PCR
Moderator: ArcherBarry
-
- Berichten: 16
PCR
Hallo,
Ik moet voor school een berekening uitvoeren m.b.t. PCR. Ik heb alleen geen idee waar ik moet beginnen.
Zo luidt de opdracht: De eindconcentratie van de primers in de realtime PCR wordt 0,2 uM en van de probes 0,05 tot 0,1 uM, afhankelijk van de probe. Bereken nu hoeveel PCR"s je kunt doen met deze batch primers en probes. Het volume van 1 PCR-reactie is 25 ul. Ga uit van een probeconcentratie van 0,1 uM. Tip: Bereken het aantal PCR"s van de oligo waar je het minst van hebt maar houdt rekening met de probeconcentratie.
Fw 1 Forward gen 12,7 (nM) 635 (Volume water tot 20 uM/ul
)
Rev 1 Reverse gen 18,4 920
Probe 1 Probe gen 17,1 855
Fw 2 Forward genoom 19,4 970
Rev 2 Reverse genoom 15,0 750
Probe 2 Probe genoom 12,5 625
Volgens mij is het niet zo moeilijk, maar ik heb echt geen idee waar ik moet beginnen. Kan iemand mij op weg helpen?
Ik moet voor school een berekening uitvoeren m.b.t. PCR. Ik heb alleen geen idee waar ik moet beginnen.
Zo luidt de opdracht: De eindconcentratie van de primers in de realtime PCR wordt 0,2 uM en van de probes 0,05 tot 0,1 uM, afhankelijk van de probe. Bereken nu hoeveel PCR"s je kunt doen met deze batch primers en probes. Het volume van 1 PCR-reactie is 25 ul. Ga uit van een probeconcentratie van 0,1 uM. Tip: Bereken het aantal PCR"s van de oligo waar je het minst van hebt maar houdt rekening met de probeconcentratie.
Fw 1 Forward gen 12,7 (nM) 635 (Volume water tot 20 uM/ul
)
Rev 1 Reverse gen 18,4 920
Probe 1 Probe gen 17,1 855
Fw 2 Forward genoom 19,4 970
Rev 2 Reverse genoom 15,0 750
Probe 2 Probe genoom 12,5 625
Volgens mij is het niet zo moeilijk, maar ik heb echt geen idee waar ik moet beginnen. Kan iemand mij op weg helpen?
-
- Berichten: 150
Re: PCR
Je berekent het aantal mol nodig voor 1 PCR reactie (in 25 µl) Zowel van probes als van primers. Dan zou je moeten berekenen over hoeveel mol primer/probe je in totaal beschikt. Deel je dit laatste door het eerste, dan bekom je het aantal keren dat je een PCR kan uitvoeren (waarbij de laagste verhouding telt).
Ik geraak wel niet echt wijs uit hetgene wat onderaan je bericht staat, maar dat zou het principe moeten zijn.
Ik geraak wel niet echt wijs uit hetgene wat onderaan je bericht staat, maar dat zou het principe moeten zijn.
-
- Berichten: 16
Re: PCR
Probe 2 is 12,5 nM
Probe concentratie gewenst: 0,1 uM
PCR-volume per reactie: 25 ul
25 ul = 0,000025 L
0,1 uM = 1*10-7 M
Mol/liter = molariteit --> mol/0,000025 = 1*10-7 M
Mol = (1*10-7) * 0,000025 = 2,5*10-12 = 2,5*10-3 = 0,0025 nM probe bij 1 reactie nodig.
Je hebt 12,5 nM. Dus 12,5 nM/0,0025 = 5000 reacties kunnen er gedaan worden
Dat kan volgens mij niet echt kloppen??
Probe concentratie gewenst: 0,1 uM
PCR-volume per reactie: 25 ul
25 ul = 0,000025 L
0,1 uM = 1*10-7 M
Mol/liter = molariteit --> mol/0,000025 = 1*10-7 M
Mol = (1*10-7) * 0,000025 = 2,5*10-12 = 2,5*10-3 = 0,0025 nM probe bij 1 reactie nodig.
Je hebt 12,5 nM. Dus 12,5 nM/0,0025 = 5000 reacties kunnen er gedaan worden
Dat kan volgens mij niet echt kloppen??