Springen naar inhoud

Polygenetic tree & haplotype network


  • Log in om te kunnen reageren

#1

Yellkje

    Yellkje


  • >25 berichten
  • 52 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 07 oktober 2009 - 19:57

Hallo allemaal!

Een vriendin heeft me om hulp gevraagd bij haar genetische opdracht, vanwege mijn biologische achtergrond. Maar bij het maken van een polygenetische boom en een haplotype netwerk is mijn kennis blijkbaar niet toerijkend genoeg ;)

We hebben een mtDNA sequentie gekregen van de Sumatran urang utans en van bornean orang utans. Nu aan ons, om aan de hand van de snips via een polygenetische boom een haplotype netwerk te maken.

Weet iemand welke stappen je daarvoor moet ondernemen? We hebben van de verschillende 'typen' Sumatran orang utans bepaald hoeveel procent ze afwijken van het 'normaal'. Maar hoe nu verder te gaan?

Dit forum kan gratis blijven vanwege banners als deze. Door te registeren zal de onderstaande banner overigens verdwijnen.

#2

Roy van Heesbeen

    Roy van Heesbeen


  • >250 berichten
  • 740 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 08 oktober 2009 - 15:13

HapMap is een programma waarmee je een haplotype map kan maken op basis van SNP's.
Het is niet zo makkelijk om dat programma even snel uit te leggen, maar op de website staat ook een tutorial.
http://hapmap.ncbi.nlm.nih.gov/

Een phylogenetic tree maken kan ook met programma's. Op deze website staat een lijstje met websites waar je een tree kan maken.
http://en.wikipedia....zation_software

Veranderd door Roy van Heesbeen, 08 oktober 2009 - 15:13


#3

Yellkje

    Yellkje


  • >25 berichten
  • 52 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 23 oktober 2009 - 12:37

Het is juist de bedoeling om zo'n ding zelf te maken (hoeft maar klein, hebben niet veel data). Maar dus zonder gebruik van dat soort programma's...





0 gebruiker(s) lezen dit onderwerp

0 leden, 0 bezoekers, 0 anonieme gebruikers

Ook adverteren op onze website? Lees hier meer!

Gesponsorde vacatures

Vacatures