Springen naar inhoud

pieken bij sequencing PCR


  • Log in om te kunnen reageren

#1

mochila

    mochila


  • >100 berichten
  • 166 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 14 juni 2009 - 13:37

Dag iedereen,

Op het chromatogram dat je verkrijgt na sequencing PCR staan pieken van verschillende grootte.
Mag ik hieruit besluiten, hoe groter de piek hoe meer fragmenten aanwezig waren die met dat welbepaalde nucleotide beŽindigd waren? Of is dit geen juist verband?
“Twenty years from now you will be more disappointed by the things that you didn't do than by the ones you did do. So throw off the bowlines. Sail away from the safe harbor. Catch the trade winds in your sails. Explore. Dream. Discover.”

Dit forum kan gratis blijven vanwege banners als deze. Door te registeren zal de onderstaande banner overigens verdwijnen.

#2

Napoleon1981

    Napoleon1981


  • >1k berichten
  • 2399 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 14 juni 2009 - 18:33

Ken je detectie methode niet, maar nogmaal gesproken is oppervlakte onder de piek linear gecorreleerd aan concentratie/massa

#3

mochila

    mochila


  • >100 berichten
  • 166 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 14 juni 2009 - 19:04

Is is via capillaire gelelektroforese en op het einde worden de fragmenten dan door een detector gestuurd. Wanneer excitatie van een welbepaald fluorchroom gebeurd krijg je een piek van een welbepaald nucleotide.
Het toestel is van applied bioscience
“Twenty years from now you will be more disappointed by the things that you didn't do than by the ones you did do. So throw off the bowlines. Sail away from the safe harbor. Catch the trade winds in your sails. Explore. Dream. Discover.”

#4

Pink Panther

    Pink Panther


  • >250 berichten
  • 516 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 14 juni 2009 - 19:13

Een toestel voor capillaire gelektroforese voor sequencing geeft meestal geen eenduidige relatie tussen het aantal fragmenten en de piekgrootte. Op zo'n chromatogram zitten meestal een het begin heel kleine piekjes, in het midden, duidelijke pieken en op het einde weer kleinere. Dit is veelal gewoon een interferentiefout van de detector.

Trouwens, wat heb je er aan om via deze methode ook het aantal fragmenten te weten te komen? Ik denk dat je dat op een veel beter en kwalitatievere manier kan doen door een eenvoudige gelelektroforese met een gekende ladder.

#5

mochila

    mochila


  • >100 berichten
  • 166 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 15 juni 2009 - 08:56

ik wil de het aantal fragmenten niet weten hoor. Ik vroeg me gewoon af of er een verband bestaat tussen de grootte van die pieken en het hoeveelheid materiaal. Dus dit is niet het geval dan?
“Twenty years from now you will be more disappointed by the things that you didn't do than by the ones you did do. So throw off the bowlines. Sail away from the safe harbor. Catch the trade winds in your sails. Explore. Dream. Discover.”

#6

Roy van Heesbeen

    Roy van Heesbeen


  • >250 berichten
  • 740 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 15 juni 2009 - 14:23

Er is wel een verband met de piekhoogte en de hoeveelheid fragmenten. Hoe hoger de piek, hoe meer signaal, hoe meer fragmenten.
Dye blobs, die eruit zie als grote en brede pieken hebben vaak veel signaal en die zie je ook terug in je chromatogram.

#7

Pink Panther

    Pink Panther


  • >250 berichten
  • 516 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 15 juni 2009 - 23:56

Mja, okť er is een verband. Dat verband is er altijd. Maar dan nog. Het is niet de bedoeling om die informatie uit een sequencing machine te halen. Daar wil je enkel een sequentieanalyse uit puren.
Mijns inziens is zo'n detector niet nauwkeurig genoeg.
Daarenboven moet je dan ook een gekende concentratie toevoegen om te zien welke piek je daaruit krijgt, om zo de relatie tussen piekoppervlak en concentratie te weten te komen...

Veranderd door Pink Panther, 15 juni 2009 - 23:56






0 gebruiker(s) lezen dit onderwerp

0 leden, 0 bezoekers, 0 anonieme gebruikers

Ook adverteren op onze website? Lees hier meer!

Gesponsorde vacatures

Vacatures