Springen naar inhoud

"peptidengenerator"


  • Log in om te kunnen reageren

#1

appelsapje

    appelsapje


  • >100 berichten
  • 120 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 07 juni 2012 - 18:59

Besten,

Voor mijn aankomende examen Biochemie zoek ik eigenlijk een site/tool die als ik bv. ingeef glycylalanine (of GA mag ook, de 1lettercodes dus) mij de structuur van het pepitde laat zien als een lineaire keten, op deze manier dus:
Geplaatste afbeelding
Ik weet niet of zoiets bestaat, maar ik denk dat het niet zo moeilijk is om zo'n tool te ontwikkelen eigenlijk dus gok ik van wel. :)

Dit forum kan gratis blijven vanwege banners als deze. Door te registeren zal de onderstaande banner overigens verdwijnen.

#2

Mako

    Mako


  • >1k berichten
  • 1146 berichten
  • VIP

Geplaatst op 07 juni 2012 - 19:26

Met Wolfram Alpha kan je heel wat. Helaas is glycylalanine niet gekend in de database. Maar misschien dat het met andere peptiden wel lukt :). Verder kan ik niet direct iets bedenken.
A word of encouragement during a failure is worth more than an hour of praise after success.
I hear, I know. I see, I remember. I do, I understand -Confucius-

#3

Sjitty

    Sjitty


  • >250 berichten
  • 320 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 08 juni 2012 - 09:57

als je in wolfram alpha "gly-ala" intikt geeft hij je wel beide aparte structuren mooi op een rijtje die je dan zelf wel nog aan elkaar moet hechten, wat niet moeilijk is, maar als je echt meteen een volledige image wil dan is het mss niet perfect :) Het werkt ook voor langere ketens 'gly-ala-glu" etc...

Veranderd door Sjitty, 08 juni 2012 - 09:57


#4

Wouter_Masselink

    Wouter_Masselink


  • >5k berichten
  • 8252 berichten
  • VIP

Geplaatst op 08 juni 2012 - 16:24

Peptide viewers zoals CN3D en swiss PDB zouden ook kunnen helpen.
"Meep meep meep." Beaker

#5

appelsapje

    appelsapje


  • >100 berichten
  • 120 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 09 juni 2012 - 12:58

Nuja, het is niet dat ik het echt veel nodig heb. Ik weet hoe de 21 Azn eruit zien en hoe ze gelinkt worden. Ik heb alleen moeite met het koppelen van Proline, als je Bvb. HPW als peptide hebt, vind ik het lastig omdat zomaar te tekenen :)

#6

Fuzzwood

    Fuzzwood


  • >5k berichten
  • 11101 berichten
  • Moderator

Geplaatst op 09 juni 2012 - 13:35

Proline heeft nog steeds een N waar je carbonyldeel aan bindt. Nu zit er alleen een extra staartje tussen die N en de 2e koolstof.

#7

Sjitty

    Sjitty


  • >250 berichten
  • 320 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 09 juni 2012 - 17:59

Proline heeft nog steeds een N waar je carbonyldeel aan bindt. Nu zit er alleen een extra staartje tussen die N en de 2e koolstof.


Wat bedoel jij met de 2e koolstof? het is de LaTeX van de proline zijketen (aka de laatste van de 3) de verbonden is met de LaTeX . Gewoon een cirkeltje rond tekenen (5 hoek). de rest blijft gelijk tenzij je ook de conformatie juist tekenen, proline heeft namelijk vaak de neiging om de keten te gaan buigen.





0 gebruiker(s) lezen dit onderwerp

0 leden, 0 bezoekers, 0 anonieme gebruikers

Ook adverteren op onze website? Lees hier meer!

Gesponsorde vacatures

Vacatures