Dag iedereen,
Ik moet zelf een wetenschappelijk onderzoek op poten zetten. Welliswaar gewoon op papier.
In mijn 'uitgevonden' onderzoek zou ik een microarray analyse willen uitvoeren van de genen die tot expressie komen in de lever, meer bepaald te Huh7 cellijn. Daarna zou ik deze cellijn willen transfecteren met welbepaalde microRNA's. Vervolgens zou ik dan het effect willen zien van die microRNA's op de up of downregulatie van verschillende genen.
Nu vraag ik mij af, waar zou je zo een microarray van Huh7 cellen kunnen vinden? Zou je dat kunnen aankopen? Of kan je dit zelf maken?
bedankt
Laatste berichten
-
15:53
positie
-
14:16
do-re-mi-fa-so vliegtuigen 7
-
14:16
Kunnen quantum Zonnecellen 190% quantum efficiënt zijn 3
-
13:57
De Euro Nederlandse 100 qubit computer komt eraan
-
11:32
[scheikunde] Kan chloorgas de geleiding van elektriciteit belemmeren? 6
-
11:31
geen minkowski-ruimte toch? Doe ik dit nou fout? 14
-
10:42
projectiel 8
-
10:37
Verschil tussen deze 2 vragen 5
-
09:48
Schroefdraad berekening 4
-
09:25
[scheikunde] berekeningen labo vitamine c bepaling 1
-
19:29
[wiskunde] rode en witte ballen verdelen 8
-
17:23
Rotatie van het heelal 41
-
22 apr
Weerfrustratie 5
-
22 apr
Muntje opgooien 14
-
21 apr
Reactiviteit silyl enol ethers 1
-
21 apr
Criterium voor vochtretentie
-
21 apr
speciale rel. theorie 5
-
21 apr
Vogels in de stad zijn goede klussers
-
21 apr
Ervaringen met "herontdekkingen" 15
-
20 apr
Herleiden afmetingen vanaf een foto 19
Nieuwsberichten
-
04 mar
Een nieuw soort magnetisme: altermagnetisme
-
31 okt
AI kan via stem diabetes vaststellen 11
-
21 okt
Einstein krijgt wéér gelijk 45
-
07 feb
witter dan wit 20
-
19 jun
irrigatie en de aardas
microarray, waar vind ik die?
Moderator: ArcherBarry
-
- Berichten: 167
microarray, waar vind ik die?
“Twenty years from now you will be more disappointed by the things that you didn't do than by the ones you did do. So throw off the bowlines. Sail away from the safe harbor. Catch the trade winds in your sails. Explore. Dream. Discover.”
-
- Berichten: 740
Re: microarray, waar vind ik die?
Leuk onderzoek, maar in de praktijk niet bepaald makkelijk om uit te voeren. De transfectie van cellen, het kloneren van microRNA's en het isoleren van RNA is zeker haalbaar, maar het maken van een array daarentegen niet. Ik weet niet waar je data voor hele cellijnen kan vinden, maar op ncbi zullen ongetwijfeld wel papers staan met links.
Heb je de beschikbaarheid over de apparatuur die je hiervoor nodig hebt?
Want voordat je plannen op papier gaat zetten, zal ik dat even nakijken, aangezien de arrays en chips niet bepaald goedkoop zijn.
Heb je de beschikbaarheid over de apparatuur die je hiervoor nodig hebt?
Want voordat je plannen op papier gaat zetten, zal ik dat even nakijken, aangezien de arrays en chips niet bepaald goedkoop zijn.
-
- Berichten: 167
Re: microarray, waar vind ik die?
Dit is een opdracht die ik moet doen voor school. Dus ik heb helemaal geen apparatuur. Het is puur hypothetisch.Roy van Heesbeen schreef: Leuk onderzoek, maar in de praktijk niet bepaald makkelijk om uit te voeren. De transfectie van cellen, het kloneren van microRNA's en het isoleren van RNA is zeker haalbaar, maar het maken van een array daarentegen niet. Ik weet niet waar je data voor hele cellijnen kan vinden, maar op ncbi zullen ongetwijfeld wel papers staan met links.
Heb je de beschikbaarheid over de apparatuur die je hiervoor nodig hebt?
Want voordat je plannen op papier gaat zetten, zal ik dat even nakijken, aangezien de arrays en chips niet bepaald goedkoop zijn.
Ik wil het effect na gaan van verschillende miRNA's op de genexpressie. En ik dacht mss kan ik dat doen via microarrays.
Aangezien dit redelijk duur is, had ik mss gedacht om eerst in databanken die miRNA's in te geven en dan op zoek te gaan wat de mogelijke targets zijn van die miRNA's.
Stel ik vind 1 bepaald target mRNA. Hoe kan ik dan aantonen in een cel dat dit miRNA specifiek zorgt voor de afbraak van dat mRNA zonder een microarray te gebruiken??
“Twenty years from now you will be more disappointed by the things that you didn't do than by the ones you did do. So throw off the bowlines. Sail away from the safe harbor. Catch the trade winds in your sails. Explore. Dream. Discover.”
-
- Berichten: 740
Re: microarray, waar vind ik die?
Ok, dit verklaard een hoop. Van bekende microRNA targets kan je gemakkelijk de knockdown meten met Q-PCR.
-
- Berichten: 167
Re: microarray, waar vind ik die?
Dus je zou voorstellen om dan in een databank te gaan zoeken en dan specifiek via Q pcr gaan kijken of dat gen wel degelijk wordt downgereguleerd. Maar zou het dan niet kunnen zijn dat je niet alle targets vind met bioinformatica?
Is de enigste mogelijkheid dan een microarray? Of ken jij ook nog andere methoden?
Is de enigste mogelijkheid dan een microarray? Of ken jij ook nog andere methoden?
“Twenty years from now you will be more disappointed by the things that you didn't do than by the ones you did do. So throw off the bowlines. Sail away from the safe harbor. Catch the trade winds in your sails. Explore. Dream. Discover.”
-
- Berichten: 740
Re: microarray, waar vind ik die?
Targets vinden kun je doen met bioinformatica methoden (profiling analyse), die voor zover ik weet erg betrouwbaar zijn, aangezien ze alle splicing mechanismen natrekken. Bij ons in het intituut hebben ze goede software om hierna te zoeken. Hoe dit in de praktijk precies in zijn werk gaat weet ik niet, ik ben niet goed thuis in de software.
Andere methoden om targets te zoeken is via morpholino's. Hiermee kan je de miRNA's mee blokkeren.
Andere methoden om targets te zoeken is via morpholino's. Hiermee kan je de miRNA's mee blokkeren.
