Polygenetic tree & haplotype network
Moderator: ArcherBarry
-
- Berichten: 52
Polygenetic tree & haplotype network
Hallo allemaal!
Een vriendin heeft me om hulp gevraagd bij haar genetische opdracht, vanwege mijn biologische achtergrond. Maar bij het maken van een polygenetische boom en een haplotype netwerk is mijn kennis blijkbaar niet toerijkend genoeg
We hebben een mtDNA sequentie gekregen van de Sumatran urang utans en van bornean orang utans. Nu aan ons, om aan de hand van de snips via een polygenetische boom een haplotype netwerk te maken.
Weet iemand welke stappen je daarvoor moet ondernemen? We hebben van de verschillende 'typen' Sumatran orang utans bepaald hoeveel procent ze afwijken van het 'normaal'. Maar hoe nu verder te gaan?
Een vriendin heeft me om hulp gevraagd bij haar genetische opdracht, vanwege mijn biologische achtergrond. Maar bij het maken van een polygenetische boom en een haplotype netwerk is mijn kennis blijkbaar niet toerijkend genoeg
We hebben een mtDNA sequentie gekregen van de Sumatran urang utans en van bornean orang utans. Nu aan ons, om aan de hand van de snips via een polygenetische boom een haplotype netwerk te maken.
Weet iemand welke stappen je daarvoor moet ondernemen? We hebben van de verschillende 'typen' Sumatran orang utans bepaald hoeveel procent ze afwijken van het 'normaal'. Maar hoe nu verder te gaan?
-
- Berichten: 740
Re: Polygenetic tree & haplotype network
HapMap is een programma waarmee je een haplotype map kan maken op basis van SNP's.
Het is niet zo makkelijk om dat programma even snel uit te leggen, maar op de website staat ook een tutorial.
http://hapmap.ncbi.nlm.nih.gov/
Een phylogenetic tree maken kan ook met programma's. Op deze website staat een lijstje met websites waar je een tree kan maken.
http://en.wikipedia.org/wiki/List_of_phylo...zation_software
Het is niet zo makkelijk om dat programma even snel uit te leggen, maar op de website staat ook een tutorial.
http://hapmap.ncbi.nlm.nih.gov/
Een phylogenetic tree maken kan ook met programma's. Op deze website staat een lijstje met websites waar je een tree kan maken.
http://en.wikipedia.org/wiki/List_of_phylo...zation_software
-
- Berichten: 52
Re: Polygenetic tree & haplotype network
Het is juist de bedoeling om zo'n ding zelf te maken (hoeft maar klein, hebben niet veel data). Maar dus zonder gebruik van dat soort programma's...