Springen naar inhoud

Primer Lambda laddrr.


  • Log in om te kunnen reageren

#1

Jaffaa

    Jaffaa


  • >25 berichten
  • 83 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 03 september 2010 - 10:24

Hallo,
wij zijn bezig met een project op school, wij moeten van een commerciele lambda ladder geknipt met HINDIII het stukje isoleren van 23.130 baseparen.
daarna moeten we voor dat stukje een primer designen. kan iemand ons vertellen hoe we dit gaan aanpakken want we zijn al op wat sites geweest om primers te desigen en komen daar niet echt uit.

mvg,
Jaffaa

Dit forum kan gratis blijven vanwege banners als deze. Door te registeren zal de onderstaande banner overigens verdwijnen.

#2

lucilius

    lucilius


  • >250 berichten
  • 254 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 03 september 2010 - 14:24

Je moet gewoon het stuk isoleren dat je wil gebruiken voor je PCR. In dit geval is dat dus dat 23.130 basenparen bandje.
Daarna moet je hier dus een primer voor maken.

En je weet dat deze geknipt is met HindIII... dus ken je toch al een zeer klein stukje van je DNA?

Als je dit klein stukje al kent, kan je al een primer maken.. Op basis van het kleine stukje dat je kent. Om de primer groter te maken zet je er gewoon N stukjes in (basen die met elke base kan binden).

Natuurlijk is dit niet echt accuraat.
Maar weet je meer over de DNA sequentie van die ladder?

#3

Jaffaa

    Jaffaa


  • >25 berichten
  • 83 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 07 september 2010 - 09:11

die hele DNA sequentie hebben we opgezocht op het internet dus we kunnen die primer maken.
Weet iemand een goede site om primers te maken??


greets

#4

Roy van Heesbeen

    Roy van Heesbeen


  • >250 berichten
  • 740 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 09 september 2010 - 20:09

Je hebt allerlei fancy programma's om primers te maken op internet.
Maar in dit geval kun je prima de eerste 20 baseparen als forward primer gebruiken en de laatste 20 (uiteraard reverse complementair) als reverse primer.
Check heel even de GC content (bij voorkeur tussen 40 en 60%) en de Tm (moet niet te veel verschillen tussen beide primers, paar graden maakt niets uit) en je kunt je PCR doen.

Wil je meer eisen aan je primer, dan kan je eventueel dit programma gebruiken:
http://biotools.umas...primer3_www.cgi





0 gebruiker(s) lezen dit onderwerp

0 leden, 0 bezoekers, 0 anonieme gebruikers

Ook adverteren op onze website? Lees hier meer!

Gesponsorde vacatures

Vacatures