelijk wordt downgereguleerd. Maar zou het dan niet kunnen zijn dat je niet alle targets vind met bioinformatica?
Is de enigste mogelijkheid dan een microarray? Of ken jij ook nog andere methoden?
“Twenty years from now you will be more disappointed by the things that you didn't do than by the ones you did do. So throw off the bowlines. Sail away from the safe harbor. Catch the trade winds in your sails. Explore. Dream. Discover.”

#6

Roy van Heesbeen

    Roy van Heesbeen


  • >250 berichten
  • 740 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 24 maart 2008 - 17:43

Targets vinden kun je doen met bioinformatica methoden (profiling analyse), die voor zover ik weet erg betrouwbaar zijn, aangezien ze alle splicing mechanismen natrekken. Bij ons in het intituut hebben ze goede software om hierna te zoeken. Hoe dit in de praktijk precies in zijn werk gaat weet ik niet, ik ben niet goed thuis in de software.

Andere methoden om targets te zoeken is via morpholino's. Hiermee kan je de miRNA's mee blokkeren.





0 gebruiker(s) lezen dit onderwerp

0 leden, 0 bezoekers, 0 anonieme gebruikers

Ook adverteren op onze website? Lees hier meer!

Gesponsorde vacatures

Vacatures