Springen naar inhoud

sequentiebepaling van peptides



  • Log in om te kunnen reageren

#1

elizabeth22

    elizabeth22


  • >25 berichten
  • 86 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 28 augustus 2012 - 19:01

hallo,

Wie kan me helpen met deze opgave.
gegeven
trypsine: doorbraak thv peptide CO na Arg en Lys behalve als Pro na Arg of Lys komt
Chymorypsine: doorbraak thv peptide CO na Phe, TRyp en Tyr
Pepsine: doorbraak thv peptide CO na Gly, Leu, Phe , Trp en Tyr
Chemische hydrolyse: selectief met bv Broomcyaan (BrCN) : peptide CO na Met.

REconstrueerd de structuur voor polypeptide op basis van de volgende resultaten
1) langdurige behandeling met 6M HCl bevat volgend AZ mengsel
1 ALA, 1ARG, 1His, 2Lys, 1Leu, 2Met, 1Pro, 2SER, 1Thr en 1 Val
2) behandeling met het enzyme carboxypeptidase bevat vrij VAL
3) BEhandeling met 2, 4-diNO2-F-benzeen bevat vrij Leu
4) BEhandeling met BrCN (breekt peptidebinding na Met) bevat 3 fragmenten met samenstelling (verschillende volgorde)
->His, Lys,Met, Pro, Ser
->Thr, Val
->Ala, Arg, Leu, Lys, Met, Ser
5)behalve als Pro volgende is
BEhandeling met trypsine .


Dus 13 AZ en Val als C-term en LEu als N-term.
Maar dan hoe ga je hier te werk??

Dit forum kan gratis blijven vanwege banners als deze. Door te registeren zal de onderstaande banner overigens verdwijnen.

#2

elizabeth22

    elizabeth22


  • >25 berichten
  • 86 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 28 augustus 2012 - 19:12

BEhandeling met trypsine geeft 3 fragmenten +het afzonderlijke AZ lys. De samenstelling van de 3 fragmenten is;
-> Arg, Leu, Ser
->Met, Pro, Ser, Thr, Val
->Ala,His, Lys, Met

#3

Kravitz

    Kravitz


  • >1k berichten
  • 4042 berichten
  • Moderator

Geplaatst op 30 augustus 2012 - 13:19

Weet je eigenlijk zeker of je over de juiste informatie beschikt?

Het polypeptide bestaat uit 13 AZ waaronder 2 methionines, hoe komt het dan dat er bij behandeling 4 (splitsing na Met.) toch 3 verschillende fragmenten ontstaan?

3) BEhandeling met 2, 4-diNO2-F-benzeen bevat vrij Leu

[...]

Dus 13 AZ en Val als C-term en LEu als N-term.

Moet leucine dan niet het 2de aminozuur zijn? Klik
"Success is the ability to go from one failure to another with no loss of enthusiasm" - Winston Churchill

#4

elizabeth22

    elizabeth22


  • >25 berichten
  • 86 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 01 september 2012 - 10:24

MM... in mijn oplossing staat Leucine als eerste aminozuur.
Ik vroeg me eigenlijk af hoe je te werk gaat ivm die fragmenten die je dan krijgt na breking.
bv.
"4) Behandeling met BrCN (breekt peptidebinding na Met) bevat 3 fragmenten met samenstelling (verschillende volgorde)
-> fragment A: His, Lys,Met, Pro, Ser
-> fragment B: Thr, Val
-> fragment C: Ala, Arg, Leu, Lys, Met, Ser"
dus in fragment A en C daar breekt het na het CO van Met.
Dus dan weet je dat in dat kort frament Met achteraan moet staan.
Dan in fragment B zie je Val staan dus dan weet je (aangezien er maar 1 Val is ) dat achteraan Thr, Val -C terminaal zal zijn.
Dan in fragment C zie je Leu staan dus moet dat fragment gerankschikt worden te beginnen met Leu en eindigend met Met. Dus Leu ? ? ? ? Met
Ivm fragment A weet je dat het breekt na CO van Met dus Met achteraan." ? ? ? ? Met " en weet je dat dit tussen fragment B en C zal moeten staan aangezien deze respect. achteraan en vooraan staan.
Dan kan je besluiten daarna;
N-terminaal Leu ? ? ? ? Met/ ? ? ? ? Met/ Thr Val-C terminaal

Daarna behandeling met Trypsine:
fragment D: Arg, Leu, Ser
fragment E: Met, Pro, Ser, Thr, Val
fragment F: Ala, His, Lys, Met
Dus ivm fragment D , breekt na CO Arg en aangezien er Leu instaat moet je met dat beginnen dus
fragment D : Leu Ser Arg is de juiste volgorde.
Dan fragment F breekt na Lys dus deze achteraan en aangezien ook Met instaat weet je dat het gaat over eerste Met aangezien de andere al geplaatst is nl achteraan Met Thr Val -C terminaal.
"Met ? ? Lys" wordt dan fragment F. (Maar dit blijkt achteraf niet goed te zijn...wat is er mis aan?)
In fragment E zit Thr en Val dus achteraan. En ook die Met staat erin en we weten van vorige stap dat we Met Thr Val achteraan hebben. Dus dan wordt fragment E: ? ? Met Thr Val (natuurlijk voor korte fragmenten ook steeds Ntermin ...-C termina) Maar aangezien dit na LYs komt dat fragment weten we dat het Ser Pro moet zijn en niet Pro Ser want dit is gegeven.
Dus uit deze stap kunnen we dan maken ;
N termin- Leu Ser Arg ? ? Met ? ? Lys/ Ser Pro Met Thr Val -C termin
dus zo kom er niet want oplossing volgens mijn boek is dus wat is een betere redenering?

N-termi-Leu Ser Arg Ala Lys Met Lys Ser Pro Met Thr Val-C termin.






Also tagged with one or more of these keywords: scheikunde

0 gebruiker(s) lezen dit onderwerp

0 leden, 0 bezoekers, 0 anonieme gebruikers

Ook adverteren op onze website? Lees hier meer!

Gesponsorde vacatures

Vacatures