Wetenschapsforum

hoi,

ik heb de sequentie van het CHI gen en de sequentie van mijn FW en RV primer. Nu zit ik met het probleem dat ik deze op blast probeer te vergelijken met elkaar en ik er niet helemaal aan uit kom of ik nou de goeie primers heb. Kan iemand mij hierbij helpen. Ik moet uiteindelijk deze primer gaan toepassen op 2 arabidopsis thaliana varianten. Waarvan ik het RNA isoleer en dmv RT-PCR cDNA maak.

In mijn onderzoek gaat er gewerkt worden met planten die gemutageniseerd zijn in het gebied van de transcriptiefactor Myb. Lijn N9602/Myb12-KO waar Myb is "uitgeknocked”, en lijn N9603/Myb12-OX waar CHI en F3H duidelijk zijn opgereguleerd vergeleken met Myb12-KO. Het "uitknocken"van Myb bij Myb12-KO, heeft effect op de transcriptie van CHS, F3H, FLS en CHI; hierdoor wordt er minder quercitine en kaempferol, geproduceerd.

Sequentie primers

FW GCCTCTTCAGCATAGC

RV CCTCCAGRGTCCGTTA

sequentie gen

cattgttgagtcggttggaatttcgattgata

ataatgttacagagcttttcttgattgtgttttt

ggggcctttggggttaagtagaagagaga

agggtaggtagcaatagttacgattacgag

tgttggatgtgtaagcacgtgtactttcgttttc

gtctctttttttatattttgattgggagatgcatt

gacaattggtggttgaagctttgagcccttaa

atatgcagagcacatagttaggataatttcaa

atattttctatcgttatctttcatattattgattttat

atattttggttatttgagataattatatgattatttt

agagtttatctaggtttttgaattatattataaat

aaattgagttttattataaataaatcaggttttct

tttgtattcagtattcagttgattgatcaataaaa

ttaaaaaaaaaaaaatagcttttcagaaaaag

tattctctaattcttactttcggaaaatcaaagaa

aaaatcaaagaatttcttacgttctctagtttcta

atattcagaaatcctagttttttgggtattctcaat

atcaacatatctctttcttttcttatctattaaagctt

ctacgacttcagcccttatttcaacaaatcgttttg

tgaattaaaaacaataattcaacttggttcacttt

ggttttgaacaattgtacttagatttggttgggttt

tcgtttaactatgttcattttagataaataaaaac

ttttaacactcttttatatttaataaaacgtttaata

taaatttatcatatctattatatgacttcgtttagttt

gagttatggttttgatttgtttgttccgtaatattaa

aactaatcgggttataaacacatttcaattcaatt

ttggatttgtcagttctgatgccgggaagtgggc

tattacatgggctattgaaccccaccatgaatgc

tctctagattttgggttccggttgttcctacactgg

gctgaagtataataaaatctaactgaatctgaa

atgaaatccatgtgagtttgtcactgaaaaaac

aaaaaacaaaaatggcaaaaaatttaataga

ctcgagggaacgaacgttgcccaaaaaaaaa

agcaaaaaaaactagagaaaaaaaagtttta

aaatgctccacactttcttaattcttcatatatatat

atatttactttgagtaaaccatttaagatcatctaa

tatttaaatgaaaaatatttaatggaaaagtttat

agaagggccctttaatcagtgtgaaagcataaa

tggtttacagtttgaaagcataaattttcggtttgc

aaattttatggcttcaatttaactgcgcatttaaat

actttaaatgtattgtcgatttatatacataagtag

ttcgaaattaaacgtctactgtgatatgtttgaact

ttattcatttaatagtcattattgcaaaatcaacctc

taccaaatttaaaagtaaattaattatttactttgt

agtttagtgaatacattaatatcacattatataag

tcacaagattttgaattgtcccaaattatataaaa

ctttgaatcatttaactttaaattttctaacatctgtg

ccatgtttattgcagtagccaatctttttacacctca

gataaccagatttttttgatcatttactctctaccaa

aatgttctaatgttccatacatatagacaataattt

taaaactatttttcatatcctaattctccatgtatctt

gatttgtccatttttgatcttctaattttctcatcaaaa

tgacttgcgcatcaaaattcaattataaggacact

aatttcaaatgtgtattcaattggttcgaatttaattgt

gttctgacatgcatgttttaaattttgagtcattgaat

agtgagtaatgtctatcacaccagaaaatattata

tctcaaatttaggtgaatacattaattcactagatttt

cacttgtccattttttttctttgagtaaaatatactata

tatgaagtatgaagtatgaagtaagggagtccgg

accataaaacttatatctccaacgtgggatgcgca

atattcatttcatatctactaaacttcgtggttgaact

tttgttgatattttattttgctgaccattgtggaaaag

aactatcaccaatacttgaatattgatataactatat

ggttgaaaaattcgcaaaacattcaacagcagcc

cctagattttaattttttgaactgcacccaaagggac

aagacagcaaacaaaggagagcaacactacga

aacagaactatcaccaataggcaataagtaagg

aaaacgaaacagaaaaacagaggccaagtcaa

gacaaaggaacgagcagatagcgaaaccttga

aggagggtaatggtcttgctttacttaagcaattgtt

ctgcctcgaaatttaaatgtgtattcaagtaatcag

atgctaatttggatatttaagaagaaatacttgttta

ttttacagtatattcttttaaagaaacaaagatgaa

atgagtataaattttacaacttcttcacaaatgtata

gtaacatcgagaagctaattcttcaagcttcactta

aatatgtagctaatgcgcacaaatgtatttgtggg

cgctagtaagtagtaacctcacgtcctctta

Ze annealen niet op je gen idd, heb je gekeken of de sites niet buiten je gen liggen?

De eerste 100 bp van een sequentie analyse zijn vaak niet betrouwbaar, dus als ik sequence primers ontwerp, leg ik die altijd +/- 100 bp weg vanaf het punt waar ik moet beginnen.

ik heb de primers alleen nog bekeken met deze sequentie. ik kreeg het niet voor elkaar om de sequentie van arabidopsis thaliana te achterhalen. nu kun je via blast wel gelijk hierop blasten alleen kreeg ik hier geen resultaat mee.

ik ben er al uit mijn lerares heeft me geholpen dit waren de verkeerde primers maar ze hadden dit nog niet gemeld. toch bedankt voor de hulp.