primer design

life

Hallo,

Ik wil een primer design,maar ik wil niet ,hoe kan dat.

mijn gen is TP63 ,en ik wil voor exon 10,14 design,en in pgex vector zetten,maar ik weet niet,hoe ik die desig kan doen?

weet jullie toevallig wat moet ik doen?

<table border='0' align='left' cellpadding='3' cellspacing='0'><tr><td padding='0' celspacing='0' align='left'><font size='1'># Moderatoropmerking</font></td></tr><tr><td id='moderator'><font size='1'>Beryllium: een beetje begrijpelijk schrijven doet een boel goeds

</font></td></tr></table>

<div class='postcolor'>

Vreggie

Dag life,

Zou je heel misschien je vraag nog een keer over willen lezen en dan deze even in een leesbare variant willen schrijven.

Als ik je vraag lees snap ik namelijk helemaal niet wat je bedoelt.

Martijn1986

Je kunt zelf je primers ontwerpen maar dit is als je weinig ervaring hebt best lastig.

Je hebt er ook programmas voor die het zelf kunnen, moet je uiteraard wel de hele sequence weten. Via google kun je vast wel zn programma vinden.

Roy van Heesbeen

Als je mijn antwoord op jouw vorige post (exact dezelfde vraag) nog even terug leest, dan kan ik je verder helpen. Dit is een vrij complexe vraag waar andere forumleden je niet zomaar mee kunnen helpen met een simpel antwoord.

http://www.chemieforum.nl/forum/index.php?...=0&#entry119300

life

1 ttcccatgat gggcacccac atgccaatgg ctggagacat gaatggactc agccccaccc

61 aggcactccc tcccccactc tccatgccat ccacctccca ctgcacaccc ccacctccgt

121 atcccacaga ttgcagcatt gtcag

sequensi van exon 14.

1 cgtttcgtca gaacacacat ggtatccaga tgacatccat caagaaacga agatccccag

61 atgatgaact gttatactta cca

sequensi exon 10.

ik gebruik van NCBI(OMIM .nr vaz zikte #604292) site,verschillende variatie is niet belangrijk voor mij,maar deze sequensen zijn voor variatie 1.

Is dat duidelijk?

Alvast bedankt

Roy van Heesbeen

Ok, dat is één. Nu moet je je vector map waar de exonen in worden geplaatst nog hebben. Kan je een link naar de vector map, waarin de multiple cloning site duidelijk is staat weergegeven? Dit is belangrijk omdat je dan met de PCR restrictie uiteinden aan je primer kan zetten (deze hoeven dus niet te overlappen met de target sequencie.

Tevens moet je ook weten wat je materiaal wordt waarop je de PCR doet. Genomisch materiaal namelijk niet heel gemakkelijk te PCR'en, aangezien de kans aanwezig is dat de primers ook op andere delen van het genoom binden.

life

Dank je voor je reactie,

maar ik snap het niet, Wat bedoel je? ik kan van verschillende software gebruiken,zoals primer3.

Ik weet niet ,hoe werkt deze software(vector),daarom kan ik niks doen met deze vector.

Ook de materiallen van mijn opdracht niet belangrijk,Ik wil een primer design maar heel simpel.Dat is allean een oefening,maar ik kan het niet doen.

Roy van Heesbeen

Ok, dan kan je heel simpel het volgende doen:

Je neemt de +/- eerste 20 bp van je exon, bij exon 14 dus:

5'-ttcccatgatgggcacccac-'3

Dit kan dienen als je forward primer, de Tm is 61^o graden en bevat 60% GC en eindigd op een C.

Als reverse pak je de laatste 21 bp van je exon en maak je hem reverse complementair (kan gemakkelijk in simpele kloneer/primer design programma's.

5'-ctgacaatgctgcaatctgtg-'3

Tm: 56^o graden, 48% GC en eindigd op een G.

Op deze site staat nog een goede toelichting.

Mocht je nog meer vragen hebben, dan kan ik nog wel wat extra toelichting geven.

http://bioweb.uwlax.edu/GenWeb/Molecular/s...imer_design.htm

life

Dank je wel,

Als ik die exons in die site zet, kan ik een primer design doen?

http://frodo.wi.mit.edu/primer3/

Ik heb ook verschillende toelichting gelezen,maar ik kan niet goed begrijpen?

Ik heb mijn exonen in primer3 gezeten maar dat was zonder uitslag.

Alvast bedankt

Roy van Heesbeen

Ja, dat primer 3 ken ik niet echt, als ik je exon erin zet, dan pakt hij een primer in het midden, waardoor je de buitenste regio mist, hoe dat precies werkt weet ik niet. Je kan ook het gratis programma APE gebruiken, hierin plak je bijvoorbeeld een primer sequentie, bijvoorbeeld de eerste 20 bp van het exon en het programma berekend dan voor jou de Tm en GC content. Op die manier kan je dus bepalen of dat een geschikte primer is.

De link die ik stuurde was meer als uitleg, waar je op moet letten als je een primer ontwerpt.

Hier kan je het programma downloaden (gratis).

http://www.biology.utah.edu/jorgensen/wayned/ape/

life

Harstikke bedankt,

Maar ik heb nog eenvraag ,als ik deze sequenties(je hebt het al gezet)

5-ttcccatgatgggcacccac-'3

Dit kan dienen als je forward primer, de Tm is 61o graden en bevat 60% GC en eindigd op een C.

Als reverse pak je de laatste 21 bp van je exon en maak je hem reverse complementair (kan gemakkelijk in simpele kloneer/primer design programma's.

5'-ctgacaatgctgcaatctgtg-'3

in APE zetten,kan ik een duidelijk uitslag krigen?

Alvast bedankt

Roy van Heesbeen

Ik begrijp je vraag niet helemaal?

Wat bedoel je met duidelijke uitslag?

life

Mijn bedoel is een design primer?

Ik heb over deze design niks van mijn docent gehoord.zij zei alleen jullie moeten een primer design ,daarom is alles voor mij onbekend.

Danke je.

Roy van Heesbeen

hmm ok, dus ik neem aan dat je docent met "design" ontwerpen bedoelt.

Je maakt dus primers, aan de hand van een aantal criteria. Deze critria staan op de website die ik eerder had geplaatst. Ik denk dat je docent dus wil weten hoe je een primer ontwerpt en welke criteria belangrijk zijn om een geschikte primer te maken. Lees daarom nog even op die website waar je op moet letten bij het ontwerpen van een primer, zoals GC content, Tm, secundaire structuren, primer dimeren etc.

De primers die ik had ontworpen voldeden aan een aantal criteria die ik had getest, dus die zou je in theorie kunnen gebruiken.

Wetenschapsforum

Laatste berichten

Nieuwsberichten

primer design

primer design

Re: primer design

Re: primer design

Re: primer design

Re: primer design

Re: primer design

Re: primer design

Re: primer design

Re: primer design

Re: primer design

Re: primer design

Re: primer design

Re: primer design

Re: primer design