Springen naar inhoud

Primer annealing


  • Log in om te kunnen reageren

#1

flippee

    flippee


  • >25 berichten
  • 32 berichten
  • Gebruiker

Geplaatst op 07 januari 2010 - 20:02

Hallo iedereen,

waarom gaan bij hogere annealingstemperaturen er minder mismatching gebeuren dan wanneer je lagere temperaturen gebruikt?

Ik zou eerder denken dat hoe meer energie (hoe warmer) hoe makkelijker een primer kan binden met een mismatch?

groeten

Dit forum kan gratis blijven vanwege banners als deze. Door te registeren zal de onderstaande banner overigens verdwijnen.

#2

Roy van Heesbeen

    Roy van Heesbeen


  • >250 berichten
  • 740 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 08 januari 2010 - 04:02

Bij een lagere temp. zijn de matches dusdanig sterk dat de primer geen probleem heeft om te binden in de aanwezigheid van mismatches. Bij hogere temp. wordt de binding van de matches zwakker, waardoor mismatches ervoor zorgen dat de primer loslaat.

#3

flippee

    flippee


  • >25 berichten
  • 32 berichten
  • Gebruiker

Geplaatst op 08 januari 2010 - 20:15

Hallo,

als ik het goed begrijp dan komt het dus gewoon op neer dat een goede match veel "sterker" is dan een mismatch en dat deze dus langer bij hogere temperatuur gebonden blijft.

In feite komt het er gewoon op neer dat je hoe sterker (juister) de binding, hoe meer energie je erin moet steken om ze kapot te maken?



Dat brengt mij tot de volgende vraag: het binden van de primers op het DNA zelf, gebeurt dus ook bij zeer lage temperaturen en daar is dus geen extrerne energie (hitte) voor nodig ?

#4

Roy van Heesbeen

    Roy van Heesbeen


  • >250 berichten
  • 740 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 12 januari 2010 - 02:50

Nee, dat zijn idd gewoon waterstofbindingen. Er is alleen energie nodig om ze te verbreken.
Je gebruikt bij PCR dus bij voorkeur een zo hoog mogelijke annealing temperatuur zodat de kans op onspecifieke producten zo klein mogelijk is.

#5

Ragbips

    Ragbips


  • >100 berichten
  • 221 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 01 mei 2010 - 18:08

Is de hoogte van de temperatuur die je kunt gebruiken ook afhankelijk van hoeveel G-C rijke gebieden er zijn? Aangezien de basen G-C drie waterstofbruggen vormen en A-T maar twee? En is het dan ook zo dat je veel meer kans op mismatches hebt met primers die veel A en T bevatten? Of denk ik nu verkeerd?

#6

adrianvm

    adrianvm


  • >25 berichten
  • 83 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 10 mei 2010 - 13:29

De hoogte van de annealing temperatuur is inderdaad afhankelijk van de hoeveeleid G-C





0 gebruiker(s) lezen dit onderwerp

0 leden, 0 bezoekers, 0 anonieme gebruikers

Ook adverteren op onze website? Lees hier meer!

Gesponsorde vacatures

Vacatures