Wetenschapsforum

Ik heb hier een oefententamen maar ik kom er helemaal niet uit, zouden jullie hierbij misschien kunnen helpen?

Tentamenvragen 2007-2008

Vraag 1

De snelheid (v) waarmee ATP door een ATPase in ADP+Pi wordt omgezet neemt bij lage ATP concentraties (s) tot 0.2 mM lineair met s toe. Voor s < 0.2 mM geldt bij benadering v = 20. s (mmolen ATP/min/mg eiwit). Door de snelheid van ATP hydrolyse bij hoge ATP concentraties (s > 20 mM) te meten wordt de Vmax van het ATPase bepaald. Deze blijkt 40 mmolen ATP/min/mg eiwit te bedragen.

a. Bekend is dat de relatie tussen v en s door de Michaelis-Menten vergelijking beschreven wordt. Wat is bij benadering de Km van dit ATPase?

b. Door toevoeging van een competitieve remmer I die een Ki heeft van 1 mM wordt de Km vijf maal groter. Welke concentratie I is toegevoegd?

c. Ook het effect van een remmer I", die alleen aan het ATPase kan binden als eerst ATP aan het enzym gebonden is, wordt gemeten. In aanwezigheid van 5 μM I" wordt een Km van 1 mM voor het ATPase gemeten. Tot welke waarde verlaagt I" de Vmax van het enzym en hoe groot is de Ki van deze zgn. oncompetitieve remmer?

d. Teken in één Hofstee plot de 3 lijnen behorend bij de condities A t/m C en zet langs de x- en y-as de juiste getallen er bij.

Vraag 2

Glutaarzuur (IUPAC naam: pentaandizuur) heeft als chemische formule COOH CH2-CH2-CH2-COOH. Deze verbinding kan via standaard oxidatie-reacties omgezet worden in alpha-keto-glutaarzuur, een intermediair uit de citroenzuurcyclus.

a. Geef de reacties, inclusief chemische structuren, volgens welke glutaarzuur wordt omgezet in alpha-keto-glutaarzuur.

Alpha-ketoglutaarzuur kan via de citroenzuurcyclus verder worden omgezet in oxaalazijnzuur.

b. Hoeveel energie in ATP eenheden komt er vrij als glutaarzuur onder aerobe condities volledig wordt omgezet in oxaalazijnzuur?

c. Hoeveel energie in ATP eenheden komt bij bovenstaande reactie vrij in de aanwezigheid van de ATPase remmer oligomycine? En hoeveel in de aanwezigheid van de ontkoppelaar DNP? En hoeveel in de aanwezigheid van zowel oligomycine als DNP?

d. Indien beide COOH groepen van glutaarzuur een radioactief C-atoom hebben, welke C-atomen in oxaalazijnzuur zullen dan radioactief gelabeld zijn? Verklaar je antwoord aan de hand van de chemische structuur van beide stoffen.

e. Indien slechts een van beide COOH groepen van glutaarzuur een radioactief C-atoom heeft, welke C-atomen in oxaalazijnzuur zullen dan radioactief gelabeld zijn? Verklaar je antwoord.

Vraag 3

Het peptide Ala-Arg-Glu wordt gemaakt met een peptide­synthesizer. Door behandeling met geconcentreerd azijnzuur kan uitsluitend de N-terminale amino-groep van dit peptide omgezet worden in een - N - C - CH3 groep (acetylering).

H O

Deze geacetyleerde NH2-groep kan niet meer geprotoneerd worden, en is dus altijd ongela­den. In de praktijk blijkt een dergelijke ace­tyleringsreaktie voor ongeveer 50% te verlopen, zodat een mengsel van het oorspronkelijke peptide en van geacetyleerd peptide ontstaat.

a. Wat is het iso‑electrisch punt van het oorspronkelijke peptide, en wat van het geacetyleerde peptide? pK waarden mogen op een gehele waarde worden afgerond.

b. Geef aan op welke wijze de twee peptiden preparatief van elkaar te scheiden zijn via ion‑uitwisselingschromatografie. Waarop berust deze methode? Geef expliciet aan welke kolom en welk loopmiddel je voor de zuivering gebruikt, en teken schematisch het kolom‑elutiepatroon.

c. Stel dat je beschikt over een anti­lichaam dat uitsluitend de geacetyleerde vorm van het peptide herkent. Hoe kun je dit antilichaam gebruiken om in het kolom-elutie-patroon aan te tonen welke van de twee pieken de geacetyleerde vorm is?

d. Leg uit waarom het iso‑electrisch punt van het geacetyleerde peptide dicht bij de pI waarde van Glu ligt, terwijl dat van het oorspronkelijke peptide dicht bij de pI waarde van Ala ligt. En waarom ligt geen van beide iso-electrische punten in de buurt van de pI van Arg?

Vraag 4

a. De mitochondriële binnenmembraan bevat een eiwit dat ATP uitwisselt tegen cytosolisch ADP. Deze uitwisse­ling van nucleotiden is specifiek te remmen met het planten glyco­side atractyloside. In aanwezigheid van deze remstof blijken ook bepaalde transportprocessen door de plasma­membraan sterk geremd te worden. Ver­klaar hoe het komt dat atractyloside zonder recht­streeks aan te grijpen op transporteiwitten in de plasmamembraan de Ca2+-homeo­stase in het cytoplasma van de cel ernstig verstoort.

b. In E.coli wordt de lactose opname sterk gestimuleerd wanneer aan de cellen, gesuspendeerd in een medium met een laag K+-gehalte (≈ 1 mM), valinomycine wordt toege­voegd. Verklaar deze waarneming.

c. Verklaar waarom in het algemeen transmembraan trans­port m.b.v. carriers veel temperatuur gevoeliger is dan het transport van stoffen door kanalen in een celmembraan.

Vraag 5

a. Wat wordt bedoeld met

I. Passief transport?

II. Primair aktief transport?

III. Secundair aktief transport?

b. Leg uit waarom met kanaalvormende transporteiwitten geen, en met carriereiwitten wel aktief transport kan optreden.

c. De rust membraan potentiaal van dierlijke cellen heeft een negatieve waarde. Wanneer de permeabiliteit van de plasma membraan voor een bepaald ion heel sterk toeneemt doordat een set kanalen onder invloed van een stimulus geopend wordt, verandert de rust membraan potentiaal in de richting van de Nernst potentiaal van dat betreffende ion.

Leg uit waarom een sterke toename in de permeabiliteit voor Na- of Ca-ionen de celmembraan zal depolariseren, en een permeabiliteitstoename voor K-ionen hyperpolariserend zal werken.

d. Wat is de lading (positief, neutraal, negatief) van een eiwit 1 pH eenheid boven de pI, en wat 1 pH eenheid beneden de pI? Wat is de lading (positief, neutraal, negatief) van een COOH groep 1 pH eenheid boven de pK, en wat 1 pH eenheid beneden de pK?

e. Isocitroenzuur is een intermediair van de citroenzuurcyclus, en heeft twee asymmetrische C-atomen. Geef van deze beide C-atomen aan of zij de R of S configuratie hebben. Verklaar je antwoord.

dit zijn de vragen , hoop dat jullie er wel wat van snappen ... alvast bedankt!!

groeten henk

<table border='0' align='left' cellpadding='3' cellspacing='0'><tr><td padding='0' celspacing='0' align='left'><font size='1'># Moderatoropmerking</font></td></tr><tr><td id='moderator'><font size='1'>biochemiefreak: Het kopieren van tentamenvragen is geen kunst. Ik heb de vragen samengevoegd voor een overzichtelijk geheel Het is trouwens ook niet de bedoeling dat wij het huiswerk van jouw gaan maken, dus bedenkt zelf eerst een antwoord of kom met een idee voordat je nieuwe vragen er op plaats.</font></td></tr></table>

<div class='postcolor'>

Ik kan niet alles oplossen maar mss ben je al iets met deze antwoorden.

Vraag 4

c. Verklaar waarom in het algemeen transmembraan trans­port m.b.v. carriers veel temperatuur gevoeliger is dan het transport van stoffen door kanalen in een celmembraan.

Carriers ondergaan conformatieveranderingen terwijl ze een stof transporteren. Dus zijn er 2 manieren hoe het zich kan oprollen die ongeveer gelijk zijn aan stabiliteit. Een hogere temperatuur kan zorgen dat 1 ervan stabieler wordt (omdat die hitte/koude bestendiger is) dan de andere conformationele vorm. Waardoor de conformatieverandering moeilijker wordt, dus ook het transport. Kanalen hebben 1 vorm dus zal temperatuursschommelingen niet zoveel effect hebben daarop.

Vraag 5

a. Wat wordt bedoeld met

I. Passief transport?

II. Primair aktief transport?

III. Secundair aktief transport?

passief transport => transport zonder dat er energie voor nodig is.

primair actief transport=> rechtsreeks energie om een molecule tegen de gradient in te transporteren. Bv hydrolyse van atp om Na⁺ tegen gradient in te transporteren.

secundair actief transport => energie uit een gradient (bv proton motive force), die aangemaakt is door ander actief transport. bv: suikermolecule tegen gradient in, maar er komt een proton mee dat van hogere naar lagere gradient gaat.

b. Leg uit waarom met kanaalvormende transporteiwitten geen, en met carriereiwitten wel aktief transport kan optreden.

Kanalen zijn gewoon tunnels (bv Beta-barrel) die kunnen niet veel doen, carrierproteinen zijn meer een soort sluissysteem, langs de ene kant in, conformatieverandering, en duwt het getransporteerde molecule/ion langs de andere kant naar buiten.

Leg uit waarom een sterke toename in de permeabiliteit voor Na- of Ca-ionen de celmembraan zal depolariseren, en een permeabiliteitstoename voor K-ionen hyperpolariserend zal werken.

Na⁺ en Ca²⁺ zitten in grotere concentratie binnen de cel, als de permeabiliteit ervoor stijgt, zullen ze (door de gradient) buiten de cel gaan, en zal er netto positieve lading naar buiten gaan, en negatieve membraanpotentiaal buiten de cel gaat verloren.

K⁺ ionen zitten in grotere concentratie buiten de cel, dus grotere permeabiliteit zal zorgen dat er ⁺ ionen in de cel zullen gaan, dus positieve lading van buiten naar binnen brengen, vergroot de membraanpotentiaal.

hopelijk ben je al iets met deze paar antwoorden.

ja heb ik zeker wat aan hartstikke bedankt man!