Wetenschapsforum

Hoe een ionkanaal werkt

Simulatie brengt beweging eiwitcomplex ongekend gedetailleerd in beeld



Voor het eerst is het gelukt om het openen en sluiten van een kaliumkanaal in een celmembraan in beeld te krijgen. Kwestie van een gespecialiseerde supercomputer met heel veel rekenkracht, melden David Shaw en collega’s deze week in Science.


...


Zijn laatste project heet Anton: een gespecialiseerde computer die moleculaire dynamica 100 keer sneller kan simuleren dan de concurrentie. Met behulp daarvan is het gelukt om de beweging van het kaliumkanaal, dat uit meer dan 100.000 atomen bestaat, gedurende 230 microseconden in beeld te brengen.


Dat was voldoende om de complete transitie van dicht naar open te volgen, met de kanttekening dat het proces een beetje moest worden versneld door een onnatuurlijk hoog potentiaalverschil over het membraan te zetten. Over de vraag of de gesimuleerde beweging zo nog wel helemal natuurlijk is, zijn de meningen verdeeld.


Overigens was die beweging niet echt verrassend. Het belangrijkste nieuws is dat het überhaupt is gelukt om een beeld te krijgen van een kaliumkanaal in gesloten stand. Via röntgenkristallisatie krijg je namelijk alleen het openstaande kanaal te zien.


Lees hier het volledige artikel.

Bron