DNA sequencing

gast039

Er zijn twee methodes gebruikt die het menselijk genoom hebben ontrafeld: de methode van het Human Genome Project (HGP) en shotgun sequencing, onder leiding van Craig Venter.

Ik hoop dat de verschillende methodes bekend zijn.

Bij de methode van Human Genome Project wordt het DNA gefragmenteerd en deze fragmenten worden overgezet in BACs. Deze stap wordt overgeslagen in in shotgun sequencing. Nu vroeg ik me af waarom HGP dit wel doet, aangezien je net als shotgun sequencing het DNA direct in kleine fragmenten kan knippen. Bij de shotgun sequencing moet je echter wel meerdere genomen hebben en deze fragmenteren, anders weet je nooit de volgorde van deze gesequencede fragmenten en dit is essentieel om de genoomsequentie te achterhalen.

Wouter_Masselink

De ene gaat gepaard met minder reads die langer zijn en de andere gaat gepaard met meer korte reads. Waarom de ene de voorkeur heeft over de andere is afhankelijk van de gebruikte sequencing apparatuur.

Je zal je dus in de verschillende sequencing technieken moeten gaan verdiepen. Als dit je interesse heeft kijk dan vooral ook naar Nanopore sequencing (een techniek die volgens de makers in 2 jaar de markt zullen overnemen en de prijs een van sequencing een 10-voud zullen doen verlagen).

Wetenschapsforum

Laatste berichten

Nieuwsberichten

DNA sequencing

DNA sequencing

Re: DNA sequencing