Primer 3 is een veelgebruikt webprogramma voor primer design. Het programma berekent primers aan de hand van optimale condities voor het smeltpunt van de primer, het 3"-einde smeltpunt van de primer, de lengte van de primer, de GC content, de complexiteit en de efficiëntie.
Ik neem aan dat CGTATATTCACATTTAATGAAGCAATAAAAAAGATATCCAAAATATCTACATCTCTGTGAC de minimale sequentie is die je moet amplificeren uit een groter DNA molecuul. Daarvoor heb je een forward primer (=left primer in Primer 3) en een reverse primer (=right primer in Primer 3) nodig. Probeer deze eerst afzonderlijk aan en uit te vinken in het programma. De reden waarom je een foutmelding krijgt is dat het programma geen optimale reverse primer kan geven voor een primer in deze sequentie (ook de forward primer is ver van optimaal met een lengte van 25bp, een lage efficientie van 78%, een veel te lage GC content, en een laag smeltpunt.). Je zal verder naar links en rechts in het grotere DNA molecuul moeten kijken om goede primers te vinden.
