Springen naar inhoud

percentage gelabeld


  • Log in om te kunnen reageren

#1

Epyon

    Epyon


  • >25 berichten
  • 39 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 15 juni 2010 - 15:36

Hallo allemaal,

Ik heb een bepaald component (wat het is doet er effe niet toe voor de vraag) en die heb ik gemeten met de LC/MS hierbij heb ik het component gemeten als ongelabeld en ook als gelabeld met Koolstof-13. Nu wil ik weten hoeveel is er daadwerkelijk gelabeld. Ik heb hier een aantal methodes waarmee het gedaan wordt maar elke van hen leveren een andere antwoord op :S . Weet iemand misschien hoe dit gaat?

Veranderd door Epyon, 15 juni 2010 - 15:36


Dit forum kan gratis blijven vanwege banners als deze. Door te registeren zal de onderstaande banner overigens verdwijnen.

#2

sradracer

    sradracer


  • >100 berichten
  • 157 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 16 juni 2010 - 09:02

Geef eens wat meer informatie. Welke methodes?
Gaat het om een monster of gekochte standaard "normaal" of "gelabeld"
Wat vind jij een ander antwoord. bv 0,1% verschil of 50% verschil.

Normaal gesproken is zo'n methode met MS heel makkelijk. De gelabelde standaard heeft een andere massa. Dus je meet de 12C en de 13C massa tov een 12C en 13C standaard en dan kan je het percentage uitrekenen.

#3

Epyon

    Epyon


  • >25 berichten
  • 39 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 16 juni 2010 - 09:49

het gaat om een molecule dat zoeen 20 koolstof atomen bevat. We gebruiken een specifieke labeling methode waardoor alleen 8 atomen gelabeled wordt. Het verschil dat ik vind is zoeen 5% dat vind ik nogal wat, in sommige gevallen is het zelfs meer.

Wat we hebben gedaan is 2 spectra's opgemeten met LC/MS 1 van de ongelabelde en 1 van de gelabelde molecuul. Het gene wat ik naar opzoek ben is het liefst een boek of iets waar het goed in staat uitgelegd. Zodat ik weet dat dit de juiste methode is :D

De methodes die ik nu heb hebben geen referentie erbij staan en daarom vertrouw ik het niet.

Veranderd door Epyon, 16 juni 2010 - 09:52


#4

sradracer

    sradracer


  • >100 berichten
  • 157 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 16 juni 2010 - 11:39

Als ik het goed begrijp maak je dus zelf het galabelde molecuul.
Meet je de zelf gemaakte gelabelde oplossing meerdere keren en geeft dat 5% verschil of meet je verschillende zelf gemaakte oplossingen 1x en zit er 5% onderling verschil tussen de oplossingen.
Dan zou het aan het rendement van de opwerkingsmethode kunnen liggen en is 5% niet echt veel.

En hoe heb je het gehalte dan uitgerekend?

#5

Epyon

    Epyon


  • >25 berichten
  • 39 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 16 juni 2010 - 11:57

Het probleem is dat de 2 methoden waarmee het gelabelde percentage berekend worden al 5% verschillen en er is geen referentie bij toegevoegd (dus niet een 5% verschil door een synthese stap ofzo, puur aan de manier van het verwerken van de data).

Waar ik dus naar op zoek ben is de manier waarop de gelabelde percentage berekend kan worden m.b.v. massaspectrometrie.

Wat ik tot nu toe ben tegengekomen is dat ze de verhouding nemen van koolstof-12 en 13 in zowel het gelabeld spectrum als het ongelabeld spectrum en dat dan verder verwerken. Dat kan ik allemaal wel begrijpen maar als voorbeeld laten ze het alleen zien met 1 gelabeld atoom en niet zoals wat ik heb 8 gelabeld atomen.

#6

sradracer

    sradracer


  • >100 berichten
  • 157 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 16 juni 2010 - 14:43

Als je het op die manier wilt uitrekenen, moet je het helemaal uitschrijven. Ik weet niet of je ooit les hebt gehad in massa spectrometrie, maar als je de isotoop verhouding wilt uitrekenen, moet je het zo doen. Ik zal 2 voorbeelden geven:


Stel je massa van je molecuul is 200 met 2 chloor atomen. Je krijgt dan een totale massa van 270 (met 2 35Cl , 272 (met 1 35Cl en 1 37Cl) en 274 (met 2 37Cl.

35Cl en 37Cl verhouding 3:1

Met 2 chloor

Cl---Cl---verhouding

35--35---3 * 3 = 9
35--37---3 * 1 = 3
37--35---3 * 1 = 3
37--37---1 * 1 = 1

De 35:37 en 37:35 moet je bij elkaar optellen. De totale verhouding wordt dus 9:6:1

met 3 chloor

Cl---Cl---Cl---verhouding

35--35---35---3 * 3 * 3 = 27
35--35---37---3 * 3 * 1 = 9*
35--37---35---3 * 1 * 3 = 9*
37--35---35---1 * 3 * 3 = 9*
35--37---37---3 * 1 * 1 = 3#
37--35---37---1 * 3 * 1 = 3#
37--37---35---1 * 1 * 3 = 3#
37--37---37---1 * 1 * 1 = 1

De * en # weer bij elkaar optellen, omdat deze dezelfde massa hebben, dus 27:27:9:1

Hopelijk is het zo een beetje duidelijk. De streepjes kun je lezen als spaties voor afstand.

met 20 koolstof atomen (waarvan 8 gelabeld) is het hetzelfde, maar dat is zoveel werk, dat mag je zelf doen ;) Misschien is hier wel een formule voor om dit uit te rekenen, maar dat zou ik zo niet weten.
btw. De verhouding 12C :13C is 99:1.

Je snapt dus al dat als je 8 "gelabelde" koolstofatomen hebt, de intensiteit van die massapiek erg klein wordt tov de ongelabelde massa.
Bij 2 gelabelde atomen is dit 1/(9+6) = 1/15 en bij 3 gelabelde atomen is dit al 1/(27+27+9) = 1/63.
Gaat dit natuurlijk niet helemaal op, omdat jij 8 van de 20 koolstof atomen gelabeld hebt, maar dat is weer een ander verhaal.
Dus ik denk dat 5% afwijking niet heel veel is bij zo'n lage verhouding.

Maar zoals ik al eerder zei. Normaal gesproken wordt het monster gemeten tov een normale en een gelabelde standaard.

Veranderd door sradracer, 16 juni 2010 - 14:53


#7

Epyon

    Epyon


  • >25 berichten
  • 39 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 16 juni 2010 - 15:57

mhh ik zal het proberen wat beter uit te leggen wat ik bedoel. Mijn molecuul is gesynthetiseerd met een stabile isotoop dus 13C inplaats van 12C. Maar alle chemicalien die ik gebruikt heb zijn niet allemaal 13C want dat zo te duur zijn. Dus oftewel ik meet niet op "natural abundance" maar met een gelabeld molecuul. Dus mijn verhouding van 12C op 13C is niet 98.9%:1.1% maar 60:40 % b.v.
Het gene wat ik dus wil weten is hoeveel van mijn koolstof atomen daadwerklijk 13C zijn. Wanneer ik dit op de ene methode bereken zegt deze dat 20% gelabeld is. Dus van al mijn koolstof atomen die ik heb geprobeerd te labelen zou 20% 13C zijn. De andere berekening zegt dat het 15% is. Dit is voormij wel een groot verschil.





0 gebruiker(s) lezen dit onderwerp

0 leden, 0 bezoekers, 0 anonieme gebruikers

Ook adverteren op onze website? Lees hier meer!

Gesponsorde vacatures

Vacatures