Transcriptie-complex
Moderator: ArcherBarry
- Berichten: 2.973
Transcriptie-complex
Naar aanleiding van volgende dia vraag ik me af welke onderdelen nu precies onder het transcriptie-complex behoren.
Daar waar het rechterblokje naar wijst (gele wormpje) is volgens mij niet het gehele complex, aangezien dit AP-1 is, en dus een transcriptie-factor. Wat ik wel voor mogelijk acht is dat de transcriptie-factor een onderdeel is van het transcriptie-complex, aangezien AP-1 op een specifiek stukje DNA gaat zitten dat daarna getranscribeerd wordt.
Het bruin/groene klompje is de RNA-polymerase II, dat niet tot het complex kan behoren omdat het er juist door wordt gepositioneerd. Het blauwe klompje heb ik nog niet weten te plaatsen. Verder zweven er ook nog wat fosfaatgroepen rond.
Wat valt er dus onder het transcriptie-complex? Het blauwe klompje + AP-1 + fosfaatgroepen?
Daar waar het rechterblokje naar wijst (gele wormpje) is volgens mij niet het gehele complex, aangezien dit AP-1 is, en dus een transcriptie-factor. Wat ik wel voor mogelijk acht is dat de transcriptie-factor een onderdeel is van het transcriptie-complex, aangezien AP-1 op een specifiek stukje DNA gaat zitten dat daarna getranscribeerd wordt.
Het bruin/groene klompje is de RNA-polymerase II, dat niet tot het complex kan behoren omdat het er juist door wordt gepositioneerd. Het blauwe klompje heb ik nog niet weten te plaatsen. Verder zweven er ook nog wat fosfaatgroepen rond.
Wat valt er dus onder het transcriptie-complex? Het blauwe klompje + AP-1 + fosfaatgroepen?
Small opportunities are often the beginning of great enterprises. (Demosthenes, 384 BC - 322 BC)
- Berichten: 3.963
Re: Transcriptie-complex
Ik vind het eerlijk gezegd niet zo'n fantastische figuur .
Normaal gezien rekruteert een transcriptie factor (sigma bij bacteriën, TBP bij de mens) het RNA polymerase ter hoogte van de promotor. Nu is het zo dat die promotor gereguleerd wordt door een operator, dat is een stukje DNA dat voor de promotor gelegen is en waar regulatorische eiwitten kunnen binden. Afhankelijk van de eiwitten die wel of niet binden zal de transcriptie geactiveerd of gerepresseerd worden.
Die lus in het DNA zit dus vol met eiwitten die betrekking hebben op de regulatie van het RNA polymerase. Verder mag je ook niet vergeten dat je DNA niet zomaar in een lusje gaat liggen, daar heb je ook de juiste eiwitten voor nodig.
Normaal gezien rekruteert een transcriptie factor (sigma bij bacteriën, TBP bij de mens) het RNA polymerase ter hoogte van de promotor. Nu is het zo dat die promotor gereguleerd wordt door een operator, dat is een stukje DNA dat voor de promotor gelegen is en waar regulatorische eiwitten kunnen binden. Afhankelijk van de eiwitten die wel of niet binden zal de transcriptie geactiveerd of gerepresseerd worden.
Die lus in het DNA zit dus vol met eiwitten die betrekking hebben op de regulatie van het RNA polymerase. Verder mag je ook niet vergeten dat je DNA niet zomaar in een lusje gaat liggen, daar heb je ook de juiste eiwitten voor nodig.
Verborgen inhoud
"Success is the ability to go from one failure to another with no loss of enthusiasm" - Winston Churchill
- Berichten: 2.973
Re: Transcriptie-complex
Bedankt voor je reactie!
Als ik een mengelmoes maak van jouw- en mijn figuur + de informatie die ik inmiddels verzameld heb dan hoop ik dat ik de onderdelen in beide figuren nu snap:
Jouw plaatje:
De activatoren stellen een transcriptie-factor voor, aangezien deze verbonden zijn met een enhancer region (geen idee hoe je dit in normaal Nederlands zegt) en met de co-activatoren.
De repressor (paarse klompje) bepaalt in welke enhancer region de transcriptie-factor zal binden. Kan de repressor dan bijvoorbeeld het JNK-eiwit zijn?
Mijn plaatje:
Rode wormpje is TATA-bindingseiwit.
Blauwe klompje is transcriptie-complex, globaal bestaande uit: co-actvitatoren en stukje TATA-bindingseiwit.
Als ik een mengelmoes maak van jouw- en mijn figuur + de informatie die ik inmiddels verzameld heb dan hoop ik dat ik de onderdelen in beide figuren nu snap:
Jouw plaatje:
De activatoren stellen een transcriptie-factor voor, aangezien deze verbonden zijn met een enhancer region (geen idee hoe je dit in normaal Nederlands zegt) en met de co-activatoren.
De repressor (paarse klompje) bepaalt in welke enhancer region de transcriptie-factor zal binden. Kan de repressor dan bijvoorbeeld het JNK-eiwit zijn?
Mijn plaatje:
Rode wormpje is TATA-bindingseiwit.
Blauwe klompje is transcriptie-complex, globaal bestaande uit: co-actvitatoren en stukje TATA-bindingseiwit.
Ok, dat moet ik dan nog even uitwerken...is het iets 'belangrijks' of erg specifieke informatie? Ik heb namelijk de neiging om het allemaal uit te diepen, maar dat is niet helemaal de bedoeling aangezien ik globaal de biochemie moet kunnen volgen. (Ik vind het echter een leuk onderdeel in de geneeskunde )
Die lus in het DNA zit dus vol met eiwitten die betrekking hebben op de regulatie van het RNA polymerase. Verder mag je ook niet vergeten dat je DNA niet zomaar in een lusje gaat liggen, daar heb je ook de juiste eiwitten voor nodig.
Verborgen inhoud
Small opportunities are often the beginning of great enterprises. (Demosthenes, 384 BC - 322 BC)
- Berichten: 2.973
Re: Transcriptie-complex
Ik ben er inmiddels achter wat de blauwe klomp is: TFIID, een algemene transcriptie-factor. De gele sliert die er linksonder aan vast zit is dan TBP. Volgens mij heb ik het nu op een rijtje!
Small opportunities are often the beginning of great enterprises. (Demosthenes, 384 BC - 322 BC)
- Berichten: 3.963
Re: Transcriptie-complex
Klopt!Pectus schreef: ↑do 06 sep 2012, 09:10
Jouw plaatje:
De activatoren stellen een transcriptie-factor voor, aangezien deze verbonden zijn met een enhancer region (geen idee hoe je dit in normaal Nederlands zegt) en met de co-activatoren.
Een transcriptiefactor is eigenlijk een algemene term voor alle eiwitten die betrokken zijn bij de regulatie van transcriptie, een repressor is dus ook een transcriptiefactor.De repressor (paarse klompje) bepaalt in welke enhancer region de transcriptie-factor zal binden.
Verder kan een repressor de binding van activatoren verhinderen, maar dit is niet noodzakelijk. Het doel van een repressor is simpelweg de transcriptie inhiberen en dat kan op verschillende manieren gebeuren. Zoals gezegd kan je de bindingsplaatsen van activatoren blokkeren, maar effectiever is bijv. om de bindingsplaats van RNA polymerase te blokkeren.
JNK is een stress gerelateerd eiwit hé? Dat kan, maar het zou evengoed een ander eiwit of een secundaire boodschapper (bijv. cAMP) kunnen zijn.Kan de repressor dan bijvoorbeeld het JNK-eiwit zijn?
Welke manier van repressie of activatie gebuikt wordt is afhankelijk van operon tot operon.
Ik denk dat je ondertussen dit filmpje hebt gezien, maar voor de zekerheid wou ik het toch nog even meegeven. Het hoort bij je plaatje.Mijn plaatje:
Rode wormpje is TATA-bindingseiwit.
Blauwe klompje is transcriptie-complex, globaal bestaande uit: co-actvitatoren en stukje TATA-bindingseiwit.
Goh, belangrijk en specifiek... hierboven staan ook enkele erg specifieke zaken. Het is belangrijk om te beseffen dat die lus daar niet zomaar komt, om DNA te buigen heb je DNA buigende eiwitten nodig, welke die nu precies zijn doe er eigenlijk niet zoveel toe.Ok, dat moet ik dan nog even uitwerken...is het iets 'belangrijks' of erg specifieke informatie?
Het is een heel interessant onderwerp, maar of je moleculaire details voor een globaal vak biochemie moet kennen weet ik niet. In principe is moleculaire biologie een ander vak dan biochemie. (Dat wil ook zeggen dat er nog héél veel uit te diepen is .)Ik heb namelijk de neiging om het allemaal uit te diepen, maar dat is niet helemaal de bedoeling aangezien ik globaal de biochemie moet kunnen volgen. (Ik vind het echter een leuk onderdeel in de geneeskunde )
Ok, uit het filmpje ?Pectus schreef: ↑do 06 sep 2012, 18:23
Ik ben er inmiddels achter wat de blauwe klomp is: TFIID, een algemene transcriptie-factor. De gele sliert die er linksonder aan vast zit is dan TBP. Volgens mij heb ik het nu op een rijtje!
"Success is the ability to go from one failure to another with no loss of enthusiasm" - Winston Churchill
- Berichten: 2.973
Re: Transcriptie-complex
Ofwel: de transcriptie-factor is een belangrijk element binnen de genexpressie. Alleen: waarom is dan het effectiever om de bindingsplaats van RNA-polymerase te blokkeren dan dat van de activatoren?Kravitz schreef: ↑vr 07 sep 2012, 12:20
Een transcriptiefactor is eigenlijk een algemene term voor alle eiwitten die betrokken zijn bij de regulatie van transcriptie, een repressor is dus ook een transcriptiefactor.
Verder kan een repressor de binding van activatoren verhinderen, maar dit is niet noodzakelijk. Het doel van een repressor is simpelweg de transcriptie inhiberen en dat kan op verschillende manieren gebeuren. Zoals gezegd kan je de bindingsplaatsen van activatoren blokkeren, maar effectiever is bijv. om de bindingsplaats van RNA polymerase te blokkeren.
In beide gevallen zal de transcriptie toch niet verlopen?!
Verborgen inhoud
Ja, ik heb de hele site inmiddels doorgespit!Ik denk dat je ondertussen dit filmpje hebt gezien, maar voor de zekerheid wou ik het toch nog even meegeven. Het hoort bij je plaatje.
Ok!Het is belangrijk om te beseffen dat die lus daar niet zomaar komt, om DNA te buigen heb je DNA buigende eiwitten nodig, welke die nu precies zijn doe er eigenlijk niet zoveel toe.
Nuja, het is een combi van biochemie en moleculaire biologie. Het onderwijssysteem dat ze op m'n uni geven is echter heel veel zelf doen en uitzoeken. Erg fijn, alleen is het lastig om in te schatten hoe diep je iets moet uitwerken.
Het is een heel interessant onderwerp, maar of je moleculaire details voor een globaal vak biochemie moet kennen weet ik niet. In principe is moleculaire biologie een ander vak dan biochemie. (Dat wil ook zeggen dat er nog héél veel uit te diepen is .)
Haha, ja!
Ok, uit het filmpje ?
Small opportunities are often the beginning of great enterprises. (Demosthenes, 384 BC - 322 BC)
- Berichten: 3.963
Re: Transcriptie-complex
Neen, toch niet. Wanneer je de bindingsplaats van het polymerase gaat blokkeren kan transcriptie onmogelijk doorgaan. Wanneer je daarentegen een activator gaat blokkeren kan het polymerase wel nog binden en zal er transcriptie doorgaan. Weliswaar op een veel lager pitje dan met activatoren.Pectus schreef: ↑vr 07 sep 2012, 13:09
Ofwel: de transcriptie-factor is een belangrijk element binnen de genexpressie. Alleen: waarom is dan het effectiever om de bindingsplaats van RNA-polymerase te blokkeren dan dat van de activatoren?
In beide gevallen zal de transcriptie toch niet verlopen?!
Je kan het een beetje als volgt omschrijven: die activatoren helpen het RNA polymerase zodat het goed op het DNA gaat zitten en mooi van start kan gaan. Die hulp maakt het voor het polymerase veel gemakkelijker en zal de transcriptie sterk ten goede komen. Soms echter slaagt het RNA polymerase er ook in om zonder hulp de hele klus te klaren, dat zorgt dan voor een kleine, maar niet onbelangrijke, basis-expressie.
Ken je het Lac operon in E. Coli? Dat wordt geactiveerd door cAMP (CAP-eiwit) en gerepresseerd afhankelijk van de hoeveelheid lactose. Dit filmpje legt o.a. de repressie uit, onderstaande afbeelding legt de volledige regulatie uit.
Sigma of AP-1 is een transcriptiefactor, een activator is een transcriptiefactor en een repressor kan je ook zien als een transcriptiefactor, maar een activator is geen repressor en zeker geen AP-1.Verborgen inhoud
Ja, het is zeker een goeie site!Ja, ik heb de hele site inmiddels doorgespit!
"Success is the ability to go from one failure to another with no loss of enthusiasm" - Winston Churchill
- Berichten: 2.973
Re: Transcriptie-complex
Kravitz schreef: ↑vr 07 sep 2012, 14:15
[...]maar een activator is geen repressor en zeker geen AP-1.
Maar ehm, AP-1 staat toch juist voor activator proteïn 1...dus hoe kan het dan dat een activator zeker geen AP-1 kan zijn? 8-[
Small opportunities are often the beginning of great enterprises. (Demosthenes, 384 BC - 322 BC)
- Berichten: 3.963
Re: Transcriptie-complex
Euhm ja, je hebt helemaal gelijk.
Ik weet niet waar ik het haalde, maar ik verwarde AP-1 met TBP. De afkortingen zijn nochtans duidelijk...
AP-1 is inderdaad een activator. TBP is de eukaryotische variant van de sigma-factor die het RNA polymerase zal rekruteren.
Wat ik bedoelde was dat beide factoren betrekking hebben op de transcriptie en dus transcriptiefactoren genoemd worden, toch hebben ze een verschillende functie.
Excuses voor de verwarring.
Ik weet niet waar ik het haalde, maar ik verwarde AP-1 met TBP. De afkortingen zijn nochtans duidelijk...
AP-1 is inderdaad een activator. TBP is de eukaryotische variant van de sigma-factor die het RNA polymerase zal rekruteren.
Wat ik bedoelde was dat beide factoren betrekking hebben op de transcriptie en dus transcriptiefactoren genoemd worden, toch hebben ze een verschillende functie.
Excuses voor de verwarring.
"Success is the ability to go from one failure to another with no loss of enthusiasm" - Winston Churchill
- Berichten: 2.973
Re: Transcriptie-complex
Hartstikke bedankt voor je input, het is me een stuk duidelijker geworden!Kravitz schreef: ↑vr 07 sep 2012, 21:55
Wat ik bedoelde was dat beide factoren betrekking hebben op de transcriptie en dus transcriptiefactoren genoemd worden, toch hebben ze een verschillende functie.
Geen probleem, het houdt me scherp!
Excuses voor de verwarring.
Small opportunities are often the beginning of great enterprises. (Demosthenes, 384 BC - 322 BC)
- Berichten: 3.963
Re: Transcriptie-complex
Graag gedaan!
Mij ook
"Success is the ability to go from one failure to another with no loss of enthusiasm" - Winston Churchill